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健康に関する洞察のためのグレー文献の活用

グレーリテラチャーから健康データを抽出するツールのレビュー。

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医療におけるデータ抽出医療におけるデータ抽出健康文献の自動化手法を深く掘り下げる。
目次

このレビューは、健康に関するグレーリテラチャーやあまりフォーマルでない情報源から自動的に情報を集める方法を初めて紹介してるよ。これは、医療の新しいトレンドや進展を迅速に特定するのに役立ち、レポートや評価の作成に貢献するんだ。

レビューでは、健康ニュース、特許、ウェブサイト、試験登録、フォーラム、ソーシャルメディアなど、さまざまな情報源から情報を集める84のツールと方法について触れてる。これらのツールの重要な特徴、抽出する情報の種類、効果、直面している課題、研究のギャップを強調してるんだ。

健康と社会福祉の文献の風景は急速に変化してる。研究は今まで以上に早く公開され、これに依存したレビューや評価が増えてきてる。伝統的な文献はピアレビューを経てるから、薬や医療機器についての選択をする際に重要な証拠を提供してくれる。ただ、新しい技術と研究が公開されるまでの時間にはギャップがあることが多い。

例えば、新しい試験や研究が公開されるまでに数年-一部の推定では最大7年かかることもある-かかることがあるんだ。ピアレビューされた文献だけに依存すると、意思決定が遅れる原因になっちゃう。最近の分析では、元の研究の後にレビューが登場するまでに数年かかることも示されてる。だから、非ピアレビュー情報に依存した評価が増えてるんだ。これにより、現在の進展をより明確に把握できるんだよ。

進行中の進展を効果的に分析するためには、グレーリテラチャーや他の公に利用可能なデータに見られる柔らかい情報を含める必要性が高まってる。グレーリテラチャーは、政府の報告書、学術論文、さらにはソーシャルメディアの投稿のように、伝統的な出版ルートの外で作成された資料を指すんだ。これらの情報源は、新しい研究の初期のヒントや既存の研究を補完することで、貴重な洞察を提供してくれる。

だけど、グレーリテラチャーには特許や企業のウェブサイトなどの業界や法的文書も含まれてる。ニュース記事やプレスリリースは、ピアレビューされてない別の公共情報の層を加える。ソーシャルメディアは、医療の革新に関するタイムリーな洞察を提供できるよ。これらの非伝統的な情報源は、必ずしもグレーリテラチャーの一部として数えられてこなかったんだ。

このレビューは、初期段階の研究が実践に進展する様子を示してる。二次研究がこれらの新しい情報源を含めるまで広がる可能性を示してるし、自動化された方法が有用なデータの収集をどれだけ早められるかを特定してるんだ。

標準的なシステマティックレビューを超えて、ホライズンスキャニングや医療技術評価などの分野は、新しい情報タイプを加えることで、技術トレンドをより早く把握できる。最近の議論では、「インフォデミック」と呼ばれる情報過多の増加が語られていて、これはソーシャルメディアやニュースメディアを通じて有用な情報と誤解を招く情報が急速に広がることを指す。これにより、データの有効な利用に関する課題が生じてるんだ。

常に流入する情報に対処するために、データを取得して分析する方法も追いつかなくちゃいけない。これは特にグレーリテラチャーや柔らかいインテリジェンスを考慮する際に重要だよ。これらの取得方法は、関連する文献を特定し、研究でデータを集めるためのものなんだ。

自動化は、新しい薬や技術が医療システムに与える影響が不明な場合、迅速かつ資源効率の高い証拠の在庫を提供する上で重要な役割を果たすよ。

グレーリテラチャーを含む医療技術評価の調査では、かなりの割合の国々がこれらの評価を臨床実践を導くために利用してる。プロセスに関与する利害関係者には、政府機関、医療サービス、患者団体、産業関係者がいるんだ。でも、資金調達やデータアクセスといった課題がこれらの評価の生産を妨げてる。これらの問題は、自然言語処理や自動情報取得の技術によって対処できるかもしれない。

この論文は、グレーおよびソフトインテリジェンスを利用した健康関連研究質問のための自動データ抽出方法とツールをまとめてる。自動データ抽出のための情報源や、抽出される情報の種類(病気、薬、技術など)について議論してる。さらに、パフォーマンス、実用的価値、関連する課題を評価してるんだ。

3つの研究質問が議論のガイドとなってる:

  1. 健康研究のための抽出ツールまたは方法の重要な特徴は何か?
  2. 既存の公開ツールや方法は、健康研究のための証拠抽出を早めるのにどれくらいサポートを提供してるか?
  3. データ抽出ツールや方法の開発と利用を妨げる課題やギャップは何か?

