LoReTTaで異なるタイプのデータをつなげる
さまざまな医療データタイプを統合してより良い分析をする新しい方法。
― 1 分で読む
異なるソースからのデータ収集、例えば画像、テキスト、音声はめっちゃ大変なんだ。多くの医療データセットには患者のいくつかのデータタイプしか含まれてなくて、全部はないんだよね。例えば、遺伝情報と細胞の画像があるものもあれば、遺伝データとX線画像しかないものもある。3つのデータタイプが全部揃ってるデータセットを見つけるのは珍しい。こういう完全なデータがないと、高度なコンピュータモデルを使って色んな情報を一緒に分析するのが難しくなるんだ。
この問題を解決するために、LoReTTaっていう新しい方法を紹介するよ。この方法は異なるタイプのデータをつなげて、それらがどう関連し合ってるかを理解する手助けをするんだ。たとえ全ての組み合わせのデータが揃ってなくても。例えば、遺伝データと一部の患者の画像しか持っていない場合でも、LoReTTaが欠落してる部分を理解するのを助けてくれるんだ。LoReTTaの仕組みを、いろんなデータタイプを用いたテストを見て説明するつもり。
マルチモーダルデータの課題
最近、異なるデータを組み合わせることに注目が集まってる。これって、複雑な問題をよりよく理解できるからなんだ。例えば、医療分野では、医療画像、遺伝子配列、患者記録みたいな異なる情報を分析することで、医者が患者の最適な治療法を判断するのに役立つ。
今までのデータを組み合わせる方法は、各ケースに全ての情報が揃ってることを前提にしてるんだけど、実際はそうじゃないことが多い。例えば、遺伝データだけ持ってる患者のグループがいる一方で、画像だけ持ってる別のグループがいることがよくある。このせいで、特定のデータの組み合わせが一緒に見られない問題が生じる。だから、自分たちに問いかけてるのはシンプルな質問:全てのデータタイプを見たことがなくても、どんな組み合わせのデータにも対応できるコンピュータモデルを訓練できる方法はあるのか?
LoReTTaの紹介
LoReTTaは、Transitive and Commutative Pre-Training Strategyを使ってモダリティをつなげるって意味だ。LoReTTaの目標は、異なる種類のデータをつなげて、モデルがそれらの間を楽に移動できるようにすること。いくつかの組み合わせが抜けてても、データの異なるタイプ間の関係を学ぶ手助けをしてくれる方法を使ってる。
LoReTTaのアイデアは、たとえ不完全でも持ってるものでモデルを訓練できるってこと。データの一つが他のデータとどう関連してるかを理解することで、モデルは欠落した情報を予測できるようになる。このギャップを埋める能力は特に医療などの分野で重要で、完全なデータセットを見つけるのが難しいからこそ重要なんだ。
モダリティの理解
ここでの「モダリティ」とは、画像(視覚データ)、テキスト(書かれたデータ)、音声(音声データ)みたいなデータの異なるタイプのことを指す。それぞれのモダリティには独自の特徴があって、どうつながってるかを理解するのが重要なんだ。2つのデータセットが異なるモダリティに属しているかどうかを確認するためには、一方のデータを使ってもう一方のデータをどれだけうまく予測できるかを比較することができる。
例えば、画像のデータセットとテキストのデータセットがあるとする。モデルが一方の情報を使ってもう一方を簡単に予測できるなら、同じモダリティに属してるって言えるかもしれない。逆に、かなり苦労するなら、異なるモダリティを表してる可能性が高い。この理解は我々のアプローチにとって重要で、さまざまなデータセットを効果的に統合し解釈するフレームワークを構築するのに役立つ。
LoReTTaを使った訓練プロセス
LoReTTaの訓練プロセスは、いくつかのステップで構成されてる。まず、異なるタイプのデータをモデルが理解できるフォーマットに変換してデータを準備する。これには、画像を小さな部分に分解したり、テキストをエンコードしたり、音声をトークンに処理することが含まれる。データが準備できたら、訓練プロセスを始めることができる。
トークン化: 各種類のデータをトークン化する、つまり小さな部分に分ける。例えば、画像はたくさんのピクセルに分けられ、テキストは単語やフレーズに分けられる。これでモデルが学びやすくなる。
エンベディング: トークン化の後、トークンの数学的表現であるエンベディングを作る関数を使う。各トークンはその特徴や関係を捉える数値に変換される。
事前訓練: 次に、データを予測するためにモデルを訓練する。このプロセスには、モデルに既に見た情報に基づいて次の情報を生成することを教えることが含まれる。例えば、文章の一部を知っている場合、前の単語や画像に基づいて次の単語を推測することを学ぶ。
可換性と推移的モデリング: これらはLoReTTaの重要な概念だ。可換性モデリングは、データの順序を変更しても意味が失われないことをモデルに学ばせる。例えば、画像を知っていることでテキストを予測できたり、その逆も成り立つ。推移的モデリングは、共通の接続点、すなわちリンクモダリティを通じて異なるモダリティをつなげることを可能にする。例えば、遺伝子配列とそれに関連する画像のデータがあれば、その接続を使って一方が欠けているときのデータ解釈に役立てることができる。
