Nouvelles Perspectives sur le Dépistage du Cancer Colorectal

Le cancer colorectal (CRC) est un type de cancer courant et une des principales causes de décès liés au cancer. Pour réduire le nombre de personnes touchées par cette maladie et baisser le taux de mortalité, c'est essentiel de promouvoir un mode de vie sain, de créer de nouvelles méthodes de gestion et de faire des dépistages à l'échelle mondiale.

Dépister les gens dans des tranches d'âge spécifiques qui pourraient être à risque est la meilleure façon de détecter le CRC tôt. Ça aide à trouver des tumeurs et des croissances précancéreuses avant qu'elles ne deviennent graves. Dans de nombreux pays européens, la première étape du dépistage est généralement un test non invasif appelé le test immunochimique fécal (FIT). Si ce test donne un résultat positif, les patients sont orientés vers des examens visuels, souvent grâce à une procédure appelée coloscopie. Le FIT est populaire parce qu'il coûte moins cher et est plus simple à réaliser qu'une coloscopie. Pas besoin de préparation spéciale, ni de changements alimentaires, ce qui le rend plus facile à accepter pour la plupart des gens. Cependant, le FIT peut ne pas toujours détecter les signes précoces de la maladie, et trop de Coloscopies peuvent saturer les systèmes de santé. C'est pour ça que les pays fixent différents seuils de positivité pour le FIT selon leur capacité de faire des coloscopies.

Cette situation crée le besoin de meilleurs méthodes de test pour augmenter la précision dans le dépistage du CRC. Utiliser des échantillons restants du test FIT pour des analyses supplémentaires peut aider à identifier les personnes qui devraient passer à des contrôles plus détaillés, comme la coloscopie. Des recherches suggèrent que le microbiome intestinal joue un rôle dans le développement du CRC. On a trouvé des façons d'analyser le microbiome en utilisant des échantillons FIT restants et des échantillons de selles archivées. Cependant, des études plus larges sont nécessaires pour trouver des biomarqueurs qui pourraient être cliniquement utiles. Les Petits ARN non codants, surtout les microARN (MiARN), sont stables et détectables dans des échantillons de selles et pourraient être précieux pour un diagnostic non invasif des maladies gastrointestinales, y compris le CRC. En utilisant le séquençage de petits ARN, on a montré qu'on pouvait mesurer les niveaux de petits ARN humains et microbiens dans les échantillons de selles. Fait intéressant, combiner les infos des petits ARN humains et microbiens s'est avéré plus efficace pour distinguer les patients atteints de CRC de ceux dont le résultat de la coloscopie était négatif.

Bien qu'on sache que les miARN dérivés de l'intestin pourraient servir d'indicateurs potentiels pour le CRC, il y a peu d'infos sur leur mesure dans une population de dépistage utilisant les échantillons FIT restants. Dans notre recherche, réalisée dans deux laboratoires séparés en Europe, on a démontré que le séquençage de petits ARN fonctionne bien avec les échantillons FIT. On a aussi comparé les données de séquençage des échantillons FIT à celles d'échantillons de selles préservés dans des tampons stabilisants et à des échantillons de selles archivés depuis longtemps pour tester la robustesse de nos résultats. Certains miARN intestinaux ont montré des niveaux différents entre les patients atteints de CRC et les témoins sains, indiquant qu'on pourrait trouver des biomarqueurs CRC utiles.

#Groupes d'Étude et Échantillons

L'étude a impliqué plusieurs groupes et différents types d'échantillons. Un groupe est le dépistage du cancer colorectal en Norvège (BCSN), qui compare un examen unique à des tests FIT répétés tous les deux ans. Dans cet essai en cours, des échantillons de selles sont collectés à l'aide de bâtons spéciaux conçus pour contenir une petite quantité de selles et préservés dans un tampon. Pour notre étude, on a sélectionné au hasard treize échantillons FIT de participants anonymes.

