Sfide nell'Acquacoltura del Salmone: Minacce Virali
Esaminando come i virus colpiscono il salmone atlantico nell'acquacoltura.
Robert Stewart, Xoel Souto Guitián, Ophélie Gervais, Yehwa Jin, Sarah Salisbury, Samuel A. M. Martin, Maeve Ballantyne, Beatriz Orosa-Puente, Diego Robledo
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Indice
- Malattie Virali nell'Acquacoltura del Salmone
- Ubiquitina e Risposta Immunitaria
- Sommario e Obiettivo
- Cambiamenti Globali nell'Ubiquitinazione in Risposta all'Infezione Virale
- Analisi del Proteoma Arricchito da Ubiquitinazione
- Proteomica dell'Infezione ISAV e IPNV
- Analisi di Arricchimento dei Termini GO delle Proteine Differenzialmente Abbondanti
- Riprogrammazione Trascrittomica in Risposta alle Infezioni da ISAV e IPNV
- Riprogrammazione Trascrizionale Mediata da Ubiquitina in Risposta alle Infezioni da ISAV e IPNV
- L'Infezione da Virus dell'Anemia Infettiva del Salmone Induce una Forte Risposta Post-Traduzionale
- Le Proteine TRIM Conservate e Specifiche per i Pesci Giocano un Ruolo Maggiore nella Risposta all'ISAV nel Salmone Atlantico
- L'Infezione da Virus della Necrosi Pancreatica Infettiva Induce una Forte Risposta Trascrizionale Seguita da Riprogrammazione Proteasomale
- Conclusioni
- Fonte originale
L'acquacoltura è un modo fondamentale per fornire cibo sano al nostro mondo sempre più affollato. Con il numero di persone che si prevede raggiunga quasi 10 miliardi entro il 2050, potremmo dover raddoppiare la nostra produzione alimentare. L'allevamento di pesci, che comprende l'allevamento di pesci in ambienti controllati, attualmente fornisce circa il 17% delle Proteine animali che consumiamo. Ma c'è un problema: non possiamo continuare a prendere pesci dall'oceano alla stessa velocità di prima. Quindi, l'allevamento di pesci deve crescere di un margine significativo nei prossimi 25 anni per tenere il passo con i nostri appetiti.
Anche se l'allevamento di pesci ha alcuni vantaggi rispetto all'allevamento tradizionale di carne-come la necessità di meno terreno e la produzione di meno gas serra-non è tutto rose e fiori. L'industria affronta sfide importanti a causa di malattie che possono spazzare via le popolazioni di pesci. Queste malattie sono una delle principali cause di perdita nell'allevamento di pesci.
Malattie Virali nell'Acquacoltura del Salmone
Le infezioni virali sono un grosso problema per il salmone atlantico, un pesce molto popolare nell'acquacoltura. Possono causare alti tassi di mortalità tra questi pesci, e purtroppo, non ci sono molti vaccini o trattamenti efficaci disponibili. Due virus cattivi, il Virus dell'Anemia Infettiva del Salmone (ISAV) e il Virus della Necrosi Pancreatica Infettiva (IPNV), sono particolarmente dannosi. Anche se molte aziende di salmoni si vaccinano contro l'ISAV, questi vaccini non offrono una protezione completa. E indovina un po'? Non c'è affatto un vaccino per l'IPNV.
I ricercatori sperano di raccogliere più informazioni su come questi virus interagiscono con i loro ospiti pesci. Questa conoscenza potrebbe portare a migliori vaccini o modi per allevare pesci che possono resistere a queste infezioni.
Ubiquitina e Risposta Immunitaria
Quando i nostri corpi combattono gli invasori, le cose si complicano un po'. Una piccola, ma potente proteina chiamata ubiquitina gioca un ruolo fondamentale in come il nostro sistema immunitario reagisce. Pensa all'ubiquitina come a un "tag" che aiuta le cellule a sapere cosa fare. Può cambiare il modo in cui funzionano le proteine, dove vanno e persino quanto tempo rimangono.
L'ubiquitina può attivare risposte immunitarie, il che è super importante quando un virus sta cercando di invadere. Ad esempio, può aiutare i nostri corpi a percepire quando un virus è presente e attivare una difesa. A seconda del contesto, l'ubiquitina può aiutare a combattere il virus o, in alcuni casi, aiutare il virus stesso.
