Der Beginn der Proteinproduktion in Eukaryoten
Ein Überblick darüber, wie die Übersetzung in eukaryotischen Zellen beginnt, wobei wichtige Faktoren hervorgehoben werden.
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Inhaltsverzeichnis
- Der 43S Preinitiation Komplex
- Bindung an mRNA
- Verbindung mit der grossen ribosomalen Untereinheit
- Faktoren, die die Translationseinleitung beeinflussen
- Die Rolle von Ded1
- Die Auswirkungen von Umweltstress
- Mechanismen der Translationkontrolle
- Unterschiede zwischen Ded1 und eIF4A
- Messung der Effizienz der Translationseinleitung
- Auswirkungen auf die Zellfunktion
- Zukünftige Richtungen
- Fazit
- Originalquelle
- Referenz Links
Translation ist der Prozess, bei dem Zellen genetische Informationen in Proteine umwandeln. Ein wichtiger Schritt in diesem Prozess ist der Beginn der Translation, besonders in eukaryotischen Zellen, also den Zellen, aus denen Pflanzen, Tiere und Pilze bestehen. In diesem Artikel werden die Details besprochen, wie die Translation in diesen Zellen beginnt, wobei mehrere wichtige Komponenten und Faktoren, die in diesem Prozess beteiligt sind, im Fokus stehen.
Der 43S Preinitiation Komplex
Der Beginn der Translation startet mit der Bildung einer Struktur, die als 43S Preinitiation Komplex (PIC) bekannt ist. Dieser Komplex besteht aus einer kleinen ribosomalen Untereinheit (der 40S Untereinheit), die an ein spezielles Komplex gebunden ist, das aus dem eukaryotischen Initiationsfaktor 2 (eIF2), Guanosintriphosphat (GTP) und der Initiator-Transfer-RNA (Met-tRNAi) besteht. Neben diesen Komponenten sind auch mehrere andere Initiationsfaktoren in diesem Prozess beteiligt, darunter eIF1, eIF1A, eIF5, eIF4B und eIF3.
Bindung an mRNA
Der 43S PIC spielt eine entscheidende Rolle beim Erkennen und Binden an die Messenger-RNA (mRNA), die die genetischen Anweisungen zum Herstellen von Proteinen trägt. Der Komplex hakt sich an das 5’ Ende der mRNA, das mit einer speziellen Kappe namens m7G modifiziert ist. Diese Bindung wird durch einen weiteren Komplex namens eIF4F unterstützt, der aus eIF4E (dem Kappenbindungsprotein), eIF4G (das alles zusammenhält) und EIF4A (einer RNA-Hellikase, die RNA abrollt) besteht.
Sobald der Komplex an die mRNA gebunden ist, wird er als 48S PIC bezeichnet. Dieser Komplex scannt dann die mRNA nach einem Startcodon, einer spezifischen Nukleotidsequenz, die den Beginn des protein-codierenden Bereichs signalisiert. Wenn ein geeignetes Startcodon gefunden wird, werden die meisten Initiationsfaktoren, die Teil des Komplexes waren, freigesetzt.
Verbindung mit der grossen ribosomalen Untereinheit
Nachdem das Startcodon entdeckt wurde, verbindet sich die grosse ribosomale Untereinheit (die 60S Untereinheit) mit der 40S Untereinheit, wodurch der 80S Initiationskomplex entsteht. Dieser Schritt wird durch eIF1A und einen weiteren Faktor namens eIF5B erleichtert, der bei der Einleitung der Elongationsphase der Proteinbiosynthese hilft.
Faktoren, die die Translationseinleitung beeinflussen
Die Effizienz der Translationseinleitung kann je nach Eigenschaften der mRNA erheblich variieren. Die Länge und die Sekundärstruktur der 5’ untranslatierten Region (5’UTR) der mRNA spielen eine entscheidende Rolle dafür, wie effektiv sich der PIC auf der mRNA zusammenlagern kann.
Es hat sich gezeigt, dass bestimmte Strukturen in der 5’UTR die Translation hemmen können, und diese Strukturen können durch spezialisierte Proteine namens DEAD/H-Box-RNA-Hellikase aufgelöst werden. Eine wichtige Hellikase ist eIF4A, die sich als entscheidend für die effektive Rekrutierung verschiedener MRNAs erwiesen hat, unabhängig davon, wie strukturiert ihre 5’UTRs sind.
