エジソン由来のアルボウイルスの増大する脅威
デング熱、ジカウイルス、チクングニア、黄熱病の世界的な増加を調査中。
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目次
アルボウイルスは、蚊やダニのような昆虫を通じて伝播されるウイルスだよ。特定のウイルスグループには属さないけど、広がり方が似てるから、一つのアルボウイルスを研究することで他のウイルスについても学べるんだ。この話では、ネッタイシマカが広める4つのアルボウイルス、デング熱、ジカウイルス、チクングニアウイルス、黄熱病に焦点を当てるよ。これらのウイルスは、重い病気や死を引き起こす可能性があるから、健康上の大きな懸念になってるんだ。
ネッタイシマカ媒介アルボウイルスの広がりの増加
ここ数年で、これらのウイルスの広がりが急速に進んでるんだ。デング熱は毎年1億から4億人が感染してると推定されていて、主に南アメリカや東南アジアで発生してるんだ。最近、デング熱がヨーロッパなど新しい地域に広がるリスクが出てきてる。ジカウイルスとチクングニアウイルスは、アフリカとアジアで最初に見つかった後、2013年から2015年にかけてアメリカ大陸で急速に広がったんだ。これは、気温上昇、国間の旅行の増加、そして人々の免疫システムの影響があったかもしれない。
ジカウイルスの流行は重度の先天性障害やその他の健康問題との関連で世界的な注目を集めたよ。世界保健機関(WHO)は2016年にジカを公衆衛生の緊急事態と宣言した。一方、チクングニアは通常、長引く関節痛を伴うから、生活の質に影響を与えるんだ。黄熱病は今でも南アメリカやアフリカの熱帯地域でリスクがあり、2018年には約109,000件の重症例と51,000件の死者を引き起こしてる。その他の3つのウイルスとは違って、黄熱病には安全で効果的なワクチンがあるんだ。
人間は猿からの感染や都市部での感染を通じて黄熱病を感染することがあり、最近いくつかのアフリカの国々では深刻な流行が見られたよ。これらのネッタイシマカが媒介するウイルスは似たような広がり方をするから、WHOは2022年にリスクを監視し、早期発見を改善するプログラムを始めたんだ。
リスクの監視とマッピング
これらのウイルスがどう広がるかの監視は場所によって異なったり、時間とともに変わったりするんだ。リスクマップを作るために、研究者たちは通常、病気が発生した場所、感染者数、ウイルスに曝露された人数の3つのデータを使うよ。
発生データはどこでケースが発生したかを示していて、流行の特定に役立つんだ。ケース発生率は特定の地域でどれだけの人が感染したかを見てリスクの詳細な情報を提供するよ。でも、このデータは健康サービスの状況や人々がどれだけ医療を受けに行くかなどによって影響を受けることがあるんだ。
セロプレバレンス研究は、血液サンプルを検査することでウイルスに曝露された人数を教えてくれるよ。こういうデータはあんまり一般的じゃなくて、異なるウイルスが検査結果に影響を与える可能性があるから、ちょっと難しいんだ。
これらのウイルスの地理的な広がりは、ウイルス自体、環境、人口統計、社会経済的要因など、いろんな要因に影響を受けるよ。気温は重要な要因で、温かい気候は蚊がウイルスを伝えるのを助けるんだ。急速な都市の成長は、近くに住む人の数を増やして、蚊やウイルスの広がりを増加させる。貿易や旅行が増えると、これらのウイルスが新しい集団に到達する可能性も高まるんだ。コミュニティの免疫レベルは、過去の感染やワクチン接種から構築されているから、ウイルスの広がりやすさにも影響するんだ。
アルボウイルスの広がりをモデル化する
研究者たちは、これらのウイルスの広がりを地理的にマッピングするために、いろんな方法を開発してきたよ。これらの方法は大きく分けて2つのタイプに分かれる:
- データ駆動型モデルは、さまざまな要因の関係について多くの仮定をせずに、観察されたことを再現するために統計的手法を使うよ。
- プロセス駆動型モデルは、ウイルスの伝播に影響を与えるさまざまな要因の間の既知の関係に基づいた数学的方程式を使うよ。
多くの研究分野でデータが不足しているから、統計的および数学的モデルはしばしばベイズアプローチを使って、以前の情報や不確実性を組み込んでより正確な予測を可能にしているんだ。
過去の研究ではデング熱の広がりを予測するモデルが探求されてきたけど、通常は一度に一つのウイルスに焦点を当てているんだ。しかし、異なるアルボウイルスの間には多くの類似点があるから、一緒に研究することが有益なんだ。
研究と研究方法のレビュー
この記事は、人間におけるさまざまなネッタイシマカ媒介アルボウイルスのリスクを調べた研究をレビューすることを目的としているよ。関連する研究を特定するために厳密な基準を使って系統的レビューを行ったんだ。
検索戦略
デング熱、ジカ、チクングニア、黄熱病、そしてそれらの予測に関連する研究のためにいくつかのオンラインデータベースが検索されたよ。特定のキーワードセットを使用して関連文献を探して、研究者たちは関連する記事の参考文献も手動でチェックして、見逃した研究がないか専門家に問い合わせたんだ。
選考プロセス
初期検索から得られた研究をまとめて、重複を排除したよ。2人のチームメンバーが独立にタイトルと要約をスクリーニングしたんだ。フルテキストレビューのために論文が含まれ、不一致は解決されたよ。
含有/除外基準
含まれるためには、研究は査読を受けていて、英語で発表されていて、人間感染リスクに関する空間モデルに焦点を当てている必要があるよ。空間モデルは、1つ以上の地理的場所を表す必要があったんだ。昆虫や非人間の宿主への伝播にだけ焦点を当てたり、人間感染リスクを評価しなかった研究は除外されたんだ。
データ抽出
基準を満たす研究から、研究識別、モデルの特性、検証方法などのさまざまな変数が記録されたよ。データを視覚化してトレンドを理解するために分析が行われたんだ。
質評価
含まれる研究の質を評価するために、確立されたガイドラインに従ったツールが開発されたよ。18項目のチェックリストに基づいて、各論文の報告品質が評価されたんだ。
研究のトレンドと発見
アルボウイルスのマッピングに関する研究は、過去20年で大幅に増加していて、公衆衛生への関心の高まりを反映しているよ。2008年以前はほとんど研究がなかったけど、最近の数年でその数が急増したんだ。
研究の焦点は主にアメリカ大陸にあり、ブラジルが最も研究されている国だよ。研究のほとんどはデング熱に集中していて、その次がジカ、黄熱病、チクングニアだ。研究の地理的焦点は時間とともに広がってきていて、マッピングの努力には今ではより多様な地域が含まれるようになってるんだ。
リスクマップの目的は、病気や状況によって異なるよ。一般的には、リスク分布の概観を提供したり、流行を予測したり、ワクチン接種プログラムを評価したり、流行に対する対応計画を導いたりすることができるんだ。
使用されるデータの種類
