Comment la taille et la charge affectent la dynamique des cellules bactériennes
Une étude révèle le rôle de la taille et de la charge dans le mouvement des particules bactériennes.
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Table des matières
Les cellules bactériennes sont toutes petites et n'ont pas les structures organisées qu'on trouve dans les cellules plus grandes, comme les membranes et les moteurs pour bouger les choses. À la place, elles dépendent des forces naturelles comme la chaleur, l'électricité et le mouvement des fluides pour répartir leur contenu, ce qui est essentiel pour leurs fonctions. Cet agencement se fait dans un espace bondé rempli de différentes tailles et types de molécules qui varient en charge.
Par exemple, les petits ions sont faiblement positifs, les protéines sont souvent neutres ou légèrement négatives, et les structures plus grandes comme les ribosomes ont une charge négative forte. L'ADN Bactérien est regroupé au centre de la cellule dans une structure appelée le Nucléoïde. Dans E. coli, ce nucléoïde occupe une grande partie de l'espace de la cellule. À cause de sa structure, les plus grosses molécules comme les ribosomes ont tendance à rester à l'écart du nucléoïde, tandis que les petites protéines peuvent se déplacer librement à l'intérieur. La charge électrique de ces molécules joue aussi un rôle dans leur position dans la cellule.
Bien que ce tableau nous aide à comprendre comment l'intérieur d'une cellule bactérienne est organisé, il est important de noter que le cytoplasme n'est pas un endroit statique. Il change constamment, et le mouvement des Particules est entraîné par l'énergie thermique. Cependant, les détails sur la façon dont la taille et la charge influencent ces Mouvements ne sont pas totalement clairs. Certaines études suggèrent que les petites particules se déplacent différemment des plus grosses, ce qui pourrait affecter la façon dont les bactéries grandissent et survivent.
Approche Expérimentale
Pour étudier comment la taille et la charge influencent le mouvement des particules dans les cellules bactériennes, des chercheurs ont utilisé un nouvel ensemble de particules appelées Nanoparticules Multimériques Génétiquement Codées Bactériennes (bGEMs). Ces particules existent en différentes tailles et Charges, ce qui permet d'étudier leur comportement à l'intérieur des cellules d'E. coli en détail.
Des techniques d'imagerie avancées ont été utilisées pour suivre le mouvement de ces bGEMs en trois dimensions. Grâce à un type spécial de microscopie, les chercheurs ont pu visualiser où ces particules allaient à l'intérieur des cellules au fil du temps. Ils ont mesuré l'emplacement des bGEMs au fur et à mesure de leur déplacement et ont comparé leurs résultats avec des modèles informatiques sur le comportement des particules dans des environnements bondés.
Taille des Particules et Localisation
Une des premières choses que l'étude a examinées était comment la taille des bGEMs influençait leur emplacement à l'intérieur de la cellule bactérienne. Les chercheurs ont testé trois tailles différentes : petite (20 nm), moyenne (40 nm) et grande (50 nm). Ils ont découvert que les particules plus petites avaient plus de chances de se trouver à l'intérieur du nucléoïde, tandis que les plus grosses restaient plutôt près des bords de la cellule.
Les chercheurs ont mesuré combien de temps les bGEMs restaient à l'intérieur du nucléoïde et ont découvert que les particules plus petites passaient plus de la moitié de leur temps dans cette zone par rapport aux plus grosses. Cette observation soutient la théorie selon laquelle le nucléoïde agit comme un filtre, permettant aux particules plus petites de passer plus facilement tandis que les plus grosses sont exclues.
En plus, l'équipe a calculé la taille des ouvertures dans la structure du nucléoïde et a constaté que beaucoup d'entre elles étaient assez grandes pour que les plus petites bGEMs puissent y entrer, tandis que les plus grosses avaient du mal à trouver des ouvertures. Ces informations suggèrent que la taille joue un rôle crucial dans la distribution des particules à l'intérieur de la cellule.
Charge des Particules et Localisation
En plus de la taille, les chercheurs ont aussi examiné comment la charge des bGEMs affectait leur mouvement et leur localisation. Ils ont créé différentes versions des bGEMs de 40 nm avec des charges variées, y compris très négatives, modérément négatives et positives.
Les résultats ont montré que les particules très négatives étaient plus souvent trouvées à l'intérieur ou autour du nucléoïde, tandis que les particules positives étaient généralement exclues de cette région. Ce comportement était attribué à la manière dont les particules chargées interagissaient avec d'autres molécules chargées dans le cytoplasme, comme les ribosomes et les protéines.
Intéressant, les chercheurs ont noté que même les particules chargées négativement avec différents niveaux de charge se comportaient de manière similaire en ce qui concerne leur temps passé dans le nucléoïde. En revanche, les particules positives passaient beaucoup moins de temps dans cette zone. Cela indique que la charge joue un rôle dans la façon dont les particules peuvent se déplacer à l'intérieur de la cellule, mais la taille reste le facteur dominant qui détermine leur emplacement.
