Melhorando a Segmentação para Tratamento do Câncer do Colo do Útero
Um estudo sobre modelos de deep learning para melhorar a imagem no cuidado do câncer cervical.
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Índice
No tratamento do câncer cervical, é super importante identificar e delinear certos órgãos nas imagens. Esse processo é chamado de Segmentação e é crucial pra planejar a radioterapia. Uma segmentação eficaz ajuda os médicos a entregar a quantidade certa de radiação pro tumor, protegendo os órgãos saudáveis ao redor. O deep learning, um tipo de inteligência artificial, tem mostrado muito potencial nessa área, especialmente com redes chamadas Convolutional Neural Networks (CNNs) e Transformers.
Importância da Segmentação de Imagens
A segmentação de imagens médicas é o processo de identificar e delinear áreas específicas dentro das imagens. Isso é essencial pra planejar tratamentos que envolvem radiação, como a braquiterapia pro câncer cervical. Os órgãos envolvidos, como bexiga, intestino, reto e sigmoide, são chamados de Órgãos em Risco (OARs). O objetivo durante o tratamento com radiação é minimizar a exposição desses órgãos enquanto garante que o tumor receba uma dose adequada.
Fazer essa segmentação manualmente é demorado e pode variar dependendo de quem tá olhando. Então, a gente precisa de soluções automatizadas e robustas pra acelerar esse processo e torná-lo mais confiável.
Deep Learning em Imagens Médicas
Nos últimos anos, várias técnicas de deep learning têm recebido atenção pela capacidade de realizar tarefas de segmentação de imagem de forma eficaz. As CNNs eram as mais escolhidas pra tarefas relacionadas a imagens, mas novos modelos chamados Transformers apareceram, mostrando desempenho competitivo. Enquanto as CNNs são boas pra entender características locais nas imagens, os Transformers conseguem captar padrões e relações mais amplas.
Os pesquisadores começaram a combinar as forças de CNNs e Transformers pra criar novas arquiteturas que conseguem realizar melhor as tarefas de segmentação.
Objetivo do Estudo
Esse estudo tem como objetivo determinar quais são os melhores tipos de redes neurais profundas pra segmentar OARs em exames de MRI de pacientes com câncer cervical. Vamos comparar diferentes modelos pra ver como o desempenho deles varia. Também vamos testar alguns modelos novos que integram características de arquiteturas existentes de ponta. O objetivo final é descobrir se combinações específicas de modelos trazem resultados melhores.
Metodologia
A gente começou coletando dados de um conjunto clínico que inclui exames de MRI de pacientes com câncer cervical. O conjunto tinha imagens de pacientes que receberam tratamento entre 2008 e 2021. Focamos em quatro OARs principais: bexiga, intestino, reto e sigmoide. Depois de limpar os dados (removendo imagens com problemas), sobrou um total de 194 exames de pacientes.
Treinamento de Modelos
Pra treinar nossas redes, recortamos as imagens em pedaços menores pra reduzir a complexidade da tarefa. Depois, aplicamos técnicas comuns de pré-processamento pra preparar os dados pros modelos. Durante o treinamento, usamos várias redes, incluindo U-Net, V-Net e alguns modelos mais novos como UNETR e Swin UNETR.
A gente também criou alguns modelos mistos que combinam CNNs e Transformers, como DeceptiConv e SwinConvNet, pra aproveitar as forças de cada um.
Métricas de Avaliação
Avaliamos os modelos usando o Coeficiente de Dice, uma medida estatística pra avaliar a sobreposição entre as segmentações previstas e os contornos reais. Também analisamos a Distância de Hausdorff, que indica o quão distantes as previsões podem estar das fronteiras verdadeiras.
Resultados
Após testes extensivos usando validação cruzada de 5 dobraduras, notamos que todos os modelos tiveram um desempenho relativamente bom, com Coeficientes de Dice acima de 0,8 na maioria dos casos. Isso indica que as segmentações produzidas eram bem parecidas com os contornos reais.
Aprendizado em Conjunto
Exploramos também o conceito de aprendizado em conjunto, onde as saídas de vários modelos são combinadas. Essa abordagem levou a um desempenho melhor, especialmente quando diferentes tipos de arquiteturas foram combinadas. Por exemplo, o conjunto que incluiu DeceptiConv, SwinConvNet e outros trouxe os melhores resultados.
Insights
Nossos experimentos mostraram que, embora modelos baseados em CNN geralmente tenham se saído melhor no dataset de câncer cervical, os Transformers foram mais eficazes em um conjunto diferente relacionado a tumores cerebrais. As diferenças no desempenho podem ser atribuídas ao tamanho e complexidade dos conjuntos de dados usados.
Os resultados sugerem que modelos mais simples podem funcionar tão bem, se não melhor, em algumas circunstâncias. Combinar modelos pode aumentar o desempenho, permitindo que eles cubram as fraquezas uns dos outros. Portanto, juntar diferentes arquiteturas provavelmente vai trazer resultados melhores do que depender de um único modelo.
Conclusão
Em resumo, investigamos várias arquiteturas de deep learning pra segmentar órgãos em risco no tratamento do câncer cervical. Enquanto as CNNs continuam sendo fortes concorrentes, os modelos mais novos de Transformers mostraram um potencial que não pode ser ignorado, especialmente quando misturados com técnicas tradicionais.
O trabalho futuro vai envolver a refinamento desses modelos, explorando diferentes combinações e validando os resultados com especialistas clínicos pra garantir que sejam práticos pra aplicações no mundo real.
Os avanços nas técnicas de deep learning têm um potencial significativo pra melhorar as tarefas de imagem médica, especialmente em melhorar a qualidade e a velocidade do planejamento de tratamento de radiação pra pacientes com câncer cervical.
Título: Convolutions, Transformers, and their Ensembles for the Segmentation of Organs at Risk in Radiation Treatment of Cervical Cancer
Resumo: Segmentation of regions of interest in images of patients, is a crucial step in many medical procedures. Deep neural networks have proven to be particularly adept at this task. However, a key question is what type of deep neural network to choose, and whether making a certain choice makes a difference. In this work, we will answer this question for the task of segmentation of the Organs At Risk (OARs) in radiation treatment of cervical cancer (i.e., bladder, bowel, rectum, sigmoid) in Magnetic Resonance Imaging (MRI) scans. We compare several state-of-the-art models belonging to different architecture categories, as well as a few new models that combine aspects of several state-of-the-art models, to see if the results one gets are markedly different. We visualize model predictions, create all possible ensembles of models by averaging their output probabilities, and calculate the Dice Coefficient between predictions of models, in order to understand the differences between them and the potential of possible combinations. The results show that small improvements in metrics can be achieved by advancing and merging architectures, but the predictions of the models are quite similar (most models achieve on average more than 0.8 Dice Coefficient when compared to the outputs of other models). However, the results from the ensemble experiments indicate that the best results are obtained when the best performing models from every category of the architectures are combined.
Autores: Vangelis Kostoulas, Peter A. N. Bosman, Tanja Alderliesten
Última atualização: 2023-03-20 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2303.11501
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.11501
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
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