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# Biología # Bioinformática

Neuronatina: Un Jugador Clave en la Regulación del Calcio

Neuronatina afecta el flujo de calcio, relacionado con problemas de salud como la diabetes y la obesidad.

Omar Ben Mariem, Lara Coppi, Emma De Fabiani, Ivano Eberini, Maurizio Crestani

― 7 minilectura


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Neuronatina, o NNAT para los cuates, es una proteína chiquita que encontramos en los humanos. Este pequeño se ubica principalmente en el cerebro, pero tiene un chorro de chamba que va mucho más allá de solo ayudar en el desarrollo del cerebro. Está metido en un montón de procesos importantes en el cuerpo, como cómo manejamos la grasa, cómo nuestras células responden al azúcar y cómo nuestras células cerebrales pueden adaptarse con el tiempo. Pero no todo es color de rosa; NNAT también se puede relacionar con problemas de salud graves, como diabetes, cáncer, obesidad e incluso enfermedades que afectan nuestro sistema nervioso.

La Estructura de Neuronatina

NNAT proviene de un gen que lleva el mismo nombre y está formado por tres partes llamadas exones (piensa en ellos como capítulos de un libro) y dos intrones (que son como las “escenas eliminadas” que no necesitamos). El gen puede producir diferentes versiones de la proteína NNAT debido a algo llamado corte alternativo. Las dos versiones principales, conocidas como Isoformas α y β, son las más estudiadas. La isoforma α tiene 81 bloques de construcción, mientras que la isoforma β tiene 54.

Cuando NNAT no funciona bien, puede causar problemas. Por ejemplo, puede formar grumos que pueden llevar a la muerte celular. Esto es especialmente dañino en las células cerebrales y en las del páncreas, lo que puede llevar a diabetes.

Exposición al Frío y Neuronatina

Curiosamente, cuando tenemos frío, nuestros cuerpos intentan mantener el calor, y este proceso puede reducir los niveles de NNAT en el tejido graso. Los estudios muestran que cuando hay menos de esta proteína, el cuerpo puede quemar grasa mejor. Los científicos descubrieron que al apagar el gen NNAT en ratones, esos pequeños se volvieron mejores para quemar la grasa en su piel. Este proceso de quemar grasa es un poco diferente de la quema normal de grasa ya que no depende de una proteína específica de la que se habla a menudo en las discusiones sobre metabolismo.

La Bomba de Proteínas: SERCA2b

Ahora, cambiemos de tema y hablemos de otro jugador en esta historia: SERCA2b. Esta proteína es como una bomba que ayuda a manejar el Calcio en nuestras células. Puedes pensar en ella como un portero en un club, asegurándose de que la cantidad correcta de calcio entre o salga para mantener la fiesta funcionando sin problemas. Hay algunos familiares de SERCA2b, cada uno con su propia chamba un poco única, pero todos comparten la misma función principal: controlar los niveles de calcio.

Hay dos proteínas pequeñas importantes, fosfolambano (PLB) y sarcolipina, que ayudan a regular qué tan bien SERCA2b hace su trabajo. Estos pequeños ayudantes a veces pueden interferir con SERCA2b, haciendo más difícil que el calcio pase.

Neuronatina y SERCA2b: ¿Una Asociación?

Hay una creciente creencia de que NNAT podría funcionar de manera similar a PLB, lo que significa que también podría frenar la bomba de calcio. Algunos estudios recientes incluso identificaron una parte de la proteína NNAT que podría estar involucrada en esta regulación, así como PLB lo hace con SERCA2b. Esto abre la puerta a discusiones sobre cómo NNAT podría ser un nuevo tipo de jugador en el juego regulador del transporte de calcio.

Construyendo Modelos de Neuronatina y SERCA2b

Como no tenemos la imagen exacta de cómo lucen NNAT o SERCA2b, los investigadores recurrieron a la modelación por computadora para crear versiones en 3D de estas proteínas. Usaron software avanzado para ayudar a predecir sus formas. Es un poco como intentar adivinar cómo es una pieza de rompecabezas sin tener la pieza real enfrente de ti.

Para NNAT, hicieron modelos utilizando programas de computadora que examinan la estructura de proteínas. Los resultados sugirieron que ambas isoformas de NNAT tienen una forma retorcida con partes que se clavan en las membranas celulares. También notaron que al observar estas proteínas en realidad virtual (más o menos), eran buenas para mantenerse estables después de una fase inicial un poco torpe donde se movieron un poco.

La Fiesta de Proteínas: Agregación

Ahora, lo que realmente preocupa es que NNAT puede formar grumos de sí mismo, lo cual no es ideal. Estos grumos pueden provocar daño celular y contribuir a condiciones como la enfermedad de Lafora. Los investigadores observaron que cuando simularon cómo se comporta NNAT en solución, las proteínas rápidamente empezaron a agregarse. Piensa en una fiesta donde los invitados empiezan a formar grupos; pronto se convierte en un gran lío en vez de la reunión armoniosa que debería ser.