ほとんどの研究は、定期的な健康監視を通じて収集された症例数データに依存しているんだ。このデータはしばしば行政区域ごとに分けられているよ。特定のシナリオでは、発生データも一般的に使用されているんだ。
黄熱病に関しては、広範なセロプレバレンス調査のおかげで特に多様なデータが集められているよ。一貫したデータが不足しているため、正確なモデルを作成することが挑戦的になっているけど、さまざまなタイプのデータが利用可能になってきているんだ。
リスクマッピングのスケール
リスクマップは、グローバルからローカルまでのさまざまなスケールで作成できるよ。多くの研究が高解像度の気候データを活用してグローバルなリスクマップを作ってる。ジカや黄熱病などの病気については、地域的または国レベルでの研究がしばしば行われていて、それに応じた分布や最近の流行が反映されているんだ。
デング熱のモデルは多くのスケールで存在していて、その大部分は国家の下に焦点を当てているよ。これらのモデルは、現在のデータに基づいて地域の意思決定を情報提供することを目指していて、アフリカでは解像度や可用性の面でまだ遅れをとっているんだ。
モデル内の共変量と要因
研究は、気候、人口統計、社会経済的変数など、さまざまな要因を含んでいるよ。気候データ、特に気温と降雨量は、最も頻繁に含まれる要因だ。人口密度や人の移動パターンも考慮されているよ。
収入レベルや教育といった社会経済的要因も関与しているんだ。環境要因や蚊の自然生息地に関連する特性も含まれているよ。
モデリングフレームワーク
研究は、モデルを作成するために統計的手法と機械学習手法の混合を使用したんだ。統計的混合効果モデルが最も一般的な方法で、空間データのより良い表現を可能にするんだ。
機械学習の手法は、より大きな地理的研究で使われ、メカニスティックモデルは、より小規模な研究に焦点を合わせた場合に使用されるよ。
モデルの検証
レビューされた研究の約半分だけが、モデルの精度を評価するための検証手順を含んでいるよ。多くの研究は伝統的な検証方法に依存していて、新しいアプローチとして空間交差検証が人気になりつつあるんだ。
研究者たちは、情報基準や混同行列など、モデルのパフォーマンスを評価するためにさまざまな指標を使用したよ。しかし、パフォーマンス指標を含まなかった研究もあるんだ。
レビューされた研究の質
研究の質はさまざまで、高品質または非常に高品質として分類されるものがかなりあったよ。レビューでは、研究の目的や方法にもっと明確さが必要だってことが強調されたんだ。多くの研究がデータソースや評価基準を明確に示していなかったからね。
結論
このレビューは、アルボウイルスリスクのマッピングに関する研究の概要を提供していて、使用されたデータタイプ、共変量、方法について触れているよ。研究者が作成するリスクマップの目的によって選ばれる選択肢が影響を受けることを示しているんだ。
アルボウイルスリスクマッピングの分野は急速に成長していて、新しい方法やデータソースが利用可能になってきているよ。収集された情報は、感染の潜在的なリスク要因を特定し、これらのウイルスが将来どこに広がるかをよりよく予測するのに役立つんだ。
将来の研究への推奨事項
- 今後の研究では、異なるデータタイプの強みと弱み、そしてそれぞれの研究目標へのフィット感を考慮すべきだよ。
- 異なる領域にわたる共変量を含めることが、予測を改善するかもしれない。
- 地元の研究は、より広いスケールでは利用できない特定のデータを活用すべきだ。
- 空間的および時間的データの特有の課題を反映する検証技術を取り入れるのが大事だよ。
- この分野が進展する中で、研究者は新しいデータソースや革新的な方法を取り入れて、アルボウイルスのリスクマッピングを改善すべきだ。
新しい洞察やデータに適応し続けることで、研究者はこれらの危険なウイルスの効果的な監視と制御に貢献できるよ。
タイトル: A systematic review of the data, methods and environmental covariates used to map Aedes-borne arbovirus transmission risk
概要: BackgroundAedes (Stegomyia)-borne diseases are an expanding global threat, but gaps in surveillance make comprehensive and comparable risk assessments challenging. Geostatistical models combine data from multiple locations and use links with environmental and socioeconomic factors to make predictive risk maps. Here we systematically review past approaches to map risk for different Aedes-borne arboviruses from local to global scales, identifying differences and similarities in the data types, covariates, and modelling approaches used. MethodsWe searched on-line databases for predictive risk mapping studies for dengue, Zika, chikungunya, and yellow fever with no geographical or date restrictions. We included studies that needed to parameterise or fit their model to real-world epidemiological data and make predictions to new spatial locations of some measure of population-level risk of viral transmission (e.g. incidence, occurrence, suitability, etc). ResultsWe found a growing number of arbovirus risk mapping studies across all endemic regions and arboviral diseases, with a total of 183 papers published 2002-2022 with the largest increases shortly following major epidemics. Three dominant use cases emerged: