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L'evoluzione dell'orzo: da selvatico a coltivato

Uno sguardo a come l'orzo è cambiato attraverso la domesticazione e la ricerca genetica.

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Orzo: Un'evoluzioneOrzo: Un'evoluzionegeneticada forme selvatiche a quelle coltivate.La ricerca svela il viaggio dell'orzo
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L'orzo ha avuto un ruolo fondamentale nello sviluppo delle società umane. Quando le persone sono passate dalla caccia e raccolta all'agricoltura, hanno iniziato a coltivare e fare affidamento su colture come l'orzo. Questa transizione ha richiesto che l'orzo si adattasse ai bisogni umani, portando a cambiamenti significativi nel modo in cui cresce e si riproduce.

Cambiamenti dall'Orzo Selvatico all'Orzo Domestico

L'orzo selvatico e quello coltivato differiscono in molti modi. Ad esempio, l'orzo domestico può produrre più chicchi dei suoi antenati selvatici. Un esempio specifico è l'orzo a sei file, che produce tre volte più chicchi rispetto ai tipi più vecchi a due file. Questo cambiamento è avvenuto a causa di mutazioni specifiche che hanno influenzato lo sviluppo dei fiori dell'orzo.

Nell'agricoltura, il processo di maltazione è vitale. Inizia quando i chicchi d'orzo assorbono acqua e cominciano a germogliare. Questo è importante per la produzione di birra e altri prodotti, poiché i chicchi germogliati rilasciano enzimi che convertono gli amidi in zuccheri. In natura, vari segnali ambientali dicono all'orzo quando germogliare, aiutando le piantine a trovare buone condizioni per crescere. Tuttavia, in agricoltura, l'orzo deve germogliare rapidamente e uniformemente per soddisfare gli standard industriali.

Il Ruolo della Ricerca Genetica

I ricercatori si sono concentrati sulla genetica dell'orzo per migliorare tratti come la Resistenza alle malattie e l'uso dei nutrienti. All'inizio del XX secolo, gli studi sulla genetica dell'orzo hanno fatto progressi significativi. Tuttavia, con l'evoluzione delle tecniche, l'orzo è rimasto indietro rispetto ad altre colture con genomi più piccoli. Recentemente, i progressi nella tecnologia di sequenziamento del DNA hanno rinnovato l'interesse per l'orzo e hanno permesso agli scienziati di studiarne la genetica in maggiore dettaglio.

Un risultato notevole nella ricerca sull'orzo è la creazione di un Pangenoma completo, che è una raccolta delle informazioni genetiche provenienti da molte varietà di orzo. Questo pangenoma include 76 sequenze genomiche complete, fornendo una chiara visione della diversità genetica all'interno dell'orzo. Questa ricerca aiuta gli scienziati a capire come l'orzo si è evoluto e adattato nel tempo.

Costruire il Pangenoma dell'Orzo

Per creare il pangenoma dell'orzo, i ricercatori hanno selezionato un mix diversificato di tipi di orzo, comprese le varietà domestiche e i parenti selvatici. Hanno sequenziato i genomi di queste piante e organizzato i dati in un pangenoma completo. Questo approccio ha permesso un'analisi dettagliata dei geni e delle loro variazioni tra i diversi tipi di orzo.

I ricercatori hanno scoperto che il contenuto genetico dell'orzo variava significativamente. Solo una piccola percentuale di gruppi genici era presente in ogni tipo di orzo studiato. Gli orzi selvatici e coltivati hanno mostrato sorprendenti somiglianze nella loro composizione genetica, suggerendo che condividono geni a causa della loro stretta relazione.

Scoprire Variazioni Strutturali

La ricerca ha rivelato molte variazioni strutturali, che sono variazioni nel modo in cui i geni e le sequenze sono disposti nel genoma. Ad esempio, i ricercatori hanno identificato due eventi significativi nella struttura genetica dei diversi tipi di orzo. Questi eventi potrebbero influenzare il modo in cui le piante crescono e si riproducono.

Lo studio ha anche mostrato che l'orzo selvatico tende ad avere un livello più elevato di certe variazioni genetiche rispetto alle forme coltivate. Questo indica che l'orzo selvatico potrebbe contenere informazioni genetiche preziose che potrebbero beneficiare gli sforzi futuri di allevamento dell'orzo.

Intuizioni sulla Diversità Genetica

La diversità genetica è essenziale per il successo a lungo termine delle colture. I ricercatori hanno esaminato una vasta gamma di varietà di orzo, rilevando milioni di variazioni genetiche. Hanno scoperto che il pangenoma ha catturato gran parte della diversità genetica dell'orzo coltivato, sebbene alcune aree avessero meno copertura, indicando che potrebbero essere sottorappresentate nelle sequenze genomiche.

Lo studio ha incluso varie cultivar di orzo d'élite con ricchi background genetici. I risultati suggeriscono che c'è ancora una considerevole diversità nell'orzo coltivato, nonostante le preoccupazioni riguardo ai colli di bottiglia genetici durante la domestificazione.

Comprendere le Regioni Geniche Complesse

Uno degli aspetti più critici della ricerca è stata la comprensione delle regioni geniche complesse. Queste regioni sono spesso difficili da studiare perché contengono molte copie simili di geni. I ricercatori si sono concentrati su famiglie geniche coinvolte in tratti importanti come la resistenza alle malattie e la struttura delle piante.

Ad esempio, un significativo locus genico nell'orzo relativo alla resistenza alle malattie include più geni simili. Questa complessità può rendere difficile determinare come funzionano e interagiscono questi geni. La ricerca ha fornito nuove intuizioni sulle diverse copie di geni presenti nei vari tipi di orzo, consentendo agli scienziati di studiare come queste variazioni si riferiscano alla resistenza contro le malattie.

