Avanços em Biologia Sintética: Criando Sistemas Parecidos com a Vida
Pesquisadores querem desenvolver células sintéticas que se replicam e evoluem.
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A biologia sintética é um campo que mistura biologia, engenharia e ciência da computação pra criar novos sistemas biológicos ou redesenhar os que já existem. Um dos principais objetivos é construir sistemas sintéticos que se comportem como organismos vivos. A ideia é que, criando esses sistemas, a gente pode avançar em áreas como medicina, agricultura e entender melhor processos biológicos básicos.
Uma das características mais importantes dos organismos vivos é a capacidade de evoluir. A evolução permite que as espécies se adaptem e prosperem em ambientes variados. Ao longo de bilhões de anos, a vida na Terra evoluiu pra uma imensa variedade de formas e sobreviveu a muitos desafios. Cientistas acreditam que entender como a evolução funciona pode ajudar a criar formas de vida sintéticas.
O Desafio de Criar Células Sintéticas
Pra criar células sintéticas, os pesquisadores precisam replicar características essenciais das células vivas. Isso inclui criar um sistema que consiga se reproduzir. A Replicação do DNA é o processo chave que suporta a hereditariedade nos organismos vivos. Embora o DNA seja a principal molécula envolvida, os pesquisadores acham que pode haver outras moléculas que desempenhem um papel nas formas iniciais de vida.
Nos laboratórios, cientistas já criaram vários sistemas que permitem a auto-replicação sem usar DNA. Esses sistemas podem incluir RNA, peptídeos e outras moléculas. No entanto, as estruturas atuais não separaram o Genótipo (as informações genéticas) do Fenótipo (as características observáveis), limitando a capacidade de evolução deles.
Importância de Separar Genótipo e Fenótipo
Separar genótipo e fenótipo é uma parte vital da evolução. Isso permite maior variabilidade e adaptabilidade. Pesquisadores estão estudando Protocélulas que podem usar RNA como material genético e proteínas como componentes funcionais. Porém, é difícil criar sistemas que funcionem completamente com RNA, devido à sua instabilidade e ao fato de que a maioria das formas de vida existentes utiliza DNA.
Os pesquisadores exploraram usar sistemas baseados em DNA pra construir essas células sintéticas. Por exemplo, alguns estudos investigaram o uso de vírus de DNA que podem se replicar de forma eficiente. A ideia é usar esses mecanismos pra criar células sintéticas que consigam se replicar e evoluir.
Conceitos Chave por trás da Replicação do DNA em Células Sintéticas
Existem vários métodos de replicação do DNA que os pesquisadores estão analisando. Por exemplo, tem um processo chamado replicação em círculo rolante (RCR), onde o DNA circular consegue se replicar. No entanto, esse método tem limitações, pois tende a produzir longas estruturas repetitivas de DNA, complicando o processo evolutivo.
Um método alternativo envolve o uso de sistemas de replicação de DNA linear, que podem replicar DNA de forma mais eficiente sem produzir aquelas longas estruturas. Esse método poderia permitir um melhor controle sobre quais características são transmitidas pra próxima geração de células sintéticas.
O Papel da Compartimentação na Biologia Sintética
Nas células vivas, as membranas separam diferentes funções e processos. Os pesquisadores podem imitar essa compartimentação com estruturas artificiais conhecidas como lipossomos. Esses lipossomos podem criar ambientes isolados adequados pra replicação de DNA e evolução. Eles funcionam encerrando a maquinaria molecular necessária pra esses processos.
Usando lipossomos, os cientistas podem testar diferentes sequências de DNA e suas funções, permitindo um acompanhamento mais fácil da evolução. A capacidade de misturar e combinar DNA em compartimentos separados pode desenvolver sistemas que imitam melhor as células vivas.
Experimentos Evolutivos Usando Protocélulas Sintéticas
Os pesquisadores realizaram experimentos usando essas protocélulas sintéticas pra estudar como o DNA pode se adaptar e evoluir em ambientes controlados. Eles querem ver se conseguem criar sistemas que passarão por seleção natural, levando a uma melhor auto-replicação e função geral.
Nesses experimentos, os cientistas usam ciclos de transcrição e tradução de RNA pra gerar DNA dentro de lipossomos. Fazendo pequenas mudanças no DNA e permitindo que essas mudanças sejam selecionadas ao longo do tempo, eles esperam testemunhar representantes da evolução natural em um contexto sintético.
Métodos de Evolução Intermitente
Um método que os pesquisadores usaram é conhecido como evolução intermitente. Esse processo envolve encapsular DNA em lipossomos, permitindo que ele se replique e, em seguida, extraindo o DNA pra mais rodadas de evolução. A principal vantagem desse sistema é controlar o tamanho e a concentração do DNA em cada rodada e reduzir a chance de variações indesejadas dominarem.