i) global maps to identify limits of transmission, estimate burden and assess impacts of future global change, ii) regional models used to predict the spread of major epidemics between countries and iii) national and sub-national models that use local datasets to better understand transmission dynamics to improve outbreak detection and response. Temperature and rainfall were the most popular choice of covariates (included in 50% and 40% of studies respectively) but variables such as human mobility are increasingly being included. Surprisingly, few studies (22%, 33/148) robustly tested combinations of covariates from different domains (e.g. climatic, sociodemographic, ecological, etc) and only 48% of studies assessed predictive performance via out-of-sample validation procedures. ConclusionsHere we show that approaches to map risk for different arboviruses have diversified in response to changing use cases, epidemiology and data availability. We outline specific recommendations for future studies regarding aims and data choice, covariate selection, model formulation and evaluation. Author SummaryAedes-borne arboviruses such as dengue, Zika, chikungunya, and yellow fever pose a growing global threat. It is crucial to map their risk to target interventions and control their spread. A review of 183 studies found that risk mapping methods have evolved over time to respond to changing epidemiology and data availability. Initially, mapping risk involved using data from multiple areas and satellite imagery to develop models predicting transmission risk on a global or continental scale. Following Zika and chikungunya epidemics, mechanistic models based on national-level incidence data have been utilised to track the spread of epidemics across countries. The use of case-based surveillance systems has enabled more precise and detailed predictions at sub-national levels. Of the studies reviewed, half included temperature and rainfall as covariates, and human mobility was increasingly accounted for in arbovirus risk mapping. However, only 33 of the 148 studies robustly selected the variables included in their predictions, and only half of the studies assessed their accuracy against new data. The review suggests that future risk mapping studies should consider the purpose of the map, data quality, and methodological innovations to improve accuracy of risk maps to ensure they are useful for informing control of Aedes-borne arboviruses.
著者: Ah-Young Lim, Y. Jafari, J. M. Caldwell, H. E. Clapham, K. A. M. Gaythorpe, L. Hussain-Alkhateeb, M. A. Johansson, M. U. G. Kraemer, R. J. Maude, C. P. McCormack, J. P. Messina, E. A. Mordecai, I. B. Rabe, R. C. Reiner, S. J. Ryan, H. Salje, J. C. Semenza, D. P. Rojas, O. J. Brady
最終更新: 2023-04-20 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.04.19.23288781
ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.04.19.23288781.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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