評価: 最後に、さまざまなデータセットを使ってモデルをテストし、どれだけうまくギャップを埋めたり、見たことのないデータの組み合わせを予測できるかを見る。これでLoReTTaが不完全な情報から学ぶ効果を測ることができるんだ。
LoReTTaのテスト
LoReTTaがどれだけうまく機能するかを評価するために、異なるデータセットを使ってテストを行った。音声、視覚、テキストを含むカスタムデータセットを作成したり、がん患者の遺伝情報を含む医療データセットを見たりした。これらの異なるデータタイプを使うことで、モデルの強みと弱みを知ることができた。
SVL-MNISTデータセット
このカスタムデータセットSVL-MNISTには、視覚(手書きの数字の画像)、テキスト(画像の説明)、音声(話された数字の音声)の3つのモダリティが含まれてる。約40,000の音声サンプル、70,000の画像、130,000の書かれた説明を集めた。それぞれのデータタイプは同じ概念を指していて、モデルがそれらをどれだけうまくつなげられるかを見れる。
データセットを分けて、一部のサンプルは完全なデータ(3つのモダリティ全部)を持ち、他は一つ以上のタイプが欠けているようにした。LoReTTaは特にギャップを埋めることや、訓練中に学んだ組み合わせで正確な予測をすることで impresionante のパフォーマンスを見せた。
TCGA-OMICSデータセット
使った医療データセットはThe Cancer Genome Atlasのもので、何千人もの患者からの遺伝情報が含まれてる。mRNA、miRNA、タンパク質データの3つの形の遺伝データに焦点を当てた。このデータのサブセットで特定の組み合わせだけを使ってモデルを訓練することで、欠けている部分をどれだけうまく予測できるかを見ることができた。
LoReTTaは見事なパフォーマンスを発揮し、遺伝データの組み合わせを使って結果を予測する際に常に高い精度を達成した。これは、完全なデータセットを見つけるのが難しい現実の医療データを扱う力を示してる。
結果と発見
テストの結果からいくつかの重要なポイントが明らかになった:
見たことのない組み合わせでのパフォーマンス: LoReTTaは訓練中に見たことがないデータの組み合わせでも強いパフォーマンスを示した。これは、現実のデータセットがしばしば不完全であるため重要な利点だ。
パープレキシティの低減: 言語やデータモデルの成功の指標の一つがパープレキシティで、これはモデルがデータのシーケンスを予測できる良さを示す。LoReTTaを使った結果は、従来のモデルに比べてパープレキシティが大きく低下し、より正確な予測を行うことができた。
分類精度の向上: 特定のグループにデータを分類することが目的の分類タスクにおいても、LoReTTaは高い精度を達成した。特に、見たことのないデータのペアを予測する際には、その学んだ情報からよく一般化できる能力を示した。
推移性と可換性の利点: 推移的および可換的モデリングの技術は大きな利点をもたらした。これにより、モデルは既存のデータを新しい方法で活用し、効果的にギャップを埋めることができた。従来のモデルでは苦しんでいた部分だね。
LoReTTaの影響
LoReTTaの開発は、特に異なるデータタイプを組み合わせることでより良い患者の結果をもたらす医療分野に広い影響を与える。完成したデータセットから学ぶことを可能にすることで、複雑な情報分析の進展が期待できる。
医療アプリケーション: 医療において、診断や治療計画にさまざまな形式のデータが頻繁に使われる中で、LoReTTaは遺伝情報、画像、臨床データを統合するのに役立つ。これにより、患者データのより広範な理解に基づいて、より個別化されたケアや良い治療の決定ができるようになるかもしれない。
インフラと交通: 同様に、インフラ監視や自動運転のような分野でも、異なる種類のセンサーデータを一緒に分析する必要がある。LoReTTaはこれらのシステムを監視するモデルを改善し、より反応的で正確にできる可能性がある。
研究と開発: さまざまな分野での研究者たちは、LoReTTaを使って複数のデータタイプを理解するのに必要なニュアンスを持ってさまざまな分野で利益を得ることができるかもしれない。生物学、化学、社会科学などの分野が含まれるかもね。
制限事項と今後の方向性
LoReTTaは大きな可能性を示しているが、限界もある。効果的に機能するためには、少なくとも一つのリンクモダリティが必要なんだ。異なるデータタイプの間に接続が全くない場合、モデルは苦労するかもしれない。
さらに、現在のテストは特定のデータセットに焦点を当てていたけど、さらなる探求が必要だと予想している。今後の研究では、さらに複雑なモダリティの組み合わせに対応できるように方法を拡張することが含まれる可能性があり、その柔軟性と利便性が向上するかもしれない。
結論
LoReTTaは、マルチモーダルデータを扱う際の課題に対する重要な一歩を示している。自己教師あり学習の革新的な技術を利用することで、完全なデータセットが揃っていないときでも異なる種類の情報をつなげる新しい方法を提供するんだ。