Dynamiques du Mouvement des Particules
L'étude a aussi examiné comment la taille et la charge affectaient les mouvements des bGEMs au fil du temps. Ils ont mesuré la distance parcourue par chaque type de bGEM et ont observé que toutes les particules se déplaçaient initialement moins que prévu, indiquant un type de mouvement "lent" souvent observé dans des environnements bondés.
Les chercheurs ont trouvé que tant la taille que la charge impactaient la vitesse à laquelle chaque bGEM se déplaçait. Les particules plus grandes subissaient plus de restrictions et se déplaçaient plus lentement à cause des conditions bondées à l'intérieur de la cellule. En revanche, les particules très chargées avaient des mouvements encore plus lents, influencés par les fortes interactions avec les molécules environnantes.
En utilisant des simulations informatiques pour examiner de près ces mouvements, les chercheurs ont pu identifier que les bGEMs se comportaient différemment selon leur taille et leur charge. Ils ont conclu que la nature bondée du cytoplasme bactérien, combinée aux propriétés des particules, contribuait aux dynamiques observées.
Implications pour la Fonction Bactérienne
Comprendre comment la taille et la charge influencent le mouvement et la localisation des particules est crucial pour déchiffrer comment les bactéries fonctionnent et survivent dans leur environnement. Les résultats de cette étude suggèrent que l'organisation et la dynamique des molécules à l'intérieur des cellules bactériennes ne sont pas aléatoires mais influencées de manière significative par des propriétés physiques.
Ces interactions sont essentielles pour des processus importants à l'intérieur de la cellule, comme la synthèse des protéines et le transport des matériaux génétiques. Le fait que les particules plus petites et négativement chargées puissent accéder au nucléoïde tandis que les particules plus grandes et positivement chargées sont maintenues à l'extérieur pourrait jouer un rôle dans la régulation de diverses fonctions cellulaires.
Conclusion
L'étude met en lumière les complexités de la dynamique cellulaire bactérienne, montrant que la taille et la charge des particules influencent fortement leur localisation et leur mouvement à l'intérieur de la cellule. En utilisant des techniques d'imagerie avancées et des simulations détaillées, les chercheurs ont obtenu des informations précieuses sur la façon dont ces petits changements peuvent avoir de grands effets sur le comportement et la fonction d'une cellule.
Cette connaissance pourrait mener à des explorations plus poussées de la biologie bactérienne, potentiellement aidant au développement de nouvelles stratégies pour manipuler les processus cellulaires dans diverses applications, de la biotechnologie à la médecine. En continuant à démêler ces subtilités, les scientifiques peuvent mieux comprendre les mécanismes essentiels qui régissent la vie à l'échelle microscopique.
Titre: Macromolecular interactions and geometrical confinement determine the 3D diffusion of ribosome-sized particles in live Escherichia coli cells
Résumé: The crowded bacterial cytoplasm is comprised of biomolecules that span several orders of magnitude in size and electrical charge. This complexity has been proposed as the source of the rich spatial organization and apparent anomalous diffusion of intracellular components, although this has not been tested directly. Here, we use biplane microscopy to track the 3D motion of self-assembled bacterial Genetically Encoded Multimeric nanoparticles (bGEMs) with tunable size (20 to 50 nm) and charge (-2160 to +1800 e) in live Escherichia coli cells. To probe intermolecular details at spatial and temporal resolutions beyond experimental limits, we also developed a colloidal whole-cell model that explicitly represents the size and charge of cytoplasmic macromolecules and the porous structure of the bacterial nucleoid. Combining these techniques, we show that bGEMs spatially segregate by size, with small 20-nm particles enriched inside the nucleoid, and larger and/or positively charged particles excluded from this region. Localization is driven by entropic and electrostatic forces arising from cytoplasmic polydispersity, nucleoid structure, geometrical confinement, and interactions with other biomolecules including ribosomes and DNA. We observe that at the timescales of traditional single molecule tracking experiments, motion appears sub-diffusive for all particle sizes and charges. However, using computer simulations with higher temporal resolution, we find that the apparent anomalous exponents are governed by the region of the cell in which bGEMs are located. Molecular motion does not display anomalous diffusion on short time scales and the apparent sub-diffusion arises from geometrical confinement within the nucleoid and by the cell boundary.
Auteurs: Roseanna N. Zia, D. Valverde-Mendez, A. M. Sunol, B. P. Bratton, M. Delarue, J. L. Hofmann, J. P. Sheehan, Z. Gitai, L. J. Holt, J. W. Shaevitz
Dernière mise à jour: 2024-03-28 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.27.587083
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.27.587083.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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