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La Minaccia Nascosta dell'Enterobacter nella Sanità

Le specie di Enterobacter rappresentano seri rischi di infezione negli ospedali a causa della loro resistenza ai farmaci.

Faith I. Oni, Ayorinde O. Afolayan, Anderson O. Oaikhena, Erkison Ewomazino Odih, Odion O. Ikhimiukor, Veronica O. Ogunleye, Aaron O. Aboderin, Olatunde F. Olabisi, Adewale A. Amupitan, Abayomi Fadeyi, Rasaki A. Raheem, Bashirat A. Olanipekun, Charles J. Elikwu, Oluwadamilola A. Sadare, Phillip O. Oshun, Oyinlola O. Oduyebo, Folashade Ojo, Abolaji T. Adeyemo, Ifeanyi E Mba, Abiodun Egwuenu, Tochi Okwor, Anthony Underwood, Silvia Argimón, Chikwe Ihekweazu, David M. Aanensen, Iruka N. Okeke

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Enterobacter: Una Enterobacter: Una Minaccia Clinica resistenza ai farmaci. prova la sanità con una crescente Le specie di Enterobacter mettono alla
Indice

L'Enterobacter è un gruppo di batteri che si trova soprattutto nell'intestino di umani e animali. Appartiene a una famiglia più grande di batteri chiamata Enterobacteriaceae. Anche se questi batteri fanno parte della nostra popolazione intestinale naturale, a volte possono creare problemi, portando a infezioni. Puoi pensarli come gli ospiti non invitati a una festa – si presentano senza preavviso e possono combinare un bel casino.

Dove si trovano?

Puoi trovare l'Enterobacter in vari posti oltre ai nostri intestini. Gli piace rilassarsi in acqua, fognature, terra e anche sulle piante. La loro capacità di adattamento li rende molto diffusi, ed è per questo che a volte possono causare infezioni negli ospedali e in altri luoghi.

I problemi che causano

Le specie di Enterobacter sono conosciute per causare varie infezioni, soprattutto in persone già indebolite o malate. Queste infezioni possono manifestarsi in diverse parti del corpo, come il tratto urinario, le ferite, i polmoni e perfino nel sangue. La loro capacità di resistere a più farmaci rende tutto particolarmente frustrante per i dottori che cercano di curare le infezioni causate da loro. Pensali come i "cattivi ragazzi" del mondo batterico, che girano per gli ospedali causando caos.

Complesso Enterobacter cloacae

Tra le varie tipologie di Enterobacter, c'è un gruppo particolare conosciuto come complesso Enterobacter cloacae, che include diverse specie. Queste comprendono Enterobacter cloacae, Enterobacter asburiae e un paio di altri. Identificare queste specie può essere abbastanza complicato, il che aggiunge ulteriore mal di testa ai professionisti della salute. È come cercare un ago in un pagliaio, ma l'ago continua a cambiare forma!

Perché l'Identificazione è difficile

Identificare accuratamente questi batteri non è affatto semplice. I metodi tradizionali, come alcuni test biochimici, spesso non riescono a individuare il tipo specifico di Enterobacter coinvolto. A volte, possono essere scambiati per qualcos'altro! Anche i sistemi automatizzati progettati per aiutare nell'identificazione possono confondere le cose. Questo può portare a trattamenti errati, che è l'ultima cosa che chiunque desideri.

La soluzione: sequenziamento dell'intero genoma

Una soluzione moderna a questa sfida di identificazione è il sequenziamento dell'intero genoma (WGS). Questa tecnica permette agli scienziati di leggere l'intero patrimonio genetico dei batteri. Il WGS è come avere una lente d'ingrandimento hi-tech che rivela esattamente con cosa hai a che fare. Utilizzando questo metodo, i ricercatori sono stati in grado di individuare specie nascoste che in precedenza erano state scambiate per altri tipi. Sta aprendo un forziere di informazioni su questi batteri.

La recente storia dell'Enterobacter

Uno studio condotto su specie di Enterobacter isolate da infezioni del sangue in ospedali nigeriani tra il 2014 e il 2020 ha portato a risultati sorprendenti. I ricercatori hanno usato il WGS per identificare i batteri e saperne di più. Su migliaia di campioni, un numero ridotto è stato identificato come specie di Enterobacter, evidenziando l'importanza di questo gruppo tra le infezioni ospedaliere.