Un autre groupe, l'essai norvégien de prévention du cancer colorectal (NORCCAP), a collecté des échantillons de selles des participants qui les ont apportés à une clinique avant de passer une sigmoïdoscopie flexible. De ce groupe, on a sélectionné au hasard onze échantillons de selles anonymes.

L'étude italienne, connue sous le nom de MITOS, a collecté des échantillons via un programme régional de dépistage du CRC. Ici, les résidents âgés de 59 à 69 ans sont invités à faire un test FIT tous les deux ans. Au total, on a inclus 185 sujets en fonction des résultats de coloscopie, avec différentes classifications comme CRC, adénome avancé et témoins. Parmi ceux-ci, 57 sujets ont également fourni des échantillons de selles conservés dans des tubes spéciaux compatibles avec l'ARN.

#Extraction et Préparation des Petits ARN

Pour notre recherche, on a extrait des petits ARN des échantillons FIT restants et des selles préservées dans un tampon stabilisant l'ARN. On a utilisé des kits et des méthodes spécifiques pour préparer l'ARN pour l'analyse. Chaque type d'échantillon, qu'il provienne de FIT ou de selles normales, a été traité avec soin pour garantir les meilleurs résultats.

Après avoir préparé l'ARN, on l'a converti en bibliothèques spéciales pour le séquençage. Ces bibliothèques ont ensuite été analysées sur des plateformes Illumina avancées, nous permettant de rassembler d'énormes données pour notre recherche.

#Analyse et Résultats

Pour déterminer les niveaux de miARN dans les échantillons, on a utilisé divers outils de bioinformatique. On s'est concentré sur les miARN déjà identifiés et a analysé leurs niveaux d'expression dans différents échantillons. On a constaté que les échantillons restants de FIT avaient une bonne proportion de lectures de petits ARN assignées aux miARN.

En comparant les tests, on n'a trouvé pas de différences majeures dans le nombre de miARN détectés entre différentes méthodes d'échantillonnage, ce qui indiquait la fiabilité de notre approche. Dans les analyses appariées, la cohérence des niveaux de miARN était apparente, confirmant que les différents types d'échantillons fournissaient des résultats similaires.

On a mené des analyses d'expression différentielle entre les patients atteints de CRC ou d'adénomes avancés (AA) par rapport aux témoins sains. Cette analyse a identifié plusieurs miARN qui avaient des niveaux significativement différents dans les échantillons. Certains miARN étaient plus élevés chez les patients atteints de CRC, tandis que d'autres étaient moins abondants.

L'analyse fonctionnelle de ces miARN exprimés de manière différentielle a indiqué que certains étaient impliqués dans des processus biologiques importants comme la régulation du cycle cellulaire et la réponse aux dommages de l'ADN. D'autres étaient liés à l'apoptose et aux réponses immunitaires, mettant en lumière leurs rôles potentiels dans le CRC.

#Analyse Microbienne

Après avoir examiné les miARN humains, on a regardé le reste des lectures pour le contenu microbien. On a pu classer une proportion significative de ces lectures, révélant des différences entre les types de bactéries présentes dans les échantillons FIT et les échantillons de selles. Les échantillons FIT montraient plus d'un groupe bactérien spécifique, tandis que les échantillons de selles étaient riches dans un autre groupe.

Fait intéressant, on a trouvé des motifs cohérents entre les échantillons, ce qui signifie que les types de microbes présents dans les échantillons FIT et les échantillons de selles des mêmes individus étaient souvent similaires. On a aussi identifié un type de bactéries qui était plus abondant dans les selles des cas de CRC par rapport aux témoins.

Dans l'ensemble, nos résultats suggèrent qu'utiliser le séquençage de petits ARN pour analyser à la fois les miARN humains et le contenu microbien dans les échantillons FIT peut fournir des aperçus précieux. Les niveaux similaires de miARN détectés à travers différentes méthodes d'échantillonnage indiquent que les échantillons FIT pourraient être utiles pour découvrir de nouveaux biomarqueurs du CRC. On espère que nos résultats pourront mener à des processus de dépistage meilleurs et plus efficaces pour le cancer colorectal à l'avenir.