Resultados dos Experimentos de Evolução Intermitente
Nos experimentos realizados com evolução intermitente, os pesquisadores descobriram que a auto-replicação do DNA melhorava ao longo de várias rodadas de evolução, demonstrando que um sistema funcional de auto-replicação pode ser mantido e até melhorado. Os pesquisadores frequentemente notavam que certas sequências dominavam a população, sugerindo que elas ofereciam alguma vantagem evolutiva.
Tentando Evolução Contínua em Protocélulas
Embora a evolução intermitente tenha mostrado potencial, os pesquisadores também estão interessados em criar um sistema de evolução contínua, onde as protocélulas possam passar informações genéticas sem a necessidade de intervenção humana. Essa abordagem poderia aproximá-los de imitar os processos evolutivos naturais.
Usando vesículas de alimentação e permitindo que elas se misturem através de ciclos de congelamento e descongelamento, os pesquisadores pretendem criar um sistema onde o DNA possa se replicar e adaptar continuamente, sem precisar extrair e amplificar o DNA manualmente.
Exame das Variantes e Suas Dinâmicas Evolutivas
Os pesquisadores também prestam atenção especial às variações que surgem durante essas rodadas evolutivas. Eles analisam as sequências de DNA pra entender quais mutações oferecem vantagens no processo de auto-replicação.
Métodos de sequenciamento profundo ajudam a identificar a frequência de mutações em diferentes estágios da evolução. Os dados desses estudos revelam como as variações genéticas contribuem para o desempenho geral das células sintéticas.
Entendendo Acumulação de Mutações e Dinâmicas Evolutivas
Conforme a evolução avança, os pesquisadores observam que o número de mutações dentro do DNA aumenta. Certas mutações se tornam mais prevalentes, muitas vezes oferecendo insights sobre como podem melhorar a eficiência de replicação.
Os experimentos sugerem que existem diferentes caminhos para a evolução, já que algumas mutações podem oferecer vantagens imediatas, enquanto outras podem levar mais tempo pra mostrar seus benefícios. O equilíbrio dessas várias mutações ajuda os pesquisadores a identificar sequências chave que levam a uma melhor auto-replicação.
Identificando Mutações Chave e Seu Impacto na Função
Através da engenharia reversa, os pesquisadores também examinam como mutações específicas afetam as habilidades de auto-replicação. Criando variantes de seu DNA sintético com mutações direcionadas, eles podem avaliar quais mudanças levam a melhores taxas de replicação em ambientes controlados.
Notavelmente, algumas mutações mostraram melhorias significativas na auto-replicação e na velocidade com que o DNA pode produzir cópias. Essa compreensão de como certas mudanças genéticas melhoram o desempenho ajuda a informar futuros designs de sistemas biológicos sintéticos.
Conclusão e Direções Futuras
Os esforços em biologia sintética visam fornecer uma melhor compreensão dos processos fundamentais da vida e dos mecanismos que permitem que os organismos evoluam. Desenvolver células sintéticas auto-replicantes pode levar a avanços revolucionários em diversas áreas, incluindo medicina, agricultura e ciência ambiental.
Ao continuar refinando esses processos, os pesquisadores esperam desbloquear comportamentos mais complexos típicos de organismos vivos. O objetivo final é criar formas de vida sintéticas que possam evoluir e se adaptar em tempo real, semelhante a sistemas bacterianos ou virais.
Esses estudos também abrem caminho pra explorar aplicações terapêuticas, como desenvolver terapias gênicas avançadas ou modelar comportamentos virais. À medida que os pesquisadores desafiam os limites do que a biologia sintética pode alcançar, os potenciais benefícios pra sociedade e ciência se tornam cada vez mais promissores.
Título: Darwinian Evolution of Self-Replicating DNA in a Synthetic Protocell
Resumo: Replication, heredity, and evolution are characteristic of Life. We and others have postulated that the reconstruction of a synthetic living system in the laboratory will be contingent on the development of a genetic self-replicator capable of undergoing Darwinian evolution. Although DNA-based life dominates, the in vitro reconstitution of an evolving DNA self-replicator has remained challenging. We hereby emulate in liposome compartments the principles according to which life propagates information and evolves. Using two different experimental configurations supporting intermittent or semi-continuous evolution (i.e., with or without DNA extraction, PCR, and re-encapsulation), we demonstrate sustainable replication of a linear DNA template - encoding the DNA polymerase and terminal protein from the Phi29 bacteriophage - expressed in the protein synthesis using recombinant elements (PURE) system. The self-replicator can survive across multiple rounds of replication-coupled transcription-translation reactions in liposomes and, within only ten evolution rounds, accumulates mutations conferring a selection advantage. Combined data from next-generation sequencing with reverse engineering of some of the enriched mutations reveal nontrivial and context-dependent effects of the introduced mutations. The present results are foundational to build up genetic complexity in an evolving synthetic cell, as well as to study evolutionary processes in a minimal cell-free system.
Autores: Christophe Danelon, Z. Abil, A. M. Restrepo Sierra, A. R. Stan, A. Chane, A. del Prado, M. de Vega, Y. Rondelez
Última atualização: 2024-04-30 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.30.591827
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.30.591827.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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