Die Rolle von Ded1
Eine weitere wichtige Hellikase ist Ded1. Es wurde gezeigt, dass Ded1 besonders wichtig ist für die Stimulation der Translation von mRNAs mit langen und strukturierten 5’UTRs. In Studien mit Hefe wurde festgestellt, dass die Inaktivierung von Ded1 zu einer erheblichen Reduktion der Translation vieler mRNAs führte, besonders bei denen mit komplexen Strukturen in ihren 5’UTRs.
Ded1 hilft dabei, den 43S PIC an die Enden der mRNAs zu rekrutieren und den Scanprozess zum Startcodon zu erleichtern. Es interagiert auch mit anderen Initiationsfaktoren, was darauf hindeutet, dass es eng mit ihnen zusammenarbeitet.
Die Auswirkungen von Umweltstress
Umweltbedingungen können auch die Aktivität von Ded1 beeinflussen. Zum Beispiel kann Ded1 während eines Hitzeschocks oder bei Glucose-Mangel in Granula innerhalb der Zelle sequestriert werden, wo es die Translation hemmen kann. Dieser Sequestrationsprozess kann zu einer verringerten Translationseffizienz vieler mRNAs führen, besonders bei denen, die stark auf Ded1 angewiesen sind, um eine effiziente Translationseinleitung zu gewährleisten.
Studien haben gezeigt, dass unter diesen stressigen Bedingungen die Fähigkeit von Ded1, mit mRNAs und Initiationsfaktoren zu interagieren, verändert ist. Diese Veränderung führt zu einer reduzierten Translation vieler mRNAs und zeigt, dass die Zelle Mechanismen hat, um die Proteinbiosynthese je nach ihrer Umgebungssituation zu steuern.
Mechanismen der Translationkontrolle
Ded1 spielt eine entscheidende Rolle bei der Regulierung der Translationseinleitung durch verschiedene Mechanismen. Einer dieser Mechanismen ist die Fähigkeit, das "leaky scanning" von Startcodons zu fördern. Das bedeutet, dass Ded1 die Wahrscheinlichkeit erhöhen kann, dass das Ribosom weiter scannt, anstatt am ersten erkannten Startcodon anzuhalten, was potenziell zu einer Einleitung an anderen internen Startstellen innerhalb der mRNA führen kann.
In diesem Fall kann "leaky scanning" die Produktion alternativer Proteinprodukte oder regulatorischer Mechanismen ermöglichen, um die Menge des aus einer bestimmten mRNA produzierten Proteins zu kontrollieren.
Unterschiede zwischen Ded1 und eIF4A
Obwohl sowohl eIF4A als auch Ded1 wichtig für die Translationseinleitung sind, spielen sie unterschiedliche Rollen. eIF4A ist erforderlich für die Zusammenlagerung des 48S PIC auf nahezu allen mRNAs, unabhängig von der Länge oder Struktur der 5’UTR. Im Gegensatz dazu verbessert Ded1 speziell die Translation von mRNAs mit langen und strukturierten 5’UTRs.
Diese Unterscheidung deutet darauf hin, dass eIF4A eine allgemeinere Rolle beim Binden von mRNAs an das Ribosom spielt, während Ded1 eine spezialisiertere Funktion beim Auflösen von Sekundärstrukturen in bestimmten mRNAs hat, um deren Translation zu erleichtern.
Messung der Effizienz der Translationseinleitung
Um die Effizienz der Translationseinleitung näher zu untersuchen, haben Forscher Methoden entwickelt, um zu messen, wie gut mRNAs den 43S PIC rekrutieren und anschliessend die Translation einleiten können. Eine solche Methode besteht darin, ein rekonstruiertes System zu verwenden, das die direkte Beobachtung der Zusammenlagerung des PIC auf verschiedenen mRNAs unter kontrollierten Bedingungen ermöglicht.
Dieser Ansatz hat gezeigt, dass unterschiedliche mRNAs sehr unterschiedliche Effizienzen bei der Bildung des 48S PIC aufweisen können. Faktoren wie die Länge und Struktur der 5’UTR können diese Effizienzen erheblich beeinflussen, was darauf hinweist, dass die Translationseinleitung ein stark regulierter Prozess ist.