テストを通じて、LoReTTaが予測を改善し、パープレキシティを減少させ、特に見たことのないシナリオで分類精度を向上させる能力を示した。さまざまな分野での今後の応用が楽しみで、複雑なシステムのデータ分析へのアプローチを変える可能性がある。
複数のデータタイプの強みを活用することで、LoReTTaは医療、インフラ、さらにはそれ以外の重要な分野での深い洞察とより良い意思決定への道を提供してくれる。
タイトル: Training Transitive and Commutative Multimodal Transformers with LoReTTa
概要: Training multimodal foundation models is challenging due to the limited availability of multimodal datasets. While many public datasets pair images with text, few combine images with audio or text with audio. Even rarer are datasets that align all three modalities at once. Critical domains such as healthcare, infrastructure, or transportation are particularly affected by missing modalities. This makes it difficult to integrate all modalities into a large pre-trained neural network that can be used out-of-the-box or fine-tuned for different downstream tasks. We introduce LoReTTa (Linking mOdalities with a tRansitive and commutativE pre-Training sTrAtegy) to address this understudied problem. Our self-supervised framework unifies causal modeling and masked modeling with the rules of commutativity and transitivity. This allows us to transition within and between modalities. As a result, our pre-trained models are better at exploring the true underlying joint probability distribution. Given a dataset containing only the disjoint combinations (A, B) and (B, C), LoReTTa can model the relation A C with A B C. In particular, we show that a transformer pre-trained with LoReTTa can handle any mixture of modalities at inference time, including the never-seen pair (A, C) and the triplet (A, B, C). We extensively evaluate our approach on a synthetic, medical, and reinforcement learning dataset. Across different domains, our universal multimodal transformer consistently outperforms strong baselines such as GPT, BERT, and CLIP on tasks involving the missing modality tuple.
著者: Manuel Tran, Yashin Dicente Cid, Amal Lahiani, Fabian J. Theis, Tingying Peng, Eldad Klaiman
最終更新: 2024-01-16 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://arxiv.org/abs/2305.14243
ソースPDF: https://arxiv.org/pdf/2305.14243
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた arxiv に感謝します。