Avanços na Edição Genética com o Sistema CRISPR-Cas12
Novos métodos melhoram a edição de genes em P. palmivora, ajudando no manejo de doenças em plantas.
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Índice
- Como o CRISPR-Cas9 Funciona
- O Potencial da Edição Genética
- Desafios em Identificar Células Editadas
- Entendendo os Oomicetos e Sua Importância
- Desenvolvendo um Novo Método de Edição para Oomicetos
- O Efeito do 2-Fluoroadenina em P. palmivora
- Identificando Genes em P. palmivora
- Knockout dos Genes APT e Resistência
- Efeitos na Virulência em Modelos de Plantas
- Conclusão e Direções Futuras
- Fonte original
- Ligações de referência
Nos últimos anos, um sistema de defesa natural encontrado em algumas bactérias, chamado CRISPR-Cas, foi transformado em uma ferramenta pra mudar Genes. Esse sistema oferece uma maneira mais simples e barata de editar genes em comparação com métodos mais antigos. A versão mais usada dessa tecnologia é conhecida como CRISPR-Cas9, que vem de uma bactéria específica. Ela é composta por uma proteína chamada Cas9 e dois tipos de RNA, que ajudam a direcionar partes específicas do DNA pra fazer as edições.
Como o CRISPR-Cas9 Funciona
Quando o CRISPR-RNA encontra sua sequência de DNA correspondente, a proteína Cas9 corta o DNA em um local específico. Esse corte acontece bem ao lado de uma sequência curta que a Cas9 precisa pra encontrar o lugar certo. Pra facilitar ainda mais o uso, os cientistas juntaram os dois tipos de RNA em um só. Esse novo design permite que eles produzam mais facilmente no laboratório.
Existem outros tipos de proteínas Cas que funcionam de maneiras diferentes. Por exemplo, as nickases Cas9 criam cortes menores no DNA, o que pode resultar em menos erros. Outra enzima chamada Cas12a pode até ajudar a processar seu próprio RNA, permitindo que vários genes sejam alvos ao mesmo tempo.
O Potencial da Edição Genética
A capacidade de editar genes já foi demonstrada em muitos seres vivos, de plantas a fungos e até algumas bactérias. Isso abre possibilidades empolgantes para tratar doenças em humanos. Enquanto a Cas12a pode ser mais específica e causar menos erros do que a Cas9, ela pode também ser menos ativa em cortar DNA. Isso significa que os pesquisadores precisam escolher a ferramenta certa com base no que querem alcançar.
Desafios em Identificar Células Editadas
Um dos principais desafios na edição de genes é descobrir quais células foram editadas corretamente. Alguns cientistas propuseram eliminar genes específicos que tornam uma célula sensível a certos químicos. Por exemplo, eliminar um gene responsável por produzir uma enzima específica pode deixar a célula resistente a um composto tóxico. Isso permite que os pesquisadores identifiquem facilmente quais células passaram pela edição genética.
Outra abordagem é interromper um gene diferente, o que também leva à resistência a uma substância nociva. Usando esses métodos, os pesquisadores conseguem identificar e selecionar eficientemente as células que foram editadas corretamente.
Entendendo os Oomicetos e Sua Importância
Os oomicetos são um tipo de microrganismos. Alguns deles agem como parasitas, atacando diversos hospedeiros, incluindo plantas e animais. Eles podem causar danos significativos às colheitas, levando a perdas econômicas. Dois oomicetos nocivos bem conhecidos são os responsáveis pela requeima das batatas e pela morte súbita dos carvalhos.
Os cientistas aplicaram com sucesso a tecnologia CRISPR-Cas9 em certos oomicetos, mas os resultados variaram. Algumas espécies são resistentes à proteína Cas9, dificultando o uso desse método nelas. No entanto, os pesquisadores descobriram que outras versões do sistema CRISPR não têm essas limitações e podem ser usadas de forma eficaz.
Desenvolvendo um Novo Método de Edição para Oomicetos
Em novos estudos, os pesquisadores trabalharam para criar um método fácil de editar múltiplos genes em um oomiceto específico conhecido como P. palmivora. Combinando uma maneira eficiente de introduzir o sistema CRISPR-Cas12 com os métodos de seleção mencionados anteriormente, eles conseguiram direcionar genes específicos de forma eficaz.
