Levadura: El pequeño secreto detrás de la gran ciencia
Descubre cómo la levadura ayuda en la investigación de proteínas y el transporte de aminoácidos.
Unnati Sonawala, Aymeric Busidan, David Haak, Guillaume Pilot
― 7 minilectura
Tabla de contenidos
- La Importancia de los Aminoácidos
- Complementación Funcional en Levadura
- Cepas de levadura y Sus Transportadores
- Mutantes de Levadura Más Complejos
- Pruebas de Absorción de Aminoácidos
- Identificación de Cambios Genéticos en Levadura
- Confusión del Tipo de Cruzamiento
- Rendimiento de Crecimiento de los Mutantes
- Conclusión: La Levadura como Heroína de la Investigación
- Fuente original
La levadura, un hongo chiquito que quizás hayas visto en tu pan o cerveza, es más que un simple ayudante en la cocina. Juega un papel crucial en estudiar los seres vivos, especialmente para entender las proteínas en organismos más altos, como plantas y animales. Los científicos suelen usar levadura simple, como la levadura de panadero, para ahondar en la biología celular y las vías metabólicas. Esto se debe a que los procesos básicos que ocurren en la levadura son bastante similares a los de organismos más complejos. Piensa en la levadura como el agente encubierto del laboratorio, haciendo que la biología compleja sea un poco más fácil de entender.
Aminoácidos
La Importancia de losLos aminoácidos son los bloques de construcción de la vida. Hacen mucho trabajo pesado en las células, como hacer proteínas y equilibrar los niveles de nitrógeno, que son esenciales para el crecimiento. Los aminoácidos también ayudan a formar nucleósidos, que son cruciales para el ADN. Para mover estos aminoácidos dentro y fuera de las células, tenemos transportadores de aminoácidos. Estos transportadores son como camiones de reparto, asegurándose de que cada aminoácido llegue a donde necesita ir.
Los transportadores pueden ser complicados de estudiar, pero usar levadura lo hace más fácil. Al insertar genes de otros organismos en la levadura, los científicos pueden ver qué tan bien la levadura absorbe diferentes aminoácidos. Si la levadura puede crecer bien con ciertos aminoácidos, significa que los transportadores están haciendo su trabajo.
Complementación Funcional en Levadura
La complementación funcional es un término elegante para una idea sencilla: si tomas una cepa de levadura que no puede hacer algo y le das un gen que puede ayudar, debería empezar a funcionar de nuevo. Por ejemplo, si tienes una cepa de levadura que no puede transportar histidina porque le falta el gen correcto, puedes introducir un gen de una planta que haga ese trabajo. Si la levadura comienza a crecer otra vez, es una señal de que el gen está funcionando.
En los años 90, los científicos comenzaron a usar esta técnica para estudiar transportadores de aminoácidos de plantas, lo que llevó al descubrimiento de varios transportadores. ¡Esto fue emocionante! Podían identificar qué tan bien funcionaban estos transportadores al ver si la levadura podía absorber los aminoácidos que faltaban después de añadir los genes correctos.
Cepas de levadura y Sus Transportadores
La levadura tiene alrededor de 22 proteínas transportadoras de aminoácidos diferentes ubicadas en su membrana. Estas se agrupan en familias según sus características. Algunos transportadores son como generalistas, lo que significa que pueden manejar una variedad de aminoácidos, mientras que otros son más especializados. Por ejemplo, hay transportadores que se enfocan solo en ciertos aminoácidos, lo que los hace un poco quisquillosos.
El estudio de los transportadores de aminoácidos comenzó en serio cuando los investigadores usaron cepas específicas de levadura que carecían de ciertos transportadores. Por ejemplo, se utilizó una cepa de levadura llamada JT16 para identificar transportadores de aminoácidos de plantas. Cuando los investigadores eliminaron genes específicos en la levadura, podían buscar transportadores de plantas que pudieran "rescatar" la capacidad de crecimiento de la levadura.
Mutantes de Levadura Más Complejos
Construyendo sobre este éxito, los científicos comenzaron a crear cepas de levadura aún más complejas. Eliminaban varios genes de transportadores de la levadura, haciéndola incapaz de utilizar diversos aminoácidos para crecer. De esta manera, podían introducir nuevos transportadores de plantas u otros organismos y ver si la levadura podía volver a crecer.
Una cepa llamada 22Δ8AA fue diseñada para ser deficiente en varios transportadores de aminoácidos. Luego, los investigadores crearon la cepa 22Δ10α al eliminar aún más genes. El objetivo era hacer una cepa de levadura más fácil de estudiar porque tendría menos transportadores que complicaran las cosas.
A medida que esta levadura pasaba por más cambios genéticos, los científicos llevaban un registro cuidadoso de los resultados. Tomaban nota de qué genes se eliminaban y cómo estos cambios afectaban la capacidad de la cepa para crecer con diferentes aminoácidos.
Pruebas de Absorción de Aminoácidos
Para ver qué tan bien estas cepas de levadura absorbían aminoácidos, los investigadores hacían ensayos de absorción. Esto es básicamente un nombre elegante para medir cuánta cantidad de un aminoácido específico toma la levadura. Usaban aminoácidos radiomarcados, que son aminoácidos con marcadores radiactivos para que los investigadores pudieran rastrearlos.