Auswirkungen auf die Zellfunktion
Zu verstehen, wie die Translationseinleitung funktioniert, insbesondere die Rollen von Ded1 und eIF4A, ist entscheidend, um Einblicke in die Zellfunktion zu gewinnen. Da die Translation ein wichtiger Schritt in der Genexpression ist, können Variationen in der Effizienz dieses Prozesses erhebliche Auswirkungen darauf haben, wie Zellen auf interne und externe Signale reagieren.
Zum Beispiel können Zellen während stressiger Bedingungen, in denen die Proteinbiosynthese heruntergefahren werden muss, die Aktivität von Ded1 und anderen Initiationsfaktoren ändern, um zu kontrollieren, welche Proteine produziert werden. Diese regulatorische Fähigkeit ermöglicht es Zellen, sich an sich ändernde Umgebungen anzupassen und sicherzustellen, dass sie die Synthese von Proteinen priorisieren können, die in stressigen Zeiten überlebenswichtig sind.
Zukünftige Richtungen
Die Forschung im Bereich der Translationseinleitung ist im Gange, und viele Fragen sind noch zu beantworten. Zukünftige Studien könnten sich darauf konzentrieren, die Mechanismen weiter aufzuklären, wie Faktoren wie Ded1 und eIF4A mit mRNA und anderen Komponenten der Translationmaschinerie interagieren.
Zusätzlich könnte die Untersuchung, wie unterschiedliche Umweltbedingungen die Aktivität dieser Faktoren beeinflussen, tiefere Einblicke in die zellulären Strategien zur Steuerung der Proteinbiosynthese geben. Das Verständnis dieser Prozesse auf molekularer Ebene könnte auch zu potenziellen therapeutischen Ansätzen für Krankheiten führen, bei denen die Translationregulation gestört ist.
Fazit
Die Translationseinleitung in eukaryotischen Zellen ist ein komplexer Prozess, der auf der koordinierten Aktion mehrerer Faktoren, einschliesslich Ded1 und eIF4A, beruht. Die Effizienz dieses Prozesses wird durch die Eigenschaften der mRNA und die zelluläre Umgebung beeinflusst.
Das Studium dieser Mechanismen trägt zu unserem Verständnis der Regulierung der Genexpression und der Art und Weise, wie Zellen sich an verschiedene Bedingungen anpassen, bei. Während die Forschung weiterhin die Feinheiten der Translationseinleitung aufdeckt, kommen wir dem Verständnis der fundamentalen Prozesse, die das Leben auf zellulärer Ebene steuern, näher.
Titel: Transcriptome-wide analysis of the function of Ded1 in translation preinitiation complex assembly in a reconstituted in vitro system
Zusammenfassung: We have developed a deep sequencing-based approach, Rec-Seq, that allows simultaneous monitoring of ribosomal 48S pre-initiation complex (PIC) formation on every mRNA in the translatome in an in vitro reconstituted system. Rec-Seq isolates key early steps in translation initiation in the absence of all other cellular components and processes. Using this approach we show that the DEAD-box ATPase Ded1 promotes 48S PIC formation on the start codons of >1000 native mRNAs, most of which have long, structured 5-untranslated regions (5UTRs). Remarkably, initiation measured in Rec-Seq was enhanced by Ded1 for most mRNAs previously shown to be highly Ded1-dependent by ribosome profiling of ded1 mutants in vivo, demonstrating that the core translation functions of the factor are recapitulated in the purified system. Our data do not support a model in which Ded1acts by reducing initiation at alternative start codons in 5UTRs and instead indicate it functions by directly promoting mRNA recruitment to the 43S PIC and scanning to locate the main start codon. We also provide evidence that eIF4A, another essential DEAD-box initiation factor, is required for efficient PIC assembly on almost all mRNAs, regardless of their structural complexity, in contrast to the preferential stimulation by Ded1 of initiation on mRNAs with long, structured 5UTRs.
Autoren: Jon R Lorsch, F. Zhou, J. M. Bocetti, M. Hou, D. Qin, A. G. Hinnebusch
Letzte Aktualisierung: 2024-02-05 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.16.562452
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.16.562452.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
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