También crearon diferentes sistemas para comparar lo que pasa cuando observas proteínas como un sistema detallado (todo-átomo) versus una versión más simple (grano grueso). Las simulaciones detalladas mostraron que las proteínas realmente tienden a agruparse, sugiriendo que podría no ser el mejor invitado a la fiesta.

Encontrando el Sitio de Interacción

Después de construir modelos de NNAT y SERCA2b, los investigadores querían ver cómo interactúan estas dos proteínas. Usaron acoplamiento proteína-proteína, que es solo una manera elegante de decir que intentaron ver qué tan bien NNAT encaja con SERCA2b. Rápidamente encontraron que NNAT puede unirse en un lugar específico en SERCA2b, en una hendidura que ya se sabe que es un lugar de reunión para otra proteína, PLB.

Este es un hallazgo importante porque respalda la idea de que NNAT juega un papel similar al de PLB. Es como descubrir que el nuevo chavo en la escuela tiene mucho en común con los chicos populares.

¿Cómo se Afectan Entre Ellos?

En los siguientes conjuntos de simulaciones, los investigadores pusieron juntos a NNAT y SERCA2b y observaron lo que pasaba. Descubrieron que cuando NNAT está involucrado, cambia cómo fluye el agua a través de SERCA2b. Esto es crucial porque el movimiento de iones de calcio está relacionado con cómo se mueve el agua. Observaron que en presencia de NNAT, las vías a través de las cuales podría fluir el agua cambiaron, sugiriendo que NNAT podría realmente interferir con la capacidad de SERCA2b para hacer su trabajo.

Curiosamente, de las dos isoformas de NNAT, la versión α parecía tener un efecto más fuerte sobre el flujo de agua. Es como si una de las isoformas fuera mejor para meterle un palo a las habilidades de transporte de calcio de SERCA2b que la otra. También encontraron un punto de interacción específico entre las dos proteínas, dando pistas sobre cómo exactamente NNAT podría interferir con las acciones de SERCA2b.

Conclusión: Un Nuevo Jugador en la Regulación del Calcio

Esta investigación arroja luz sobre cómo NNAT interactúa con SERCA2b y sugiere que podría actuar como PLB en la regulación del flujo de calcio dentro y fuera de las células. Esto podría ser un hallazgo vital para entender más sobre la homeostasis del calcio, que es crucial para muchas funciones corporales, y también podría ofrecer información sobre cómo los problemas con NNAT están relacionados con varias enfermedades.

En resumen, NNAT es como el nuevo chavo del barrio que puede tener un gran papel en asegurarse de que los niveles de calcio en nuestras células se mantengan en control. Con este nuevo conocimiento, hay esperanza de futuros descubrimientos que podrían llevar a formas de atacar a NNAT o SERCA2b para beneficios terapéuticos.

Fuente original

Título: Identification of neuronatin as a SERCA2b regulin-like protein and assessment of its aggregation propensity via coarse grained simulations.

Resumen: Neuronatin (NNAT) is small transmembrane protein involved in a wide range of physiological processes, such as white adipose tissue browning and neuronal plasticity, as well as pathological ones, such as Lafora disease caused by the formation of NNAT aggregates. However, its 3D structure is unknown, and its mechanism of action is still unclear. In this study the two most well-known NNAT isoforms ( and {beta}) were modelled and the interaction with the SERCA2b calcium pump was assessed using computational methods. First, molecular docking identified the same binding region as the one described for phospholamban, a thoroughly described SERCA inhibitor. Then, analyses of the flux of water molecules during molecular dynamics simulations highlighted significant similarities between the behavior of SERCA2b when in complex with phospholamban, and when in complex with either NNAT isoform. These results suggest that NNAT could be considered a "regulin-like" protein. Additional all-atom and coarse-grained simulations of multiple copies of NNAT highlighted a significant aggregation potential of both NNAT isoforms, supporting experimental data. Statement of significanceThis study presents the first structural model of neuronatin (NNAT) isoforms and {beta}. Through molecular docking and molecular dynamics simulations, we propose a NNAT interaction mechanism with the SERCA2b calcium pump similar to that of phospholamban, a known regulin and SERCA inhibitor. Our analyses also suggested a strong aggregation potential of NNAT based on all-atom and coarse-grained simulations, in line with experimental data on its involvement in Lafora disease. These insights suggest NNAT can be considered a "regulin-like" protein, advancing our understanding of its molecular function and contributing to new perspectives in targeting NNAT-related pathologies, as well as reinforcing the role of coarse-grained simulations as a valid tool to assess protein aggregation potential.

Autores: Omar Ben Mariem, Lara Coppi, Emma De Fabiani, Ivano Eberini, Maurizio Crestani

Última actualización: 2024-11-29 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.27.625357

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.27.625357.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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