Nuevo modelo de ratón arroja luz sobre las funciones de las proteínas
Los investigadores desarrollan métodos innovadores para estudiar proteínas en tipos de células específicos.
Rodrigo Alvarez-Pardo, Susanne tom Dieck, Kristina Desch, Belquis Nassim Assir, Cristina Olmedo Salinas, Riya S. Sivakumar, Julian D. Langer, Beatriz Alvarez-Castelao, Erin M. Schuman
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Tabla de contenidos
Entender cómo funcionan las Células es crucial para muchas áreas de la ciencia. Una parte clave de esto es mirar las Proteínas, que son los bloques de construcción de las células. Las proteínas pueden cambiar en respuesta a señales normales y anormales en el cuerpo. Curiosamente, las mismas señales pueden causar diferentes reacciones en diferentes tipos de células. Esta variabilidad hace que sea difícil obtener imágenes claras al mirar muchas células a la vez. Por eso, los investigadores han estado ideando métodos ingeniosos para estudiar tipos específicos de células sin perder detalles importantes.
El Desafío de Estudiar Proteínas
Cuando los científicos analizan proteínas de un grupo mixto de células, pueden perder comportamientos únicos específicos de ciertos tipos de células. Pueden promediar diferencias y pasar por alto señales importantes. Para sortear eso, los investigadores han creado técnicas que se enfocan selectivamente en ciertas células. Un método implica usar marcadores específicos para diferentes tipos de células. Este enfoque ayuda a identificar proteínas que se encuentran solo en esas células. Sin embargo, tiene sus propios desafíos. Por ejemplo, durante la preparación de muestras, ciertas estructuras dentro de las células, como las dendritas y los axones, pueden perderse.
Otra técnica avanzada utiliza métodos que se centran en proteínas en ciertas áreas de la célula. Este enfoque más nuevo puede capturar proteínas a lo largo del tiempo, pero tiene algunas limitaciones. No diferencia entre nuevas proteínas y aquellas que ya estaban allí antes de que comenzara el estudio.
Herramientas para el Estudio de Proteínas
Para resolver estos desafíos, los científicos han desarrollado métodos bio-ortogonales que utilizan Aminoácidos diseñados específicamente para rastrear proteínas. Estos aminoácidos artificiales se pueden agregar a las proteínas, facilitando su visualización y estudio más detallado. La clave de la innovación está en cómo los científicos ahora pueden controlar dónde y cuándo se incorporan aminoácidos específicos en las proteínas.
Una herramienta así implica una enzima modificada que permite el uso de un aminoácido especial llamado azidonorleucina (ANL). Este aminoácido es diferente de la metionina regular, que es la que suelen incorporar las proteínas. Al ajustar ingeniosamente la enzima responsable de esta incorporación, los científicos pueden asegurarse de que solo se fabriquen las versiones modificadas de las proteínas, facilitando el enfoque en las proteínas específicas que quieren estudiar.
El Nuevo Modelo de Ratón
Los investigadores han creado un nuevo modelo de ratón que puede expresar un mayor número de estas enzimas modificadas. Este nuevo modelo puede incorporar más del aminoácido especial en las proteínas, lo que lleva a una mejor detección de proteínas en células que pueden no ser tan numerosas. Los cambios de diseño permiten a los científicos buscar proteínas con menos material inicial y en plazos más cortos.
Este modelo de ratón funciona usando promotores específicos que encienden la enzima modificada en ciertos tipos de células. Al simplemente activar un interruptor, las proteínas dentro de esas células pueden ser marcadas y estudiadas sin perder información importante sobre sus orígenes.
La Ciencia Detrás del Etiquetado
El proceso de etiquetado es bastante estratégico. Implica agregar el aminoácido especial a las células. Después de un tiempo determinado, se pueden examinar las células para ver qué proteínas se produjeron. Esto ofrece una ventana a cómo las células responden a su entorno a lo largo del tiempo. Los investigadores pueden determinar cuánto tiempo se quedan ciertas proteínas y hasta qué rapidez se descomponen.
Por ejemplo, al medir proteínas producidas rápidamente, los científicos podrían encontrar que ciertas proteínas solo están presentes por poco tiempo. Mientras tanto, las proteínas que duran más pueden mostrar patrones diferentes que revelan cómo está funcionando la célula.
Resultados del Nuevo Método
Con el nuevo modelo, los científicos han podido identificar proteínas incluso en poblaciones neuronales de baja abundancia. Se enfocaron en tipos específicos de Neuronas conocidas por estar involucradas en cosas como movimiento, estado de ánimo y cognición. Estas proteínas pueden proporcionar información sobre cómo funcionan y cambian estas células en diversas condiciones.