Raccolta dati

I ricercatori hanno raccolto campioni da sei ospedali, esaminando colture ematiche prelevate da pazienti. Hanno raccolto metadati, ovvero informazioni di base su ogni isolato. Nonostante la varietà dei campioni, molti erano etichettati in modo errato. Questo evidenzia l'importanza di un'identificazione accurata per prevenire potenziali focolai.

Ri-identificazione dei batteri

Dopo aver isolato i ceppi di Enterobacter, i ricercatori li hanno ripuliti e ri-identificati utilizzando metodi moderni. Hanno anche verificato quanto fossero sensibili a diversi Antibiotici. Usare sistemi aggiornati ha aiutato a garantire che le informazioni raccolte fossero accurate. I risultati erano più chiari di una giornata di sole!

L'importanza di un'identificazione accurata

Scoprire la vera identità delle specie di Enterobacter coinvolte è cruciale perché influisce sulle decisioni terapeutiche. Conoscere i dettagli su quali batteri sono presenti aiuta i professionisti della salute a scegliere i farmaci giusti per combatterli. Immagina di andare in un ristorante e ordinare il "speciale dello chef", solo per scoprire che non hanno gli ingredienti – ecco cosa succede quando identifichi erroneamente i batteri!

Risultati sulla Resistenza antimicrobica

Una delle principali preoccupazioni per l'Enterobacter è la sua resistenza agli antibiotici. Lo studio ha identificato diversi geni che contribuiscono a questa resistenza. Questo può rendere il trattamento delle infezioni molto più complicato. La presenza di questi geni di resistenza è un segnale che l'Enterobacter può essere un cliente difficile, in particolare quando si tratta di farmaci.

Diversità delle specie di Enterobacter

Lo studio ha rivelato una significativa diversità tra i ceppi di Enterobacter. Hanno trovato vari tipi e anche alcuni nuovi ceppi non documentati in precedenza. Ogni ospedale aveva la sua unica miscela di specie di Enterobacter, il che mostra la complessità di questi batteri.

Focolai e epidemie

Due potenziali focolai epidemici sono stati individuati nello studio. Questo segnala che i batteri si stavano diffondendo tra i pazienti negli stessi ospedali, il che è allarmante. Identificare tali focolai è essenziale per prendere provvedimenti per prevenire ulteriori infezioni.

La necessità di vigilanza

Le confusione che si è verificata nell'identificare l'Enterobacter mette in evidenza la necessità di pratiche migliori nei laboratori. Non si tratta solo di leggere un risultato; si tratta di capire cosa significano quei risultati per la cura dei pazienti. Con metodi migliorati, gli ospedali possono proteggere meglio i loro pazienti e prevenire la diffusione delle infezioni.

Distribuzione geografica

La ricerca ha anche esaminato come sono distribuite le specie di Enterobacter in Nigeria. Si scopre che diverse aree hanno mix diversi di questi batteri, rendendo alcune regioni più vulnerabili a specifiche infezioni. Mappare dove questi batteri prosperano aiuta i professionisti della salute a prepararsi e rispondere in modo efficace.

Enterobacter: La nuova sfida clinica

Non si può sottovalutare l'importanza di affrontare le specie di Enterobacter nelle impostazioni cliniche. Man mano che più ceppi diventano resistenti agli antibiotici, la lotta contro questi batteri richiederà vigilanza e innovazione costanti. Non possiamo abbassare la guardia, o potremmo trovarci in un bel guaio!

Il futuro della ricerca su Enterobacter

I risultati di questa ricerca suggeriscono la necessità di una sorveglianza continua delle specie di Enterobacter nella salute pubblica. Comprendere come questi batteri evolvono e si diffondono è essenziale per sviluppare trattamenti e metodi di prevenzione migliori. È una battaglia che non sarà vinta facilmente, ma con determinazione e gli strumenti giusti, possiamo fare progressi.