関連研究

自然言語処理NLP)や機械学習などの最近の技術の進歩により、膨大な量の無秩序なデジタルテキストを扱えるようになった。この進歩は、データマイニングや抽出の革新的な研究が証拠の統合を簡素化するために適用されるNLPベースの健康データ科学と呼ばれる新しい領域を生んだんだ。

健康文献からの自動データ抽出を利用する研究が増えてきてる。現在の文献には、自動抽出、データ正規化、関係抽出、テキスト要約のような分野での急速な発展を示す論文が数多く含まれてる。でも、非ピアレビューの情報源からの無構造データ処理を探る必要がまだあるし、どの方法がこのプロセスでユーザーを助けるかを見つける必要もあるんだ。

NLPやテキストマイニングは、Twitterのようなソーシャルメディアプラットフォームからのデータ分析にもよく使われてる。アプリケーションは、交通データの分析から医療情報の調査まで様々だよ。研究は、薬に関連する有害事象やメンタルヘルスの問題といった様々な健康データの抽出に焦点を当ててる。

このレビューは、文献から情報を抽出するための公表されたツールや方法をマッピングしてる。ここでツールはオンラインで利用できるユーザーフレンドリーなアプリケーションを指し、方法はプログラミングやデータサイエンスの知識が必要なスクリプトやアルゴリズムのセットを指すんだ。結果は、抽出されたデータを視覚化し、研究ギャップを特定するための証拠マップにまとめられてる。

研究目的

このレビューは、グレーリテラチャーやソフトインテリジェンスからデータを抽出するための既存ツールや方法を概説することを目的としてる。私たちの目標は、研究者が公に利用可能なデータソースから情報を効果的に集めるための自動化ツールを特定することだよ。

健康とインフォマティクス研究をカバーするさまざまなデータベースで関連する記事を見つけるための徹底的な検索戦略が開発された。私たちの検索は、テキストマイニングのシステマティックレビュー自動化に関連する公表が登場し始めた2005年に遡る文献を含めた。検索は情報専門家からのフィードバックを受けて洗練され、異なるデータベースに合わせてカスタマイズされたんだ。

適格基準

記事の選定プロセスは、厳密な包含および除外基準に基づいて行われた:

含まれる論文
  • データ抽出ツールまたは方法の開発を説明するオリジナル研究。
  • 非ピアレビューの医療データに焦点を当てたツールまたは方法。
  • 英語で発表され、全文が利用可能な論文。
除外される論文
  • 健康記録からの患者レベルデータに焦点を当てたツール。
  • ゲノムまたは生物学的データを対象とした方法。
  • グレーリテラチャーを使用せずにピアレビュー文献向けに開発されたツール。

論文は、研究対象やデータソースに基づいてタグ付けされ、フィルタリングが容易になるようにされてる。

スクリーニングとデータ抽出プロセス

スクリーニングでは、重複記録を削除し、各記事の関連性を評価した。プロセスは正確性を確保するために専門のソフトウェアを使用して行われた。私たちは、スクリーニングにおいて高い感度を達成することを目指したんだ。

データ抽出は、各研究質問のために構造化されたアプローチに従って行われた。情報は、抽出ツールの重要な特徴、既存の方法が提供するサポートのレベル、これらのツール採用における課題を集めた。

全体的に、多くの論文がスクリーニングされ、最終的に84件の論文が詳細な分析のために選ばれたよ。

抽出されたデータの種類

レビューでは、自動化された方法によって抽出されたさまざまな情報の種類を特定した。最も一般的な種類は、有害事象、病気、薬に関連してた。幅広いデータカテゴリーがタグ付けされ、研究によってカバーされる多様な分野を捉えることができたんだ。