El nuevo enfoque mostró que la manera en que se fabrican las proteínas puede variar bastante según el tipo de neurona del que provienen. Los investigadores pudieron reunir información sobre proteínas de neuronas que no son muy comunes, como las que producen dopamina, un químico importante para muchas funciones cerebrales.
El Proceso de Análisis
Una vez que las proteínas están etiquetadas en las células, los científicos usan Espectrometría de masas para analizar las muestras. Este proceso separa las proteínas según su tamaño y permite un estudio detallado. El objetivo es buscar patrones específicos de proteínas que se relacionen con diferentes condiciones, como enfermedades o cambios en el entorno.
Los investigadores comparan proteínas de muestras etiquetadas con las que no estaban etiquetadas en absoluto. Esto les ayuda a detectar diferencias que revelan cómo podrían comportarse ciertas proteínas en situaciones específicas, como bajo estrés o durante la recuperación de una lesión.
Cómo Esto Ayuda a Entender las Células
Entender cómo funcionan las proteínas en diferentes tipos de células es esencial para tener un mejor control sobre cómo funciona el cuerpo. Al centrarse en tipos de células específicos y sus respuestas únicas, los científicos pueden descubrir nuevos detalles sobre todo, desde la función cerebral hasta los procesos de enfermedades.
Este enfoque innovador puede llevar a nuevos hallazgos sobre cómo las células se adaptan a condiciones cambiantes, que es fundamental para comprender la salud y la enfermedad.
Aplicaciones Potenciales
Los métodos y herramientas que se están desarrollando podrían tener aplicaciones de gran alcance. Podrían ayudar a identificar marcadores para enfermedades o llevar a nuevos tratamientos al revelar cómo ciertas proteínas influyen en el comportamiento celular. Por ejemplo, estudiar proteínas en neuronas dopaminérgicas puede arrojar luz sobre condiciones como la enfermedad de Parkinson.
Además, estos descubrimientos también podrían allanar el camino para avances en medicina regenerativa, donde entender cómo hacer crecer y reparar tejidos es clave.
Conclusión
Al desarrollar nuevos métodos para examinar proteínas, los científicos están acercándose a entender el complejo mundo de la función celular. El nuevo modelo de ratón permite a los investigadores estudiar proteínas con mayor sensibilidad y especificidad, revelando nuevos conocimientos que podrían llevar a aplicaciones en el mundo real.
Al final, el mundo de las proteínas es como un gran rompecabezas, y los investigadores están armando la imagen un aminoácido a la vez, con un toque de humor y mucha curiosidad científica.
Título: Cell type-Specific In Vivo Proteomes with a Multi-copy Mutant Methionyl t-RNA Synthetase Mouse Line
Resumen: The functional diversity of cells is driven by the different proteins they express. While improvements in protein labeling techniques have allowed for the measurement of proteomes with increased sensitivity, measuring cell type-specific proteomes in vivo remains challenging. One of the most useful pipelines is bioorthogonal non-canonical amino acid tagging (BONCAT) with the MetRS* system, consisting of a transgenic mouse line expressing a mutant methionyl-tRNA synthetase (MetRS*) controlled by Cre recombinase expression. This system allows for cell type-specific labeling of proteins with a non-canonical amino acid (azidonorleucine, ANL), which can be subsequently conjugated to affinity or fluorescent tags using click chemistry. Click-modified proteins can then be visualized, purified and identified. The reduction in sample complexity allows for the detection of small changes in protein composition. Here we describe a multicopy MetRS* mouse line (3xMetRS* mouse line), which exhibits markedly enhanced ANL protein labeling, boosting the sensitivity and temporal resolution of the system and eliminating the need for working under methionine depletion conditions. Cell type-specific in vivo labeling is possible even in heterozygous animals, thus offering an enormous advantage for crossing the line into mutation and disease-specific backgrounds. Using the 3xMetRS* line we identified the in vivo proteome of a sparse cell population - the dopaminergic neurons of the olfactory bulb and furthermore determined newly synthesized proteins after short labeling durations following a single intraperitoneal ANL injection.
Autores: Rodrigo Alvarez-Pardo, Susanne tom Dieck, Kristina Desch, Belquis Nassim Assir, Cristina Olmedo Salinas, Riya S. Sivakumar, Julian D. Langer, Beatriz Alvarez-Castelao, Erin M. Schuman
Última actualización: 2024-12-02 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.28.625838
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.28.625838.full.pdf
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