El Impacto de la Metilación del ADN en el Desarrollo del Cáncer
Explora cómo la metilación del ADN influye en la actividad génica y el progreso del cáncer.
Ioannis Kafetzopoulos, Francesca Taglini, Hazel Davidson-Smith, Duncan Sproul
― 6 minilectura
Tabla de contenidos
La Metilación del ADN es un proceso que añade un pequeño grupo químico llamado metilo a una parte de nuestro ADN llamada citosina. Este cambio no altera la secuencia del ADN en sí, pero puede influir en cómo se activan o desactivan los genes. Piensa en ello como un regulador de luz para tus genes-a veces brillan mucho, y otras veces apenas son un destello.
El Papel de la Metilación del ADN
En nuestros cuerpos, la metilación del ADN ocurre principalmente en pares de nucleótidos conocidos como Sitios CpG. La mayoría de estos sitios suelen estar llenos de grupos metilo en células sanas. Este patrón ayuda a regular qué genes están activos. Dos actores clave en establecer y mantener estos patrones de metilación son las enzimas llamadas DNMT3A y DNMT3B. Estas enzimas son las responsables de añadir los grupos metilo durante el desarrollo. Una vez que el ADN se replica, otra enzima llamada DNMT1 se encarga de mantener los niveles de metilación consistentes.
Metilación y Cáncer
Cuando se desarrolla el cáncer, algo sale mal con los patrones de metilación del ADN. En general, las células tumorales muestran niveles más bajos de metilación comparadas con las células sanas. Esta caída en metilación no es la misma en todo el genoma; en cambio, ocurre en grandes áreas llamadas dominios parcialmente metilados (PMDS). Estos PMDs tienen una huella única-tienden a tener menos sitios CpG, no son ricos en genes y suelen estar reprimidos.
Se cree que las células cancerosas con estos PMDs aprovechan los cambios en la expresión génica. Pueden activar genes que ayudan al crecimiento de tumores, revivir secciones de ADN inactivas, y contribuir a la naturaleza caótica del genoma.
PMDs y Sus Características
Los PMDs tienen su propio conjunto de características que los distinguen del resto del paisaje del ADN. Suelen ser bastante escasos en genes y tienen una menor densidad de sitios CpG. Esto sugiere que se comportan como secciones de cromatina muy compactas, que es un complejo de ADN y proteínas. Cuando los investigadores miran de cerca los PMDs, notan que resisten ciertas enzimas que digieren el ADN-esto es un signo de su estructura densa y empacada.
Además, los PMDs suelen estar asociados con ciertas marcas químicas en las histonas, las proteínas alrededor de las cuales se envuelve el ADN. Por ejemplo, dos marcas importantes son H3K9me3 y H3K27me3. Estas marcas suelen encontrarse en regiones del ADN que generalmente están inactivas o silenciosas.
El Misterio de la Formación de PMDs
A pesar de saber que existen los PMDs, los investigadores aún están juntando las piezas sobre cómo se forman. Una idea es que cuando el ADN se copia durante la división celular, el nuevo ADN no se re-metila de manera eficiente. Es como intentar volver a poner la tapa a un tarro de mantequilla de maní después de haber metido una cuchara-a veces simplemente no puedes volver a cerrarlo igual. En células cancerosas que se dividen rápidamente, puede que simplemente no haya suficiente tiempo para que esto ocurra. Esto podría llevar a la pérdida gradual de metilación en estas regiones de PMD a lo largo de sucesivas divisiones celulares.
Curiosamente, los estudios muestran que la cantidad de pérdida de metilación está relacionada con cuántas veces se ha dividido una célula cancerosa. Parece que cuanto más se dividen, más metilación se pierde.
El Papel de DNMT1
Uno de los grandes actores en mantener la metilación del ADN es DNMT1. Cuando los investigadores eliminaron esta enzima en una línea celular de cáncer de colon específica, encontraron que los PMDs estaban hipermetilados-lo que significa que tenían más metilación de lo normal. Esto fue inesperado porque DNMT1 es parcialmente responsable de mantener los patrones de metilación del ADN. Esto plantea la pregunta: ¿hay otro proceso en juego?