自動化レベル

各論文は、ツールや方法によって達成された自動化の程度に基づいて分類された。これらのカテゴリーには、証拠の優先順位付けや要約、エンティティや文のマイニング、データの完全抽出と正規化が含まれる。

  1. 優先順位付けと要約:これは自動化の最もシンプルな形で、研究者が詳細な分析に入る前に関連文書を特定するのを助ける。
  2. エンティティや文のマイニング:このカテゴリーでは、テキストから特定の情報(名前や用語など)を特定する。
  3. 抽出と正規化:最も複雑なレベルで、認識された語彙を使用して生データを構造化された形式に変換する。

評価指標

ほとんどの研究では、さまざまな定量的指標(精度や再現率など)を用いて方法を評価してる。これらの指標は、ツールがデータをどれだけ効果的に抽出して処理しているかを評価するのに役立つ。合計で、パフォーマンススコアは異なるタスクで変動し、非標準化データ処理に関する課題を強調してる。

課題と障壁

自動データ抽出ツールの実装において、いくつかの課題が特定された:

  • データの異質性:データ型や情報源の違いが処理の複雑さを生む。
  • 品質問題:ノイズや無関係な情報が存在することで不正確さが生じることがある。
  • データの可用性:公に利用可能なデータセットが不足しているため、堅牢なモデルを構築しようとしている研究者には困難がある。

ツール開発に関する推奨事項

効果的な自動データ抽出ツールを作成するために、研究者はこれらのツールの開発と維持に伴うコストを考慮しなければならない。健康研究者のニーズに合った使いやすいアプリケーションを構築することが、成功した採用にとって不可欠なんだ。

設計段階でコミュニティと関わり、透明な評価を提供することは、ユーザー間の信頼と受容を高めるのに役立つ。この努力によって、自動データ抽出ツールの全体的な使いやすさと影響が向上し、最終的に医療研究の風景に大きく貢献することになるよ。

結論

このレビューは、医療におけるグレーリテラチャーやソフトインテリジェンスからのデータ抽出の能力についての光を当ててる。発見は、これらのツールの可能性と課題の両方を強調していて、健康関連研究の分野における重要なニーズに対応してる。既存のツールや方法の包括的なマッピングは、この分野での将来の発展と改善の基盤を提供し、医療研究者がタイムリーで関連性の高い情報に効果的にアクセスできるようにするんだ。

オリジナルソース

タイトル: Automated data extraction of unstructured grey literature in health research: a mapping review of the current research literature

概要: The amount of grey literature and softer intelligence from social media or websites is vast. Given the long lead-times of producing high-quality peer-reviewed health information this is causing a demand for new ways to provide prompt input for secondary research. To our knowledge this is the first review of automated data extraction methods or tools for health-related grey literature and soft intelligence, with a focus on (semi)automating horizon scans, health technology assessments, evidence maps, or other literature reviews. We searched six databases to cover both health- and computer-science literature. After deduplication, 10% of the search results were screened by two reviewers, the remainder was single-screened up to an estimated 95% sensitivity; screening was stopped early after screening an additional 1000 results with no new includes. All full texts were retrieved, screened, and extracted by a single reviewer and 10% were checked in duplicate. We included 84 papers covering automation for health-related social media, internet fora, news, patents, government agencies and charities, or trial registers. From each paper we answered three research questions: Firstly, important functionalities for users of the tool or method; secondly, information about the level of support and reliability; and thirdly, practical challenges and research gaps. Poor availability of code, data, and usable tools leads to low transparency regarding performance and duplication of work. Financial implications, scalability, integration into downstream workflows, and meaningful evaluations should be carefully planned before starting to develop a tool, given the vast amounts of data and opportunities those tools offer to expedite research.

著者: Lena Schmidt, S. Mohamed, N. Meader, J. Bacardit, D. Craig

最終更新: 2023-06-29 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.06.29.23291656

ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.06.29.23291656.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた medrxiv に感謝します。

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