Il Ruolo delle α-Amilasi nella Maltazione

Un'altra scoperta chiave si riferisce ai geni α-amilasi, che sono cruciali per il processo di maltazione. Questi enzimi scompongono l'amido in zuccheri, necessari per la crescita delle piantine e la produzione di bevande maltate. I ricercatori hanno trovato che il numero di copie di geni α-amilasi variava ampiamente tra i diversi tipi di orzo, con le forme coltivate che generalmente avevano più copie rispetto a quelle selvatiche.

Questa variazione può influenzare l'efficienza con cui l'orzo converte l'amido in zuccheri durante la maltazione. La ricerca ha trovato oltre 90 sequenze distintive di geni α-amilasi tra le varietà di orzo, evidenziando le differenze genetiche in questo importante tratto.

Uno Sguardo Più Da Vicino a Varietà Specifiche

Lo studio ha anche identificato tratti importanti in specifiche varietà di orzo. I ricercatori hanno esaminato tre orzi d'élite per maltazione: Morex, Barke e RGT Planet. Ognuna di queste varietà aveva caratteristiche genetiche uniche che influenzavano la loro qualità di maltazione. Questa analisi ha fornito intuizioni su come diverse variazioni genetiche potrebbero influenzare l'idoneità dell'orzo per vari bisogni agricoli e di produzione di birra.

Ad esempio, il Morex, un tempo un orzo di successo in Nord America, aveva copie quasi identiche del gene α-amilasi, mentre il Barke aveva versioni diverse. Tali differenze potrebbero portare a variazioni nella qualità del Malto prodotto da questi tipi di orzo.

Indagare sugli Appendici Pelosi sui Chicchi

Un altro aspetto interessante dell'orzo studiato era la presenza di strutture pelose sui chicchi d'orzo, che aiutavano le piante selvatiche nella dispersione dei semi. Gli allevatori volevano capire perché questo tratto sia cambiato durante la domestificazione.

I ricercatori si sono concentrati su geni specifici che influenzano lo sviluppo dei peli sui chicchi. Hanno scoperto che certe variazioni genetiche erano collegate alla lunghezza e al tipo di peli sui chicchi d'orzo, che differivano tra le forme selvatiche e quelle coltivate. Questo lavoro ha messo in evidenza i cambiamenti regolatori avvenuti durante la domestificazione, dimostrando come l'intervento umano abbia influenzato i tratti delle piante.

Conclusione: Il Futuro della Ricerca sull'Orzo

In generale, lo studio del pangenoma dell'orzo offre intuizioni preziose su come l'orzo si sia evoluto e le sue implicazioni per il futuro allevamento e l'agricoltura. La ricerca dimostra che, nonostante le preoccupazioni sulla riduzione della diversità genetica, c'è ancora potenziale per variazioni genetiche preziose dopo la domestificazione.

I risultati sottolineano l'importanza di studiare la composizione genetica di colture come l'orzo. Comprendendo le complessità della genetica dell'orzo, i ricercatori possono affrontare meglio le sfide poste dai cambiamenti climatici e cercare di migliorare la resilienza delle colture.

Mentre gli scienziati continuano a indagare sull'orzo e sui suoi amici nella famiglia dei cereali, sperano di sfruttare la vasta diversità genetica per creare varietà di colture migliori e più adattabili per il futuro. Questo lavoro potrebbe portare a innovazioni in agricoltura che garantiscano la sicurezza alimentare per le generazioni a venire.

Fonte originale

Titolo: Adaptive diversification through structural variation in barley

Estratto: Pangenomes are collections of annotated genome sequences of multiple individuals of a species. The structural variants uncovered by these datasets are a major asset to genetic analysis in crop plants. Here, we report a pangenome of barley comprising long-read sequence assemblies of 76 wild and domesticated genomes and short-read sequence data of 1,315 genotypes. An expanded catalogue of sequence variation in the crop includes structurally complex loci that have become hot spots of gene copy number variation in evolutionarily recent times. To demonstrate the utility of the pangenome, we focus on four loci involved in disease resistance, plant architecture, nutrient release, and trichome development. Novel allelic variation at a powdery mildew resistance locus and population-specific copy number gains in a regulator of vegetative branching were found. Expansion of a family of starch-cleaving enzymes in elite malting barleys was linked to shifts in enzymatic activity in micro-malting trials. Deletion of an enhancer motif is likely to change the developmental trajectory of the hairy appendages on barley grains. Our findings indicate that rapid evolution at structurally complex loci may have helped crop plants adapt to new selective regimes in agricultural ecosystems.

Autori: Nils Stein, M. Jayakodi, Q. Lu, H. Pidon, M. T. Rabanus-Wallace, M. Bayer, T. Lux, Y. Guo, B. Jaegle, A. Badea, W. Bekele, G. Brar, K. Braune, B. Bunk, K. Chalmers, B. Chapman, M. E. Jorgensen, J.-W. Feng, M. Feser, A. Fiebig, H. Gundlach, W. Guo, G. Haberer, M. Hansson, A. Himmelbach, I. Hoffie, R. Hoffie, H. Hu, S. Isobe, P. Koenig, S. Kale, N. Kamal, G. Keeble-Gagnere, B. Keller, M. Knauft, R. Koppolu, S. Krattinger, J. Kumlehn, P. Langridge, C. Li, M. Marone, A. Maurer, K. Mayer, M. Melzer, G. Muehlbauer, E. Murozuka, S. Padmarasu, D. Perovic, K. Pillen

Ultimo aggiornamento: 2024-02-18 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.14.580266

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.14.580266.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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