La Importancia de DNMT3A
Al examinar el ADN de células que carecían de DNMT1, los investigadores descubrieron que DNMT3A, otra enzima de metilación, estaba siendo reclutada a ciertos PMDs. Esto llevó a que nuevas regiones se volvieran más altamente metiladas, lo que contradice lo que se esperaba cuando DNMT1 estaba ausente.
Entonces, ¿qué está pasando? Resulta que en ausencia de DNMT1, DNMT3A puede entrar para llenar el vacío, como un profesor suplente que entra cuando el regular no está. Encuentran su camino hacia los PMDs que previamente habían perdido parte de su metilación, posiblemente debido a la pérdida de las marcas H3K9me3, que suelen asociarse con ADN compactado.
La Danza de las Marcas de Histonas
A medida que los patrones de metilación del ADN cambiaban, los investigadores notaron otros cambios sucediendo también. La marca H3K9me3 comenzó a disminuir en estos PMDs hipermetilados, mientras que una nueva marca, H3K36me2, empezó a aparecer. La nueva marca es como una capa fresca de pintura-algo está cambiando en el paisaje del ADN.
Este cambio de marcas es crucial porque guían dónde deciden aterrizar varias enzimas, incluyendo DNMT3A. Cuando el paisaje cambia, las enzimas responden a la nueva "escenografía".
¿Qué Significa Esto para el Tratamiento del Cáncer?
Entender estos cambios en la metilación del ADN y las marcas de histonas le da a los investigadores ideas sobre cómo operan y sobreviven las células cancerosas. Si los científicos pueden encontrar maneras de manipular estos procesos, podría volverse más fácil atacar las células cancerosas sin afectar a las células normales.
El objetivo final es reducir el volumen de los genes que ayudan al crecimiento de tumores mientras se mantienen los genes saludables brillando intensamente. Esto podría llevar a tratamientos de cáncer más efectivos en el futuro, permitiendo mejores resultados y menos efectos secundarios.
Conclusión
La metilación del ADN es un tema fascinante. Aunque es claro que los cambios en estos patrones pueden impactar significativamente el desarrollo del cáncer, el cuadro completo sigue desvelándose. Con cada nuevo descubrimiento, nos acercamos un paso más a entender cómo combatir eficazmente el cáncer, usando los mismos mecanismos que le permiten prosperar.
¿Y quién sabe? Un día, podría ser que descifremos el código del cáncer. Hasta entonces, los investigadores seguirán cavando, retorciendo y girando los controles de este sistema complejo, intentando entender cómo apagar las luces en esos molestos PMDs hipermetilados.
Título: DNMT1 loss leads to hypermethylation of a subset of late replicating domains by DNMT3A
Resumen: Loss of DNA methylation is a hallmark of cancer that is proposed to promote carcinogenesis through gene expression alterations, retrotransposon activation and induction of genomic instability. Cancer-associated hypomethylation does not occur across the whole genome but leads to the formation of partially methylated domains (PMDs). However, the mechanisms underpinning PMD formation remain unclear. PMDs replicate late in S-phase leading to the proposal that they become hypomethylated due to incomplete re-methylation by the maintenance methyltransferase DNMT1 during cell division. Here we investigate the role of DNMT1 in the formation of PMDs in cancer by conducting whole genome bisulfite sequencing (WGBS), repli-seq and ChIP-seq on DNMT1 knockout HCT116 colorectal cancer cells (DNMT1 KO cells). We find that DNMT1 loss leads to preferential hypomethylation in late replicating, heterochromatic PMDs marked by the constitutive heterochromatic mark H3K9me3 or the facultative heterochromatic mark H3K27me3. However, we also observe that a subset of H3K9me3-marked PMDs gain methylation in DNMT1 KO cells. We find that, in DNMT1 KO cells, these hypermethylated PMDs remain late replicating but gain DNMT3A localisation. This is accompanied by loss of heterochromatic H3K9me3 and specific gain of euchromatic H3K36me2. Our observations suggest that hypermethylated PMDs lose their heterochromatic state, enabling their methylation by DNMT3A and the establishment of a hypermethylated, non-PMD state, despite their late replication timing. More generally, our findings suggest that the de novo DNMTs play a key role in establishing domain level DNA methylation patterns in cancer cells.
Autores: Ioannis Kafetzopoulos, Francesca Taglini, Hazel Davidson-Smith, Duncan Sproul
Última actualización: Dec 19, 2024
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.19.629414
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.19.629414.full.pdf
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