Sommario e Obiettivo
Nella lotta contro i virus, l'ubiquitina è cruciale. I ricercatori si stanno concentrando su come l'ubiquitina aiuta il salmone a rispondere alle infezioni da ISAV e IPNV. Hanno scoperto che quando le cellule di salmone venivano infettate, i modelli di ubiquitina cambiavano, il che influenzava le risposte immunitarie.
Cambiamenti Globali nell'Ubiquitinazione in Risposta all'Infezione Virale
Gli scienziati hanno esaminato le cellule renali del salmone infette da ISAV e IPNV. Hanno controllato queste cellule 24 e 48 ore dopo l'infezione. Volevano vedere come cambiava la quantità di proteine contrassegnate dall'ubiquitina.
Quando hanno studiato le cellule infette da ISAV, hanno notato un marcato aumento di proteine ubiquitinate rispetto alle cellule non infette. Tuttavia, per le cellule infette da IPNV, hanno trovato una diminuzione nei livelli complessivi di proteine ubiquitinate.
Analisi del Proteoma Arricchito da Ubiquitinazione
Per approfondire, i ricercatori hanno arricchito i campioni per concentrarsi sulle proteine contrassegnate con ubiquitina. Hanno trovato un gran numero di proteine, ma quando hanno filtrato quelle specificamente identificate nel salmone atlantico, c'era ancora molto da esplorare.
I risultati hanno mostrato che l'infezione da ISAV ha causato un aumento delle proteine contrassegnate con ubiquitina, mentre l'infezione da IPNV ha portato per lo più al contrario. Si è scoperto che anche se i due virus hanno modi simili di colpire il pesce, le risposte immunitarie che hanno innescato erano piuttosto diverse.
Proteomica dell'Infezione ISAV e IPNV
Guardando le proteine specifiche contrassegnate da ubiquitina, sono state notate molteplici variazioni. Per ISAV, un gran numero di proteine è aumentato, mentre per IPNV si è registrata una diminuzione. I virus stavano influenzando il sistema immunitario dei pesci in modi diversi, causando reazioni variabili dall'ospite.
Alcune proteine specifiche associate al processo di ubiquitinazione sono aumentate in risposta a ISAV, mentre diverse proteine hanno mostrato una diminuzione durante l'infezione da IPNV.
Analisi di Arricchimento dei Termini GO delle Proteine Differenzialmente Abbondanti
Quando i ricercatori hanno esaminato i cambiamenti specifici nelle proteine a causa dell'infezione da ISAV, hanno trovato che le vie responsabili della produzione e del processamento delle proteine erano significativamente impattate. Al contrario, l'infezione da IPNV ha portato soprattutto a cambiamenti legati al metabolismo e alla degradazione delle proteine.
Riprogrammazione Trascrittomica in Risposta alle Infezioni da ISAV e IPNV
Gli scienziati volevano anche sapere come il materiale genetico nelle cellule cambiava in risposta a queste infezioni. Studiando l'RNA nelle cellule, potevano vedere come le cellule reagivano a livello genetico.
Per l'infezione da ISAV, la risposta a 24 ore era piuttosto deludente, ma a 48 ore, molti più geni erano attivati. Al contrario, con l'IPNV, le cellule sembravano scattare in azione subito, mostrando molti cambiamenti genetici.
Riprogrammazione Trascrizionale Mediata da Ubiquitina in Risposta alle Infezioni da ISAV e IPNV
I ricercatori hanno anche stabilito collegamenti tra i livelli di ubiquitina nelle proteine e le risposte genetiche. Hanno scoperto che alcune proteine legate alla lotta contro i virus erano collegate a cambiamenti nei livelli di ubiquitina. Questo dimostra quanto sia cruciale l'ubiquitina nell'aiutare il sistema immunitario a rispondere alle infezioni.
L'Infezione da Virus dell'Anemia Infettiva del Salmone Induce una Forte Risposta Post-Traduzionale
Lo studio ha trovato che quando le cellule di salmone erano infettate da ISAV, c'era una risposta generale lenta all'inizio, ma poi ha preso slancio. Per l'IPNV, d'altra parte, le cellule sono entrate in azione molto più velocemente, mostrando una forte risposta genetica subito.
Le Proteine TRIM Conservate e Specifiche per i Pesci Giocano un Ruolo Maggiore nella Risposta all'ISAV nel Salmone Atlantico
È stata trovata una famiglia di proteine chiamate proteine TRIM, significativamente influenzate dalle infezioni. Alcune di queste proteine sono note per aiutare il salmone a combattere i virus. I risultati suggeriscono che queste proteine giocano un ruolo importante nella risposta immunitaria.
