Avancées dans les techniques d'imagerie cellulaire
De nouvelles méthodes améliorent l'imagerie cellulaire pour mieux comprendre les structures cellulaires et les maladies.
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Table des matières
- Microscopie Cryo-Électronique et son Importance
- Usinage par Faisceau d'Ions Focalisés
- Amélioration de la Préparation des Échantillons
- Tomographie Électronique Cryogénique
- Améliorations du Flux de Travail Cryo-FIB
- Le Rôle de l'Imagerie par Fluorescence
- Défis de la Distorsion Axiale
- Retour d'Information en Temps Réel avec RLM
- Comment Fonctionne RLM
- Le Processus d'Usinage
- Affiner la Sélection des Cibles
- Techniques d'Usinage Automatisées
- Mesure Précise de l'Épaisseur
- Importance du Contrôle de l'Épaisseur
- Surveillance du Processus d'Usinage
- Effets d'Interférence des Films Minces
- Flux de Fabrication Contrôlé par Qualité
- Applications en Recherche Biologique
- L'Avenir de l'Imagerie Cellulaire
- Conclusion
- Source originale
L'imagerie cellulaire aide les scientifiques à voir et étudier les petites structures à l'intérieur des cellules. C'est super important pour comprendre comment les cellules fonctionnent et ce qui ne va pas dans les maladies. Mais les méthodes traditionnelles pour observer les cellules peuvent être limitées. Souvent, elles nécessitent de couper les cellules en très fines tranches, ce qui peut être difficile sans perdre des détails importants.
Microscopie Cryo-Électronique et son Importance
La microscopie cryo-électronique (cryo-EM) est une technique qui permet aux scientifiques de regarder des échantillons congelés de cellules sans avoir à les couper trop fin. Cette méthode offre une vue claire des structures à l'intérieur des cellules, mais elle a ses défis. Toutes les cellules ne sont pas assez fines pour une imagerie directe, et préparer des échantillons pour la cryo-EM peut être délicat.
Usinage par Faisceau d'Ions Focalisés
Pour préparer les échantillons pour la cryo-EM, on utilise une technique appelée usinage par faisceau d'ions focalisés. Ce processus consiste à utiliser un faisceau d'ions pour couper des sections très fines de cellules à partir d'échantillons congelés. Ces sections fines, appelées lamelles, sont ensuite prêtes à être imager. L'objectif est de rendre la lamelle suffisamment fine-en général autour de 100 à 200 nanomètres-pour que les électrons puissent passer facilement à travers pour l'observation.
Amélioration de la Préparation des Échantillons
Récemment, des avancées ont été faites pour améliorer la façon dont ces sections fines sont réalisées. En combinant la microscopie lumineuse avec l'usinage par faisceau d'ions focalisés, les scientifiques peuvent maintenant préparer des échantillons de manière plus efficace. Le système permet un retour d'information en temps réel sur l'épaisseur et l'uniformité des lamelles pendant le processus de découpe. Ça a rendu plus facile la création d'échantillons de haute qualité prêts à être imager.
Tomographie Électronique Cryogénique
La tomographie électronique cryogénique (cryo-ET) est un autre outil utile dans ce domaine. Elle aide à révéler des caractéristiques structurelles détaillées à l'intérieur des cellules. Un de ses plus grands avantages est qu'elle peut être réalisée sans étiqueter les échantillons, permettant aux scientifiques de voir l'état naturel des cellules. Cependant, obtenir des images claires dépend toujours d'une préparation précise des sections fines.
Améliorations du Flux de Travail Cryo-FIB
Ces dernières années, plusieurs améliorations ont été apportées au flux de travail cryogénique par faisceau d'ions (cryo-FIB). Ces avancées se concentrent sur l'amélioration de la rapidité et de la fiabilité de la préparation des échantillons. En utilisant des systèmes d'injection de gaz au sein du microscope cryo-FIB, une couche protectrice peut être créée pour protéger la zone usinée des dommages.
Le Rôle de l'Imagerie par Fluorescence
L'imagerie par fluorescence est une technique qui ajoute une autre couche de détails au processus de préparation des échantillons. Elle permet aux scientifiques d'identifier des cellules cibles et des zones spécifiques d'intérêt pendant l'usinage. Le défi avec la fluorescence est de s'assurer que le ciblage est précis, surtout face aux distorsions causées par différents matériaux dans l'échantillon.
Défis de la Distorsion Axiale
Quand on utilise des méthodes de fluorescence, les scientifiques font face à un problème connu sous le nom de distorsion axiale. Cela se produit lorsque la lumière passe à travers différents matériaux avec des indices de réfraction variés. Le résultat, c'est que les images peuvent être trompeuses, rendant difficile le repérage précis des structures à l'intérieur des cellules.
Retour d'Information en Temps Réel avec RLM
Pour contrer ces défis, les scientifiques ont commencé à utiliser la microscopie à lumière réfléchie (RLM) pour obtenir un retour d'information en temps réel pendant le processus d'usinage. Cette méthode aide à confirmer l'épaisseur et la qualité des lamelles. En intégrant RLM avec des méthodes de fluorescence, le flux de travail de préparation des échantillons peut être significativement amélioré.
Comment Fonctionne RLM
Dans RLM, la lumière réfléchie est utilisée pour voir la surface des lamelles. En examinant soigneusement l'intensité réfléchie, les scientifiques peuvent évaluer l'épaisseur et l'uniformité de la lamelle. Cette méthode leur permet aussi d'inspecter la couche protectrice appliquée pendant l'usinage, s'assurant qu'elle reste intacte durant tout le processus.
