La montée d'Acinetobacter baumannii en Amérique latine
Le clone 2 d'A. baumannii pose de nouveaux risques pour la santé au Brésil.
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Acinetobacter baumannii est un germe qui peut causer des infections graves dans les hôpitaux du monde entier. Il se propage vite et peut mener à différentes maladies. À cause de sa capacité à résister à pas mal de traitements, il est considéré comme une grosse menace pour la santé publique. Ce germe fait partie d'un groupe appelé ESKAPE, qui regroupe d'autres bactéries dangereuses connues pour leur Résistance aux antibiotiques. Depuis 2018, l'Organisation Mondiale de la Santé a identifié A. baumannii résistant aux antibiotiques carbapénèmes comme la priorité numéro un pour le développement de nouveaux antibiotiques.
Le Problème de la Résistance
Il y a des groupes spécifiques d'A. baumannii, appelés Clones Internationaux, qui montrent une forte résistance à plusieurs types d'antibiotiques. Ces groupes à haut risque, particulièrement le Clone 2, ont été observés dans de nombreux pays et sont responsables d'épidémies dans les hôpitaux. Au sein de ce clone, il y a divers sous-groupes qui diffèrent légèrement sur le plan génétique. Par exemple, le Clone 2 a une variante populaire connue sous le nom de Type de Séquence 2, qui se retrouve souvent dans les cas cliniques.
Fait intéressant, alors que le Clone 2 est devenu répandu dans de nombreux endroits, les rapports le concernant en Amérique Latine, en particulier au Brésil, ont été rares. Au Brésil, d'autres variantes d'A. baumannii étaient plus courantes, mais récemment, il y a eu des rapports sur l'apparition du Clone 2 à São Paulo. Cela suggère que la situation pourrait changer.
Facteurs Contribuant à la Virulence
A. baumannii a plusieurs facteurs qui le rendent dangereux, y compris des mécanismes pour expulser les antibiotiques, des signaux pour communiquer avec d'autres bactéries, et la capacité de former des couches protectrices appelées Biofilms. Une des caractéristiques clés qui l'aide à résister aux traitements est sa capsule, qui le protège contre le système immunitaire.
Recherches Récentes au Brésil
Des études récentes se sont concentrées sur 16 nouveaux cas de Clone 2 trouvés dans un hôpital à Rio de Janeiro pendant une épidémie de COVID-19. Les chercheurs ont découvert que ces cas montraient une résistance étendue à la plupart des antibiotiques, les polymyxines étant les seuls médicaments auxquels ils pouvaient encore réagir. La présence de divers gènes associés à la résistance aux antibiotiques et à la virulence a également été identifiée dans ces bactéries.
Vue d'Ensemble de l'Étude
Dans cette étude, des scientifiques ont examiné de près les données génétiques des 16 échantillons d'A. baumannii collectés. Ils voulaient comprendre à quel point ces échantillons étaient liés à d'autres trouvés dans différentes parties du monde, en particulier en Amérique Latine. Le nombre total de génomes d'A. baumannii disponibles pour analyse dépassait les 17 000. Parmi ceux-ci, environ 600 génomes provenaient d'Amérique Latine, mais la plupart venaient d'un seul pays, le Mexique, le Brésil n'en contribuant qu'un petit nombre.
Modèles de Résistance et Analyse Génétique
Chacune des 16 souches du Brésil était résistante à plusieurs médicaments, les rendant extrêmement difficiles à traiter. L'analyse a révélé une variété de gènes liés à la résistance, touchant des médicaments comme les fluoroquinolones et les carbapénèmes. De plus, les chercheurs ont trouvé une région spécifique dans le génome qui portait plusieurs gènes de résistance. Cette région présentait des similitudes avec celles trouvées dans des souches d'autres pays, indiquant que ces gènes pourraient se répandre à l'international.
L'étude a également examiné comment les bactéries étaient construites, en utilisant des techniques avancées pour séquencer leur ADN. Les séquences d'ADN ont été comparées pour apprendre quelles souches étaient plus étroitement liées. L'analyse a révélé que les souches brésiliennes formaient des groupes distincts, certaines se regroupant avec des souches d'autres régions, y compris l'Amérique du Nord et l'Europe.
