Se revelan los secretos de Burkholderia thailandensis
Descubre cómo los genes de una bacteria la ayudan a sobrevivir en entornos cambiantes.
Lillian C. Lowrey, Katlyn B. Mote, Peggy A. Cotter
― 7 minilectura
Tabla de contenidos
Burkholderia thailandensis es un tipo de bacteria que le gusta vivir en lugares cálidos y tropicales como el norte de Australia y algunas partes del sudeste asiático. Puede prosperar en ambientes húmedos como los campos de arroz y necesita adaptarse a las condiciones cambiantes mientras compite con otros microorganismos por recursos.
Como muchos seres vivos, esta bacteria tiene trozos de ADN llamados secuencias de inserción y transposones dispersos por su material genético. Básicamente, son como aventureros genéticos que pueden saltar y causar cambios en el organismo. Una versión interesante de esta bacteria, conocida como cepa E264, tiene dos genes saltarines casi idénticos que afectan un trozo grande de su ADN, que mide 208.6 kilobases de largo.
La región de 208.6 kb
Este trozo especial de ADN es crucial para que la bacteria tenga diferentes características. Puede crear copias de sí misma, lo que lleva a variaciones en la habilidad de la bacteria para formar grupos pegajosos conocidos como Biofilms. Así que, algunas células podrían tener duplicados de esta región, mientras que otras no.
La presencia de estos duplicados puede cambiar claramente cómo se comportan las bacterias. Por ejemplo, las bacterias con copias duplicadas de este ADN pueden formar biofilms más rápido que las que no las tienen. Esto significa que en ciertos ambientes, las bacterias Dup+ se desarrollan mejor, mientras que las Dup- podrían ir bien en otras situaciones.
Biofilms: ¿Qué son?
Los biofilms son como una fiesta pegajosa para las bacterias. Se adhieren a superficies y forman una capa protectora, lo que les ayuda a sobrevivir en condiciones difíciles. Imagina un montón de personas pequeñas haciendo una fiesta en casa: se mantienen juntas, no se van y pueden incluso defenderse de cosas que podrían intentar dañarlas, como los antibióticos.
Para Burkholderia thailandensis, poder formar estos biofilms rápidamente es súper importante porque les permite agarrarse a las superficies y recopilar recursos de manera efectiva. Las bacterias Dup+ pueden hacer biofilms visibles en solo 24 horas, mientras que las otras tardan mucho más en hacerlo. Esta habilidad le da a las células Dup+ una ventaja competitiva en ciertas situaciones, mientras que las células Dup- son mejores en aguas abiertas donde no se pegan tanto.
Buscando la fórmula secreta
Para averiguar qué genes en la región de 208.6 kb son los verdaderos responsables detrás de esta formación eficiente de biofilms, los científicos dividieron esta sección de ADN en partes más pequeñas. Querían ver cuáles de estas secciones ayudaban a las bacterias a crecer en biofilms robustos. Después de mucho ensayo y error, encontraron que duplicar una subregión específica, llamada subregión 4, permitía a las bacterias formar estos biofilms de manera eficiente.
La subregión 4 contiene 14 genes diferentes que codifican proteínas. Algunos de estos están involucrados en la creación de estructuras llamadas pili, que ayudan a las bacterias a adherirse a superficies. Otros están relacionados con sistemas regulatorios que ayudan a las bacterias a responder a su entorno. Al jugar con estos genes, los investigadores pudieron determinar cuáles eran clave para mejorar el crecimiento del biofilm.
Los principales actores
El equipo descubrió que tres genes de la subregión 4 eran importantes: aplFABCDE, iou y bubSR. Cada uno tenía su función, pero aplFABCDE y bubSR eran especialmente importantes. Cuando eliminaron estos genes, las bacterias tuvieron problemas para formar biofilms.
Entonces, ¿qué significa esto? Bueno, con aplFABCDE y bubSR presentes en copias duplicadas, las bacterias podían crecer biofilms eficientes. Pero si solo tenían iou, la magia no estaba ahí.
Formación dinámica de biofilms
Para asegurarse de que las bacterias realmente estaban usando sus genes para formar biofilms, los científicos usaron algunas técnicas ingeniosas. Crearon "cepas reporteras" que brillaban bajo ciertas condiciones, facilitando ver cuáles bacterias habían duplicado su ADN. Estas cepas reporteras ayudaron a entender qué tan bien funcionaba cada combinación genética para la formación de biofilms.
Los investigadores notaron que las bacterias Dup+ eran mejores en pegarse juntas en biofilms, mientras que las células Dup- no eran tan buenas en eso. Esto respalda la idea de que duplicar genes específicos le da a las bacterias ventajas competitivas serias cuando se trata de vivir en un biofilm.
Tácticas secretas de las bacterias
Una de las ideas fascinantes que surgió fue la noción de "hedging". Esto es como un plan de respaldo, donde las bacterias crean una mezcla de células para sobrevivir en ambientes que pueden cambiar rápidamente. Así que, al producir algunas células Dup+ y algunas Dup-, Burkholderia thailandensis puede adaptarse a lo que sea que venga.