Le Processus d'Usinage
Le processus d'usinage comprend plusieurs étapes. D'abord, des cellules cibles potentielles sont identifiées en utilisant une imagerie à faible grossissement. Après avoir appliqué une couche protectrice, l'imagerie par fluorescence affine les positions cibles. Enfin, un usinage brut est exécuté, suivi d'une surveillance à travers le microscope lumineux intégré.
Affiner la Sélection des Cibles
Après avoir identifié des cibles cellulaires appropriées, les scientifiques utilisent plusieurs techniques d'imagerie pour affiner encore leurs choix. Ils cherchent des signes de cristaux de glace qui pourraient interférer avec la qualité de l'imagerie. En détectant ces formations indésirables, les chercheurs peuvent rejeter des cibles non adaptées, augmentant les chances de succès dans la création de lamelles de haute qualité.
Techniques d'Usinage Automatisées
Avec les avancées en imagerie et ciblage, des techniques d'usinage automatisées sont désormais possibles. Ces méthodes reposent sur une série d'étapes coordonnées qui minimisent le temps entre l'identification d'une cible et la préparation de la lamelle. L'automatisation améliore l'efficacité et élimine les erreurs humaines lors de la préparation des échantillons.
Mesure Précise de l'Épaisseur
Pour s'assurer que les lamelles ont la bonne épaisseur, une combinaison de techniques est utilisée. Une méthode consiste à récupérer des données de la géométrie d'usinage, tandis qu'une autre repose sur l'interférence des films minces pour produire des cartes d'épaisseur détaillées. Ce suivi minutieux permet aux scientifiques d'atteindre une épaisseur optimale pour l'imagerie cryo-EM.
Importance du Contrôle de l'Épaisseur
Contrôler l'épaisseur des lamelles est crucial pour une imagerie réussie. Des sections fines garantissent que les électrons peuvent pénétrer efficacement l'échantillon, permettant d'obtenir des images plus claires. En maintenant une épaisseur constante, les chercheurs peuvent éviter des artefacts qui pourraient obscurcir des structures importantes à l'intérieur de la cellule.
Surveillance du Processus d'Usinage
Pendant le processus d'usinage, des techniques RLM sont utilisées pour surveiller les progrès et ajuster les techniques si nécessaire. Ce suivi constant aide à s'assurer que la lamelle reste dans l'épaisseur souhaitée, tout en vérifiant la qualité et l'intégrité.
Effets d'Interférence des Films Minces
L'interférence des films minces est un phénomène qui peut être utilisé pour mesurer plus précisément l'épaisseur des lamelles. À mesure que la lamelle est usinée, des changements dans la lumière réfléchie peuvent révéler des variations d'épaisseur. En comprenant ces effets, les scientifiques peuvent obtenir des mesures plus précises.
Flux de Fabrication Contrôlé par Qualité
Avec toutes les avancées dans les techniques d'imagerie et de fabrication, un flux de travail contrôlé par la qualité a émergé. La sélection initiale des cibles se fait via la microscopie par fluorescence, suivie d'évaluations RLM pour le contrôle de qualité. En utilisant des techniques intégrées, les chercheurs peuvent affiner la fabrication des lamelles pour de meilleurs résultats.
Applications en Recherche Biologique
Les techniques combinées d'imagerie par fluorescence, RLM et usinage cryo-FIB ouvrent de nouvelles perspectives pour la recherche biologique. Cette approche intégrée permet une meilleure visualisation des structures cellulaires, menant à des compréhensions plus profondes de la façon dont les cellules fonctionnent et comment les maladies peuvent les affecter.
L'Avenir de l'Imagerie Cellulaire
Au fur et à mesure que les techniques d'imagerie évoluent, les façons dont les chercheurs étudient les cellules vont aussi évoluer. En intégrant de nouvelles méthodes et technologies, les scientifiques peuvent continuer à repousser les limites de ce qui est possible en imagerie cellulaire. Les avancées dans l'automatisation des flux de travail suggèrent également que ces méthodes pourraient devenir courantes dans les laboratoires du monde entier.
Conclusion
Les avancées en microscopie cryo-électronique et techniques associées ont considérablement amélioré notre capacité à imager les structures cellulaires. En créant un flux de travail plus efficace et fiable pour préparer des échantillons, les scientifiques peuvent obtenir des images plus claires et mieux comprendre la biologie complexe des cellules. Grâce à l'innovation continue et à l'intégration des méthodes, l'avenir de l'imagerie cellulaire semble prometteur.
Titre: Thickness and quality controlled fabrication of fluorescence-targeted frozen-hydrated lamellae
Résumé: Cryogenic focused ion beam (FIB) milling is essential for fabricating thin lamella-shaped samples out of frozen-hydrated cells for high-resolution structure determination. Structural information can only be resolved at high resolution if the lamella thickness is between 100 and 200 nm. While the lamella fabrication workflow has undergone significant improvements since its conception, quantitative, live feedback on lamella thickness and quality is still lacking. Taking advantage of a coincident light microscopy integrated into the FIB-SEM, we present three different strategies that together allow accurate, live control during lamella fabrication. First, we combine 4D-STEM with fluorescence microscope (FM) targeting to determine the lamella thickness. Second, with reflected light microscopy (RLM) we screen target sites for ice contamination and monitor lamella thickness and integrity of the protective Pt coating during FIB milling. Third, we exploit thin-film interference to obtain fine-grained feedback on thickness uniformity below 500 nm. We finally present a full workflow for fluorescence-targeted and quality controlled fabrication of frozen-hydrated lamellae, benchmarked with excellent agreement to energy filtered transmision electron microscopy (EFTEM) measurements and reconstructed tomograms obtained with electron cryo-tomography.
Auteurs: Daan Boltje, R. Skoupy, C. Taisne, W. Evers, A. J. Jakobi, J. Hoogenboom
Dernière mise à jour: 2024-07-08 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.04.602102
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.04.602102.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
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