Comprendre la Virulence et le Mobilome
L'analyse des gènes des bactéries a montré un ensemble riche de Facteurs de virulence, qui contribuent à leur capacité à infecter et à provoquer des maladies. De nombreuses souches portaient des structures génétiques similaires qui aidaient à leur résistance et à leur capacité à causer des infections. Certaines variations dans les séquences de gènes indiquaient des adaptations à différents environnements.
De plus, les chercheurs ont examiné le "mobilome", qui comprend des éléments génétiques mobiles pouvant déplacer des gènes, entraînant une résistance accrue. Cela joue un rôle important dans la manière dont les bactéries peuvent acquérir de nouveaux traits, comme la résistance aux antibiotiques.
Implications pour les Soins de Santé
Ces découvertes soulignent l'urgence de continuer à surveiller A. baumannii dans les hôpitaux, surtout dans les régions où il n'a pas été signalé. La présence de nouvelles souches résistantes à la plupart des traitements soulève des inquiétudes pour l'avenir des soins de santé. À mesure que ces bactéries se propagent, elles posent un défi croissant dans les hôpitaux, où les patients vulnérables sont à risque.
La gestion efficace des épidémies causées par A. baumannii nécessitera un effort combiné des professionnels de la santé, des chercheurs et des responsables de la santé publique. Les mesures pour contrôler la propagation de ce germe doivent se concentrer sur l'amélioration des pratiques d'hygiène, une meilleure utilisation des antibiotiques et des investissements dans la recherche de nouveaux traitements.
Conclusion
A. baumannii est un germe complexe et adaptable qui pose de grands défis dans les milieux de soins de santé. Sa capacité à résister aux traitements et à provoquer des infections sévères fait de lui un sujet crucial pour la recherche en cours et les initiatives de santé publique. L'émergence récente du Clone 2 au Brésil montre la nature évolutive de ce pathogène et la nécessité de rester vigilant face à sa propagation. Comprendre sa composition génétique, ses mécanismes de résistance et ses facteurs de virulence aidera à informer de meilleures stratégies pour lutter contre les infections causées par ce pathogène opportuniste.
Titre: Outbreak of XDR CRAB of International Clone 2 in Rio Janeiro, Brazil
Résumé: The high-risk clones of Acinetobacter baumannii, called international clones (ICs), span several ICs, IC1 to IC7 being the most reported. Among them, IC2 represents the main lineage causing outbreaks worldwide. IC2 presents a great diversity of sub-lineages with different sequence types (ST). Despite successful global spread, the occurrence of IC2 is rarely reported in Latin America, including Brazil. Here, through genomic analysis, we investigated 16 IC2/ST2 strains obtained from a clinical setting in Brazil (2022). These strains represented carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) with an extensively drug-resistant (XDR) profile, with most showing some resistance to tigecycline. Overall, these strains showed susceptibility only to polymyxins, thus leading to restricted therapeutic choices. Based on in silico analysis, the relationship between Brazilian CRAB genomes and IC2/ST2 genomes circulating in the world, particularly in South America, was established. The Brazilian IC2 strains belonged to three discrete and distinct sub-lineages, being more associated with IC2/ST2 genomes from countries in Europe, North America and Asia, suggesting their epidemiological link. These Brazilian strains were characterized by the co-presence of blaOXA-23 and blaOXA-66, in addition to the genes APH(6), APH(3"), ANT(3"), AAC(6), armA, and the efflux pumps adeABC and adeIJK, associated with the XDR/CRAB phenotype. Furthermore, the three sub-lineages presented three distinct capsules, KL7, KL9 and KL56, the latter not yet associated with IC2 genomes. A large set of virulence genes was also identified in the genomes: adeFGH/efflux pump, the siderophores barAB, basABCDFGHIJ and bauBCDEF, lpxABCDLM/capsule, tssABCDEFGIKLM/T6SS, pgaABCD/biofilm.
Auteurs: Sergio Morgado, E. Fonseca, F. Freitas, N. Bighi, P. Oliveira, P. Monteiro, L. Lima, B. Santos, M. Sousa, A. Assumpcao, L. Mascarenhas, A. C. Vicente
Dernière mise à jour: 2023-04-27 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.04.27.23289201
Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.04.27.23289201.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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