Perspectivas genéticas sobre las fechas de floración del olivo
Esta investigación revela cómo la genética y el clima afectan los tiempos de floración en los olivos.
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- Importancia de la Fecha de Floración
- Factores Genéticos
- El Olivo
- Recursos Genómicos
- Efectos del Cambio Climático
- Objetivos de la Investigación
- Variabilidad de la Fecha de Floración
- Diversidad Genética
- Análisis de Estructura Poblacional
- Análisis de la Fecha de Floración
- Estudios de Asociación Genética
- Genes Candidatos
- Modelos de Predicción Genómica
- Potencial para Investigación Futura
- Conclusión
- Materiales y Métodos
- Material Vegetal
- Extracción de ADN
- Secuenciación y Procesamiento de Datos
- Llamado de SNP
- Recolección de Datos Fenotípicos
- Análisis Estadístico
- Identificación de Genes Candidatos
- Información Adicional
- Fuente original
- Enlaces de referencia
El tiempo de floración en los árboles frutales se ve afectado por la temperatura. Las temperaturas frías en invierno son necesarias para que algunos árboles florezcan correctamente. Si las temperaturas invernales son demasiado cálidas, puede retrasar cuando los árboles florecen. Por otro lado, si las temperaturas de primavera suben, los árboles pueden florecer más temprano. Esto puede llevar a complicaciones, como un mayor riesgo de daño por heladas, lo que puede obstaculizar la producción de frutas y afectar la calidad de la fruta.
Importancia de la Fecha de Floración
La fecha de floración es un factor clave en el ciclo de vida de los árboles frutales. Para los árboles que necesitan otros árboles para polinizarse, como las aceitunas, el tiempo puede afectar mucho el éxito de la Polinización. Si los tiempos de floración entre diferentes variedades no coinciden, puede resultar en una mala producción de frutas y menores rendimientos. Por lo tanto, entender cómo los factores ambientales influyen en la floración es esencial para un cultivo exitoso.
Factores Genéticos
Las investigaciones han demostrado que los rasgos de floración en los árboles frutales pueden ser heredados. Se han identificado Marcadores Genéticos específicos que están relacionados con estos rasgos en varias especies de frutas, incluyendo manzanas y duraznos. Sin embargo, estudios similares no se han realizado en olivos, a pesar de que son esenciales en la agricultura mediterránea y se han visto afectados por el cambio climático.
El Olivo
El olivo tiene una larga historia, se cree que fue cultivado hace unos 6000 años. Aunque se sabe que es nativo del este del Mediterráneo, la expansión del olivo y la Diversidad Genética entre las variedades cultivadas aún son temas de debate. Hay más de 23 cromosomas en la composición genética de un olivo, y se han vuelto disponibles nuevos datos genómicos para una mejor comprensión.
Recursos Genómicos
Se han establecido colecciones de germoplasma, que contienen una variedad de plantas para fines de investigación, para los olivos. Estas colecciones permiten el estudio de diferentes rasgos, incluyendo las fechas de floración. Varios estudios han demostrado que las fechas de floración pueden variar significativamente entre los olivos, lo que puede atribuirse a los cambios de temperatura.
Efectos del Cambio Climático
A medida que las temperaturas globales aumentan, los requisitos de enfriamiento invernal pueden no cumplirse, lo que lleva a una floración tardía. En contraste, las primaveras más cálidas pueden hacer que los árboles florezcan demasiado pronto, aumentando el riesgo de daños por heladas. Esto puede interrumpir el ciclo reproductivo de especies alógamas, como los olivos, donde la polinización exitosa es crucial para el desarrollo del fruto.
Objetivos de la Investigación
El principal objetivo de esta investigación es estudiar la base genética de las fechas de floración en aceitunas cultivadas centrándonos en una etapa de floración específica, conocida como la fecha de floración completa (FFD). Usamos una gran muestra de olivos genéticamente diversos y nuevos datos generados a través de técnicas de secuenciación modernas.
Variabilidad de la Fecha de Floración
Los datos recolectados durante siete años de una colección diversa de olivos mostraron un amplio rango de fechas de floración. Esta variabilidad está influenciada por las temperaturas de invierno y primavera. A diferencia de muchos otros árboles frutales, los olivos requieren bajas temperaturas invernales para iniciar la floración. Esta característica los hace particularmente vulnerables al cambio climático, especialmente en lo que respecta a la polinización cruzada entre variedades compatibles.
Diversidad Genética
Comenzamos nuestro estudio secuenciando 335 bibliotecas genómicas de varios genotipos de olivo. Después de filtrar los datos de baja calidad, nos centramos en un total de 318 genotipos únicos. Estos fueron mapeados a la última ensambladura del genoma del olivo, lo que nos permitió analizar más precisamente las variantes genéticas relacionadas con la fecha de floración.
Análisis de Estructura Poblacional
Para entender la estructura genética de nuestra colección de olivos, usamos un enfoque estadístico específico. Este método clasificó los genotipos en tres grupos genéticos principales, que parecían estar vinculados a sus orígenes geográficos. El análisis mostró que ciertos grupos correspondían a árboles de las áreas mediterráneas oriental, central y occidental.
Análisis de la Fecha de Floración
Las fechas de floración de los diferentes grupos genéticos fueron analizadas usando modelos estadísticos apropiados. Agrupar los genotipos reveló diferencias significativas en sus tiempos de floración. Los árboles del este del Mediterráneo florecieron primero, mientras que los del centro florecieron más tarde.