Conclusione

Le specie di Enterobacter sono dei batteri subdoli che possono causare problemi significativi, specialmente nelle strutture sanitarie. Sono capaci di superare i metodi diagnostici tradizionali, rendendo l'identificazione accurata una vera sfida. Ma con tecniche moderne come il sequenziamento dell'intero genoma, i ricercatori stanno iniziando a far luce su questi personaggi difficili. La strada da percorrere richiede attenzione continua e adattabilità per combattere la minaccia sempre presente posta da questi batteri. Ricorda, tenere d'occhio la banda dell'Enterobacter è fondamentale per un ambiente sanitario più sicuro!

Fonte originale

Titolo: Whole genome Sequencing Reveals Enterobacter hormaechei as a key Bloodstream Pathogen in six tertiary care hospitals in southwestern Nigeria.

Estratto: Enterobacter spp. are an important cause of healthcare-associated bloodstream infections uncommonly reported in Africa. This study used whole genome sequencing (WGS) to characterise Enterobacter spp. from hospitals in Nigerias antimicrobial resistance (AMR) surveillance system. Blood-culture isolates of Enterobacter from six such tertiary-care hospitals recovered between 2014 and 2020 were re-identified and antimicrobial susceptibility-tested using VITEK2. Illumina technology provided whole genome sequences for genome nomenclature, antimicrobial resistance gene prediction, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) phylogeny, and multi-locus sequence typing via publicly available bioinformatics pipelines. Initial biochemical delineation often misclassified Enterobacter, necessitating whole-genome sequencing for accurate classification. Among 98 Enterobacter received, Enterobacter hormaechei subspecies xiangfangensis predominated (43), followed by other E. hormachei subspecies (18), E. cloacae (26), E. roggenkampii (4), E. bugandensis (3), E. kobei (2), E. asburiae (1) and E. cancerogenous (1). Cephalosporins, aminoglycoside, chloramphenicol, macrolide, and carbapenem resistance in E. hormaechei was attributed to known resistance genes. They belonged to clusters III, IV, and VIII based on hsp60 typing and clades A, B, C, and D according to Sutton and Cos nomenclature. These isolates and other Enterobacter species recently reported from Nigeria reveal extensive E. hormaechei diversity, as well as clusters representing potential outbreaks. Enterobacter hormaechei, often misidentified and rarely reported from Nigeria, is this studys most common blood culture isolated Enterobacter spp. Uncovering underappreciated species as important bloodstream pathogens and retrospective detection of likely outbreaks emphasise the value of genomic surveillance in resource-limited settings. DATA SUMMARYAll sequence reads were submitted to the European Nucleotide Archive (ENA) under the project ID PRJEB29739 (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB29739). Accessions can be found in Table S1. IMPACT STATEMENTAccurate identification of Enterobacter is essential in healthcare settings as misidentification can lead to selecting antimicrobials to the genus is intrinsically resistant resistant before susceptibility testing results are available. Also, misidentification can compromise microbiology support for infection prevention and control. We show that E. hormaechei, which is never reported from clinical laboratories in Nigeria, is frequently misidentified using conventional methods like tube- or strip biochemical testing and VITEK systems. Whole genome sequence data demonstrates that E. hormaechei and E. cloacae are the most common Enterobacter isolated from bloodstream infections in Nigeria. Enhanced identification methods for surveillance play pivotal roles in improving patient care, optimising antibiotic stewardship, and combating the evolving challenges posed by this pathogen. Overall, this study reveals the effectiveness of WGS in correctly identifying this important pathogen.

Autori: Faith I. Oni, Ayorinde O. Afolayan, Anderson O. Oaikhena, Erkison Ewomazino Odih, Odion O. Ikhimiukor, Veronica O. Ogunleye, Aaron O. Aboderin, Olatunde F. Olabisi, Adewale A. Amupitan, Abayomi Fadeyi, Rasaki A. Raheem, Bashirat A. Olanipekun, Charles J. Elikwu, Oluwadamilola A. Sadare, Phillip O. Oshun, Oyinlola O. Oduyebo, Folashade Ojo, Abolaji T. Adeyemo, Ifeanyi E Mba, Abiodun Egwuenu, Tochi Okwor, Anthony Underwood, Silvia Argimón, Chikwe Ihekweazu, David M. Aanensen, Iruka N. Okeke

Ultimo aggiornamento: 2024-12-02 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.02.626058

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.02.626058.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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