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Enzimas APOBEC: Papéis Duplos na Imunidade e Câncer

As enzimas APOBEC têm papéis fundamentais na edição do DNA e na defesa imunológica.

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O corpo tem um grupo de enzimas conhecido como família APOBEC. Essas enzimas ajudam a modificar material genético de várias maneiras. Cada enzima tem seu próprio papel, mas todas têm algumas semelhanças em como funcionam. Existem onze tipos diferentes dessas enzimas encontradas em humanos. A primeira descoberta é chamada de APOBEC1, que ajuda o corpo a absorver gorduras, editando um RNA específico. Outras enzimas desse grupo estão ligadas ao sistema imunológico, combatendo vírus e pedaços móveis de DNA potencialmente nocivos, chamados retrotransposons.

Funções das Enzimas APOBEC

As enzimas da família APOBEC seguem um padrão parecido. Elas são mais conhecidas por mudar um bloco específico de construção do DNA chamado citosina em uracila. Essa modificação acontece quando o DNA está sendo preparado para uso pela célula, como durante a criação de novo DNA, quando o DNA está sendo lido ou durante processos de reparo. As mudanças que essas enzimas fazem podem levar a Mutações. Às vezes, essas mutações podem ser benéficas, mas também podem causar problemas, especialmente se ocorrerem no DNA de células que podem se tornar cancerosas.

Embora muitas dessas enzimas sejam conhecidas pela capacidade de fazer essas mudanças no DNA, elas também têm funções que não envolvem suas habilidades de modificação. Por exemplo, algumas enzimas APOBEC podem se ligar ao RNA e ao DNA sem mudá-los, ajudando a impedir que vírus e retrotransposons se reproduzam.

Importância das Enzimas APOBEC

A descoberta dessas enzimas trouxe novas ideias sobre como nosso sistema imunológico funciona e como certas doenças, como o Câncer, se desenvolvem. Algumas enzimas APOBEC são cruciais para a produção de anticorpos eficazes, enquanto outras ajudam a proteger nossas células de infecções virais. No entanto, ter tantas enzimas que podem causar mudanças no DNA levanta questões. Por que nossos corpos manteriam tantas fontes potenciais de mutações? Um argumento é que deve haver outras funções que essas enzimas desempenham que são benéficas.

Estudo das Interações entre Enzimas APOBEC

Para entender melhor o que essas enzimas fazem, cientistas fizeram uma investigação sobre como diferentes enzimas APOBEC interagem com outras Proteínas no corpo. Eles usaram um método chamado espectrometria de massa de purificação por afinidade. Esse método ajuda a identificar como as proteínas interagem entre si.

No estudo, os cientistas analisaram oito enzimas APOBEC diferentes e encontraram uma variedade de parceiros proteicos. Alguns desses parceiros eram únicos para enzimas APOBEC específicas, enquanto outros eram compartilhados entre várias. A pesquisa também se concentrou em saber se essas interações dependiam da presença de RNA, que às vezes pode bloquear ou mudar como as proteínas interagem.

Design Experimental

Para realizar essas interações, os pesquisadores usaram culturas celulares e transfectaram-nas com genes específicos que codificavam as proteínas APOBEC que queriam estudar. Depois, eles quebraram as células para ver quais parceiros proteicos poderiam ser extraídos com as enzimas APOBEC. Eles examinaram essas interações sob duas condições: uma em que o RNA estava presente e outra em que foi removido usando uma enzima.

Resultados do Estudo de Interação

Os resultados mostraram que as enzimas APOBEC interagem com uma ampla gama de proteínas. Essas interações frequentemente indicam que essas enzimas podem ter papéis além de apenas editar o DNA. Algumas interações específicas foram encontradas com proteínas relacionadas ao processamento de RNA e à dobra de proteínas.

  1. Interações Compartilhadas: Certas proteínas interagiram fortemente com mais de uma enzima APOBEC. Isso sugere que há funções comuns compartilhadas entre essas enzimas.

  2. Interações Específicas: Algumas proteínas interagiram apenas com uma enzima APOBEC específica, indicando funções únicas para essas enzimas.

  3. Interações Dependentes e Independentes de RNA: A presença de RNA afetou muitas das interações. Algumas foram vistas apenas na ausência de RNA, enquanto outras foram observadas apenas quando o RNA estava presente.

Análise Funcional das Interações

Depois de mapear essas interações, os pesquisadores realizaram uma análise funcional para determinar o que essas interações significavam. Eles investigaram vários processos biológicos nos quais essas proteínas estão envolvidas, como metabolismo de RNA, splicing e controle translacional.