Eles se concentraram em eliminar dois genes específicos em P. palmivora que tornariam o organismo resistente a um certo tratamento químico. Depois de fazer essas edições com sucesso, eles descobriram que as cepas editadas ainda podiam infectar plantas, indicando que as mudanças não afetaram sua capacidade de causar doenças.
O Efeito do 2-Fluoroadenina em P. palmivora
Pra examinar como a substância 2-fluoroadenina afeta o crescimento de P. palmivora, os cientistas cultivaram o organismo em várias concentrações do químico. Eles descobriram que enquanto baixas concentrações tiveram pouco efeito, concentrações mais altas pararam completamente seu crescimento. Isso confirmou que a 2-fluoroadenina é um inibidor poderoso de P. palmivora em condições de laboratório.
Identificando Genes em P. palmivora
Ao estudar o genoma de P. palmivora, os pesquisadores encontraram dois genes que codificam uma enzima crucial para processar adenina, que é importante pro metabolismo celular. Embora os genes fossem diferentes em suas sequências, eles tinham estruturas e funções semelhantes, mostrando que o organismo tem um sistema robusto pra lidar com esse químico vital.
Knockout dos Genes APT e Resistência
Usando o sistema CRISPR/Cas12, os pesquisadores conseguiram eliminar ambos os genes em P. palmivora. Depois de transformar esses organismos com o novo material genético, eles puderam selecionar diretamente aqueles que eram resistentes à 2-fluoroadenina. Uma parte dessas linhagens mostrou a capacidade de crescer mesmo na presença de altas concentrações de 2-fluoroadenina, indicando que a edição funcionou.
Efeitos na Virulência em Modelos de Plantas
Pra investigar se as mudanças feitas em P. palmivora afetaram sua capacidade de infectar plantas, os cientistas inocularam uma planta comum com as cepas editadas. Eles não observaram diferenças significativas no nível de infecção ao comparar as cepas modificadas com a cepa selvagem, sugerindo que as edições genéticas não alteraram a virulência do patógeno.
Conclusão e Direções Futuras
Esse trabalho demonstra que os pesquisadores podem usar o sistema CRISPR-Cas12 de forma eficaz pra fazer múltiplas edições em P. palmivora, enquanto também facilita a identificação das cepas editadas. Usando a 2-fluoroadenina pra seleção, eles desenvolveram um método que evita a necessidade de marcadores de resistência a antibióticos, agilizando o processo de edição.
Seguindo em frente, essa pesquisa abre novas possibilidades pra estudar e manipular a composição genética de patógenos de plantas, ajudando a entender melhor sua biologia e potencialmente levando a métodos melhores de manejo de doenças na agricultura. Os avanços feitos aqui podem beneficiar não só a pesquisa sobre oomicetos, mas também contribuir pra aplicações mais amplas em engenharia genética e proteção de plantas.
Título: LbCas12-mediated multiplex gene editing and 2-fluoroadenine counter-selection in Phytophthora palmivora
Resumo: CRISPR-Cas systems have moved forward genetic engineering in virtually any organism amenable to genetic modification. In particular, these systems have unlocked unprecedented possibilities to generate mutants in oomycetes, a group of filamentous microbes comprising over two hundred Phytophthora species, including the cacao killer Phytophthora palmivora. Here, we showcase multiplex gene editing in P. palmivora using LbCas12. We have developed a straightforward protocol to simultaneously knock out two genes encoding adenine phosphoribosyltransferase (APT), an essential enzyme of the purine salvage pathway. We show that APT knockouts ({Delta}PpATP1/2) are insensitive to 2-fluoroadenine (2-FA) and retain full virulence on Nicotiana benthamiana. We rely on zoospore electroporation using an all-in-one construct to facilitate the rapid editing of multiple genes. This work enhances the genetic toolbox for Phytophthora species and simplifies the exploration of gene function, laying the groundwork for future innovations aiming to tackle oomycete plant diseases.
Autores: Edouard Evangelisti, T. Verhoeven, M. H. Pluis, M. Peippo, G. Couillaud, G. C. van den Berg
Última atualização: 2024-02-13 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.13.580060
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.13.580060.full.pdf
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