L'Infezione da Virus della Necrosi Pancreatica Infettiva Induce una Forte Risposta Trascrizionale Seguita da Riprogrammazione Proteasomale
Quando le cellule di salmone erano infettate da IPNV, i ricercatori hanno osservato una diminuzione delle proteine che regolano la risposta immunitaria. Questo suggerisce che il virus potrebbe stare cercando di silenziare le difese del pesce.
Conclusioni
In sintesi, l'uso sia dell'ubiquitina che di altre proteine gioca un grande ruolo nel modo in cui il salmone atlantico combatte le infezioni virali come ISAV e IPNV. Comprendere queste complesse interazioni potrebbe aiutare a migliorare le pratiche di allevamento dei pesci o addirittura portare a migliori trattamenti contro queste minacce.
Quindi, la prossima volta che gusti un piatto di salmone, ricorda la battaglia che i pesci stanno combattendo sotto le onde. È un mondo di pesci-che-mangiano-virus là fuori!
Titolo: Differential Ubiquitination of Host Proteins in Response to IPNV and ISAV viruses in Atlantic salmon
Estratto: Viral diseases remain a major barrier to the sustainable production of farmed fish, primarily attributable to the absence of effective prevention and treatment options. Understanding host-pathogen interactions can guide the development of vaccines, antiviral therapies, or gene editing strategies. Ubiquitination is a key cell signalling molecule, known to regulate many aspects of immune functions but currently understudied in fish. This study leverages ubiquitin-enriched mass spectroscopy complemented with RNA sequencing to characterize the role of ubiquitination in response to infection. A challenge experiment was conducted by infecting Atlantic salmon head kidney (SHK-1) cells with Infectious salmon anaemia virus (ISAV) and Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV). At 24- and 48 hours post-infection dramatic changes were observed in the global ubiquitination state of host proteins. Many post-translational modifying proteins increased in abundance upon ISAV infection, whilst IPNV infection resulted in a reduction in abundance of many of these proteins. Transcriptomics showed a delay in the activation of the antiviral response to ISAV infection, with major upregulation of genes associated with immune pathways only at 48h. On the contrary, IPNV infection resulted in upregulation of classic innate immune response genes at both timepoints. Clear activation of Rig-like receptor pathways is demonstrated in both infections, in addition to upregulation of both conserved and novel antiviral TRIM E3 ubiquitin ligate genes. Network analysis identified clusters of immune genes and putatively regulatory proteins showing differential ubiquitination upon viral infection. This study highlights the importance of post-translational control of the host innate immune response to viruses in Atlantic salmon. Clear differences in ubiquitination between two viruses indicate either virus-specific post-translational regulation or viral antagonism of the immune response. Additionally, the ubiquitination of various proteins was linked to the regulation of innate immune pathways, suggesting a direct role of ubiquitination in the regulation of antiviral responses. AUTHOR SUMMARYUbiquitination is a main cellular regulatory mechanism in all animal species, controlling the activity of many proteins within the cell. The role of ubiquitination in the regulation of immunity is well-established, and several direct interactions with viruses have been described, either as part of a strategy of the host to fight the infection or as a viral mechanism to evade the host immune response. In aquaculture, viral diseases currently represent the most important threat to the sustainability of the industry. However, very little is known about the interplay between ubiquitination and viral pathogens in fish species. In our study, we have assessed the ubiquitination response of Atlantic salmon to two production-relevant viruses, Infectious salmon anaemia virus (ISAV) and Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV). We found remarkable differences in the ubiquitination profiles between the two infections, suggesting a key role of ubiquitination on the early immune response. We also discovered an association between the ubiquitination of certain regulatory proteins and the activation of antiviral pathways. This information could help develop new strategies to tackle viral diseases in aquaculture, such as the development of more effective vaccines or antiviral therapies, or inform gene editing efforts to generate disease resistant fish.
Autori: Robert Stewart, Xoel Souto Guitián, Ophélie Gervais, Yehwa Jin, Sarah Salisbury, Samuel A. M. Martin, Maeve Ballantyne, Beatriz Orosa-Puente, Diego Robledo
Ultimo aggiornamento: 2024-11-05 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.05.622028
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.05.622028.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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