  1. RNA e Splicing: Várias proteínas "presa" que interagiram com as enzimas APOBEC eram conhecidas por estar envolvidas no splicing de RNA. Isso indica que as enzimas APOBEC podem ajudar a regular a expressão gênica afetando como o RNA é processado.

  2. Dobra de Proteínas: Algumas das interações envolveram proteínas que ajudam na dobra correta de outras proteínas, sugerindo que as enzimas APOBEC também podem desempenhar um papel na forma como as proteínas alcançam suas formas funcionais.

  3. Implicações para o Câncer: O estudo observou que certas interações podem ter implicações no contexto do câncer. Algumas enzimas APOBEC contribuem para os processos mutagênicos que impulsionam o desenvolvimento do câncer, principalmente através de seus padrões de edição de DNA alterados.

O Papel Complexo das APOBEC no Câncer

A pesquisa sobre as enzimas APOBEC e suas interações com várias proteínas destaca a complexidade de seus papéis no câncer. Embora essas enzimas possam causar mutações que podem levar ao câncer, elas também têm funções protetoras contra vírus, o que complica nossa compreensão de seu impacto geral na saúde.

  1. Promovendo Instabilidade Genômica: Alguns pesquisadores estão analisando como as enzimas APOBEC contribuem para a instabilidade genômica em células cancerosas. Mudanças nas sequências de DNA devido à sua atividade podem levar à evolução do tumor e resistência ao tratamento.

  2. Ato de Equilíbrio: As descobertas sugerem que o corpo precisa gerenciar o equilíbrio entre ter atividade suficiente das APOBEC para combater infecções, mas controlando essa atividade para evitar muitas mutações, que podem levar ao câncer.

  3. Possíveis Alvos Terapêuticos: Entender como as enzimas APOBEC interagem com outras proteínas pode abrir novas avenidas para terapias contra o câncer. Se os pesquisadores puderem inibir interações prejudiciais enquanto promovem funções protetoras, isso pode ajudar a criar tratamentos contra o câncer mais eficazes.

Conclusão

O estudo das enzimas APOBEC revela que elas têm papéis complexos no corpo, influenciando tanto nossas defesas imunológicas quanto podendo contribuir para o câncer. Mapeando suas interações e funções, os pesquisadores podem obter insights mais profundos sobre como essas enzimas podem ser geridas para benefícios terapêuticos. Essa pesquisa contínua é crucial para aproveitar todo o potencial do nosso sistema imunológico enquanto minimiza os riscos associados a mutações e câncer.

Fonte original

Título: Protein interaction map of APOBEC3 enzyme family reveals deamination-independent role in cellular function

Resumo: Human APOBEC3 enzymes are a family of single-stranded (ss)DNA and RNA cytidine deaminases that act as part of the intrinsic immunity against viruses and retroelements. These enzymes deaminate cytosine to form uracil which can functionally inactivate or cause degradation of viral or retroelement genomes. In addition, APOBEC3s have deamination independent antiviral activity through protein and nucleic acid interactions. If expression levels are misregulated, some APOBEC3 enzymes can access the human genome leading to deamination and mutagenesis, contributing to cancer initiation and evolution. While APOBEC3 enzymes are known to interact with large ribonucleoprotein complexes, the function and RNA dependence is not entirely understood. To further understand their cellular roles, we determined by affinity purification mass spectrometry (AP-MS) the protein interaction network for the human APOBEC3 enzymes and map a diverse set of protein-protein and protein-RNA mediated interactions. Our analysis identified novel RNA-mediated interactions between APOBEC3C, APOBEC3H Haplotype I and II, and APOBEC3G with spliceosome proteins, and APOBEC3G and APOBEC3H Haplotype I with proteins involved in tRNA methylation and ncRNA export from the nucleus. In addition, we identified RNA-independent protein-protein interactions with APOBEC3B, APOBEC3D, and APOBEC3F and the prefoldin family of protein folding chaperones. Interaction between prefoldin 5 (PFD5) and APOBEC3B disrupted the ability of PFD5 to induce degradation of the oncogene cMyc, implicating the APOBEC3B protein interaction network in cancer. Altogether, the results uncover novel functions and interactions of the APOBEC3 family and suggest they may have fundamental roles in cellular RNA biology, their protein-protein interactions are not redundant, and there are protein-protein interactions with tumor suppressors, suggesting a role in cancer biology.

Autores: Linda Chelico, G. M. Jang, A. K. A. Sudarsan, A. Shayeganmehr, E. P. Munhoz, R. Lao, A. Gaba, M. G. Rodriguez, R. P. Love, B. J. Polacco, Y. Zhou, N. J. Krogan, R. M. Kaake

Última atualização: 2024-02-06 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.06.579137

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.06.579137.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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