Si las condiciones cambian rápidamente, tener ambos tipos en la población podría significar que al menos algunas bacterias sobrevivan. Es como hacer una fiesta con todo tipo de bocadillos: si uno se echa a perder, aún tienes otras opciones para comer.
BubSR: El héroe olvidado
Los científicos profundizaron en el misterio del par de genes bubSR. Parece que este par ayuda a controlar qué tan bien pueden formar las bacterias esos biofilms pegajosos. BubSR es parte de un sistema regulatorio de dos componentes que actúa como un interruptor, encendiendo o apagando ciertos genes en respuesta a cambios ambientales.
BubSR necesita funcionar correctamente para que el proceso de formación eficiente de biofilms se dé. Si no está funcionando bien, las bacterias tendrán problemas para poner en marcha su juego de biofilm pegajoso. Cuando otro experimento mostró que las bacterias con bubSR deshabilitado no podían formar biofilms, confirmó lo importante que es este par de genes.
El papel de los promotores
Otra parte de la historia gira en torno a algo llamado promotores, que ayudan a activar los genes. La investigación identificó un Promotor en la secuencia de ADN antes del gen aplFABCDE. Cuando esta parte estaba activa, hacía que las bacterias produjeran las proteínas necesarias para construir biofilms.
Con el promotor en pleno funcionamiento, la bacteria puede aumentar la producción de los materiales necesarios para la formación de biofilms. Los investigadores descubrieron que incluso cuando las condiciones no eran perfectas, si las bacterias tenían ese promotor y los genes bubSR, podían seguir formando biofilms de manera efectiva.
Conclusión: La lección
En resumen, Burkholderia thailandensis utiliza una mezcla interesante de genética para adaptarse a su entorno. Con la ayuda de genes específicos, puede cambiar su comportamiento, especialmente en la formación de biofilms. Gracias al concepto de duplicación, el hedging y los roles regulatorios de genes específicos, esta bacteria muestra lo ingeniosa que puede ser la naturaleza.
Así que, la próxima vez que veas un lugar pegajoso en tu encimera de cocina, recuerda a Burkholderia thailandensis y sus astutas formas de quedarse. No se trata solo de sobrevivir; se trata de prosperar en un mundo lleno de desafíos. Al igual que nosotros, estos pequeños organismos tienen sus propias estrategias para enfrentar los altibajos de la vida, demostrando una vez más que la naturaleza es inteligente y ingeniosa.
Título: DNA duplication-mediated activation of a two-component regulatory system serves as a bet-hedging strategy for Burkholderia thailandensis
Resumen: Burkholderia thailandensis strain E264 (BtE264) and close relatives stochastically duplicate a 208.6 kb region of chromosome I via RecA-dependent recombination between two nearly identical insertion sequence elements. Because homologous recombination occurs at a constant, low level, populations of BtE264 are always heterogeneous, but cells containing two or more copies of the region (Dup+) have an advantage, and hence predominate, during biofilm growth, while those with a single copy (Dup-) are favored during planktonic growth. Moreover, only Dup+ bacteria form efficient biofilms within 24 hours in liquid medium. We determined that duplicate copies of a subregion containing genes encoding an archaic chaperone-usher pilus (aplFABCDE) and a two-component regulatory system (bubSR) are necessary and sufficient for generating efficient biofilms and for conferring a selective advantage during biofilm growth. BubSR functionality is required, as deletion of either bubS or bubR, or a mutation predicted to abrogate phosphorylation of BubR, abrogates biofilm formation. However, duplicate copies of the aplFABCDE genes are not required. Instead, we found that BubSR controls expression of aplFABCDE and bubSR by activating a promoter upstream of aplF during biofilm growth or when the 208.6 kb region, or just bubSR, are duplicated. Single cell analyses showed that duplication of the 208.6 kb region is sufficient to activate BubSR in 75% of bacteria during planktonic (BubSR OFF) growth conditions. Together, our data indicate that the combination of deterministic two-component signal transduction and stochastic, duplication-mediated activation of that TCS form a bet-hedging strategy that allows BtE264 to survive when conditions shift rapidly from those favoring planktonic growth to those requiring biofilm formation, such as may be encountered in the soils of Southeast Asia and Northern Australia. Our data highlight the positive impact that transposable elements can have on the evolution of bacterial populations. Author summaryTransposable elements naturally accumulate within genomes in all kingdoms of life. When present in the same orientation, a pair of homologous elements can act as substrates for DNA recombination reactions that can duplicate and delete intervening sequences - giving rise to genetically heterogenous populations. We showed here that Burkholderia thailandensis strain E264 uses this mechanism to amplify genes encoding a two-component regulatory system and an archaic chaperone usher pilus, priming the cells for rapid biofilm formation. The formation of a small subpopulation of biofilm-ready bacteria serves as a bet- hedging strategy, ensuring overall population survival should conditions change rapidly from those in which planktonic growth is optimal to those in which adherence and biofilm formation is required.
Autores: Lillian C. Lowrey, Katlyn B. Mote, Peggy A. Cotter
Última actualización: 2024-12-09 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.09.627470
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.09.627470.full.pdf
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