El proceso consiste en darle a la levadura la oportunidad de absorber estos aminoácidos, generalmente por un corto período. Después, miden la radiactividad para ver cuánto ha absorbido la levadura.
Los hallazgos de estos experimentos a veces eran sorprendentes. Por ejemplo, incluso cuando una cepa de levadura no podía crecer con un aminoácido, aún podía absorber algo de él. Esta peculiaridad planteó preguntas sobre la relación entre el crecimiento y la absorción de aminoácidos.
Identificación de Cambios Genéticos en Levadura
A medida que los científicos trabajaban con estas cepas de levadura refinadas, querían asegurarse de que no estuvieran ocurriendo cambios inesperados en el ADN de la levadura. Secuenciaron el genoma de la cepa 22Δ10α para buscar cualquier cambio.
Este paso era necesario porque al eliminar genes, a veces el ADN de la levadura puede tener sus propias sorpresas, como reordenamientos o mutaciones. Se utilizaron métodos de alta tecnología para analizar los cambios genéticos de la levadura, asegurándose de que todo coincidiera con los resultados esperados.
Confusión del Tipo de Cruzamiento
En el proceso de estudiar estas cepas, los científicos descubrieron un giro curioso: el tipo de cruzamiento de la cepa 22Δ10α era diferente de lo que se pensaba anteriormente. En lugar de estar etiquetado como MATα, resultó ser MATa. ¡Esto es como llamar a un gato perro; simplemente no encaja! La confusión sobre el tipo de cruzamiento había estado presente por un tiempo, pero las pruebas recientes aclararon el asunto.
Rendimiento de Crecimiento de los Mutantes
A medida que los científicos continuaron ajustando y probando sus cepas de levadura, observaron que algunas tenían tasas de crecimiento más lentas que sus cepas parentales. Este crecimiento más lento era un desafío, especialmente en entornos ricos en nutrientes. Necesitaban asegurarse de que todas las cepas que estaban estudiando pudieran seguir funcionando de manera efectiva para su investigación sobre el transporte de aminoácidos.
Los investigadores realizaron experimentos cuidadosos para medir qué tan rápido las células de levadura se duplicaban en tamaño. Descubrieron que las nuevas cepas desarrolladas crecían más lentamente de lo esperado, lo que podría afectar la confiabilidad de sus resultados.
Conclusión: La Levadura como Heroína de la Investigación
En resumen, la levadura es más que un compañero de horneado; es una excelente herramienta de investigación que ofrece información sobre el funcionamiento de las células. Al manipular la levadura y estudiar cómo maneja los aminoácidos, los científicos pueden descubrir cómo funcionan las proteínas y cómo crecen los organismos vivos.
Esta investigación nos ayuda a apreciar los intrincados mecanismos de la vida. Así que, la próxima vez que disfrutes de una rebanada de pan o un trago de cerveza, recuerda que hay mucha ciencia detrás de esas deliciosas creaciones, gracias a nuestros pequeños amigos del mundo de la levadura.
Título: Characterization and whole genome sequencing of Saccharomyces cerevisiae strains lacking several amino acid transporters: tools for studying amino acid transport
Resumen: Saccharomyces cerevisiae mutants have been used since the early 1980s as a tool to characterize genes from other organisms by functional complementation. This approach has been extremely successful in cloning and studying transporters, for instance, plant amino acid, sugar, urea, ammonium, peptide, sodium, and potassium were characterized using yeast mutants lacking these functions. Over the years, new strains lacking even more endogenous transporters have been developed, enabling the characterization of transport properties of heterologous proteins in a more precise way. Furthermore, these strains provide the added advantage of characterization of a transporter belonging to a family of proteins in isolation, and thus can be used to study the relative contribution of redundant transporters to the whole function. We focused on amino acid transport; starting with the yeast strain 22{Delta}8AA, developed to clone plant amino acid transporters in the early 2000s. We recently deleted two additional amino acid permeases, Gnp1 and Agp1, creating 22{Delta}10. In the present work, five additional permeases (Bap3, Tat1, Tat2, Agp3, Bap2) were deleted from 22{Delta}10 genome in up to a combination of three at a time. Unexpectedly, the amino acid transport properties of the new strains were not very different from the parent, suggesting that these amino acid permeases play a minor role in amino acid uptake in our conditions. The inability to grow on a few amino acids as the sole nitrogen sources did not correlate with lower uptake activity, questioning the well-accepted relationship between lack of growth and loss of transport properties. Finally, in order to verify the mutations and the integrity of 22{Delta}10 genome, we performed whole-genome sequencing of 22{Delta}10 using long-read PacBio sequencing technology. We successfully assembled 22{Delta}10s genome de novo, identified all expected mutations and precisely characterized the nature of the deletions of the ten amino acid transporters. The sequencing data and genome will serve as a resource to researchers interested in using these strains as a tool for amino acid transport study.
Autores: Unnati Sonawala, Aymeric Busidan, David Haak, Guillaume Pilot
Última actualización: 2024-12-05 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.03.626691
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.03.626691.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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