Estudios de Asociación Genética
Realizamos estudios de asociación genética detallados para identificar variantes genéticas específicas vinculadas a las fechas de floración. Estos estudios emplearon enfoques tanto de un solo locus como de múltiples lócus. En total, encontramos varios marcadores genéticos significativos asociados con el tiempo de floración. Sin embargo, el efecto de estos marcadores sobre la fecha de floración fue relativamente pequeño.
Genes Candidatos
Examinamos las regiones del genoma donde se encuentran estos marcadores genéticos significativos para identificar posibles genes candidatos. Se identificaron tres genes clave que están situados cerca de los marcadores asociados. Aunque estos genes no se han vinculado directamente con el tiempo de floración, sus funciones sugieren un posible papel.
Modelos de Predicción Genómica
Para evaluar el potencial de predecir fechas de floración basadas en información genética, utilizamos modelos de predicción que analizan la influencia de varias variantes genéticas en conjunto. Los resultados indicaron una precisión moderada en la predicción de fechas de floración. Esta información puede ser valiosa para programas de mejoramiento de olivo que buscan desarrollar variedades adecuadas para futuros escenarios climáticos.
Potencial para Investigación Futura
Nuestros hallazgos destacan la necesidad de continuar investigando el control genético de las fechas de floración en los olivos. Entender cómo diferentes factores ambientales interactúan con rasgos genéticos puede mejorar las prácticas de cultivo de olivos. Estudios más exhaustivos que incorporen diversos entornos y condiciones seguirán ampliando nuestro conocimiento.
Conclusión
Este estudio avanza notablemente en entender cómo los factores genéticos influyen en las fechas de floración en aceitunas cultivadas. Los resultados indican que si bien se identificaron algunos marcadores genéticos significativos, solo explican una pequeña parte de la variabilidad general en el tiempo de floración. Es probable que muchos más factores contribuyan a este rasgo complejo. La investigación futura es esencial para descubrir estos factores adicionales y mejorar los esfuerzos de mejoramiento del olivo en un clima cambiante.
Materiales y Métodos
Material Vegetal
El estudio utilizó una colección de genotipos de olivo provenientes de un banco de germoplasma establecido. La colección incluye una variedad de árboles que originan de diferentes países mediterráneos.
Extracción de ADN
Se extrajo ADN de las hojas usando un protocolo de laboratorio estándar diseñado para materiales vegetales. Se prepararon bibliotecas para secuenciación a partir de este ADN.
Secuenciación y Procesamiento de Datos
Se construyeron y secuenciaron un total de 333 bibliotecas genómicas. Se tomaron medidas de control de calidad para asegurar que solo se retuvieran datos de alta calidad para su análisis posterior.
Llamado de SNP
El siguiente paso implicó llamar SNPs, identificando variaciones genéticas específicas en el conjunto de datos. Después de aplicar varios filtros para garantizar la calidad de los datos, retuvimos una lista enfocada de marcadores genéticos para análisis.
Recolección de Datos Fenotípicos
Se recolectaron datos fenotípicos, específicamente fechas de floración para cada genotipo, durante varios años. Se emplearon modelos estadísticos para tener en cuenta la variabilidad debida a las condiciones ambientales.
Análisis Estadístico
Para evaluar asociaciones genéticas con las fechas de floración, realizamos amplios análisis estadísticos. Estos análisis incluyeron modelos mixtos y métodos de predicción genómica para evaluar la influencia de variantes genéticas en el tiempo de floración.
Identificación de Genes Candidatos
Finalmente, identificamos genes candidatos dentro de las regiones genómicas asociadas con las fechas de floración. Esto se hizo buscando genes próximos a SNPs significativos y analizando sus posibles roles basados en funciones conocidas.
Información Adicional
Tablas, figuras y datos en bruto adicionales están disponibles para apoyar los hallazgos de este estudio, proporcionando más información sobre el análisis genético y las implicaciones de los resultados.
Título: Genome-wide association analysis of flowering date in a collection of cultivated olive tree
Resumen: 1.Flowering date in perennial fruit trees is an important trait for fruit production. Depending on the winter and spring temperatures, flowering of olive may be advanced, delayed, or even suppressed. Deciphering the genetic control of flowering date is thus key to help selecting cultivars better adapted to the current climate context. Here, we investigated the genetic determinism of full flowering date stage in cultivated olive based on capture sequencing data of 318 genotypes from the worldwide olive germplasm bank of Marrakech, Morocco. The genetic structure of this collection was organized in three clusters that were broadly attributed to eastern, central, and western Mediterranean regions, based on the presumed origin of genotypes. Flowering dates, collected over seven years, were used to estimate the genotypic best linear unbiased predictors, which were then analyzed in a genome-wide association study. Loci with small effects were significantly associated with the studied trait, by either a single- or a multi-locus approach. The three most robust loci were located on chromosomes 01 and 04, and on a scaffold, and explained 7.1%, 6.2%, and 6.5 % of the trait variance, respectively. A significantly higher accuracy in the best linear unbiased predictors of flowering date prediction was reported with Ridge-compared to LASSO-based genomic prediction model. Along with genomic association results, this suggests a complex polygenic determinism of flowering date, as seen in many other fruit perennials. These results and the screening of associated regions for candidate genes open perspectives for further studies and breeding programs targeting flowering date.
Autores: Evelyne Costes, L. Aqbouch, O. Abousaaid, G. Sarah, L. Zunino, V. Segura, P. Mournet, F. Bonal, H. Zaher, A. El Bakkali, P. CUBRY, B. KHADARI
Última actualización: 2024-06-10 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.10.598200
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.10.598200.full.pdf
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